1937年日军侵占北平时，“北京人”化石仍留存北平协和医学校。随着战争的持久，太平洋风云日紧，美日关系恶化，中国方面担心“北京人”化石的安全问题。1940年12月26日，中央地质调查所副所长尹赞勋致函北平的裴文中，“现存协和之猿人标本以及重要石器等，似以运至西南安全地带为妥。若有特别困难不能南运，亦应设法托美国友人运往美国学术机关暂存，一俟和平恢复，再行运回。请兄转为面商关系人员决定方针，俾至必要时间，即可实行”。《尹赞勋致裴文中函》，中国第二历史档案馆档案，全28（16），卷134。1941年1月10日，翁文灏致函北平协和医院院长胡顿（H.E.Houghton）和魏敦瑞，希望将“北京人”化石转运美国。1941年4月17日，胡顿复函翁文灏，认为“企图将这批化石转移出北京是不切实际的想法。理由是，地方当局和海关必定会直接插手检查所有这类物品的进出。这批科学物品是民国政府的财产，将它们运出中国或日本占领区很易遭到被没收的危险”。“由于这批标本的所有权归中华民国政府，想求助美国政府某些部门将它们转移也不可能。即便美国官方同意转移，驻华使馆也不敢承担违反日伪政府及海关法规的责任。”胡顿及一些顾问主张存放原地，“即便将来形势恶化，这批标本也不可能受损，没有任何理由使它受损。它们没有出售价值，最坏的情况莫过于不再在北京（或中国）保存而被分散在世界其他博物馆罢了”。《胡顿致翁文灏函》，中国第二历史档案馆档案，全28（16），卷134。1941年7月15日，已回到美国的魏敦瑞致函翁文灏，陈述没有将化石随身带到美国的理由：在海关发现，肯定被没收；不能让这珍贵的物品在这危险的时刻暴露在一次没有护航的航行中。“让化石原物放在它现在的位置即北京协和医学校解剖系大楼内新生代研究室的保险柜中是明智之举”，“在可能危及化石标本的情况下，最好什么也不做”。《魏敦瑞致翁文灏函》，中国第二历史档案馆档案，全28（16），卷134。
但据裴文中战后回忆，1941年初，日美关系紧张，美国大使馆劝告美国侨民离华。魏敦瑞决定于4月份回美国，在纽约天然博物院继续研究，希望将中国猿人标本带到美国去。离开中国前，魏和裴文中曾两次到美国大使馆交涉，但因合同的限制，在得到中国政府允许之前，美方不便单独行动。
1941年8月间，翁文灏代表中国，与美国驻华大使詹森交涉，请他设法将中国猿人标本由北平协和医学校取出，运存美国，战后再运回本国。11月中旬，詹森大使致电北平，令他们照办。
据当时最后接触化石的中方人员胡承志战后报告，在珍珠港事变前，大约在十八至二十一日间，北平协和医学校总务长博文（Bowen）匆匆来到实验室，要求胡承志速将“北京人”等装好，要在极秘密之下送到他办公室。“余当时将早经备妥之木箱拿出应用，并将房门锁住后装箱。该二箱均为白木箱。”“至装箱之情形，颇为华贵。先将骨骼用擦显微镜头用之细绵纸包好，再用软纸包着，然后再裹以洁白医用吸水棉花后，用粉莲纸包上，再用医用细纱布多层包在外面，装入小箱，再用吸水棉花填满，小木箱内周围六面由具有弹性之黄色瓦垅纸数层包好，一一装入大箱内，用木丝填装。”两木箱书以CadⅠ和CadⅡ。两箱内骨骼化石数为：“北京人”头骨5个，头骨片5片，牙齿约130枚，下颚骨约10个，上颚骨1个，及其余零星碎块之肢体骨等，约数十块；上洞史前人头骨3个，未成年头骨1个，肢体骨十余个，牙齿数十枚及零星小骨多件。
装箱完毕，胡承志“旋即派工友用车亲自押送至博文先生办公室，当面交彼。彼即立刻将两箱送到‘F’楼下四号之保险室，过夜后即送至美大使馆。珍珠港事变前，知道北京人装出的有胡顿校长、博文先生及息式白小姐（Miss Clair Heirschberg，彼为新生代研究室工作不久之秘书）”。《胡承志报告“北京人”失踪经过》，中国第二历史档案馆档案，全5（2），卷914。自此，“北京人”化石便下落不明。
关于“北京人”化石失踪之谜，有多种解答：“北京人”化石送交美国海军代运出，传说该文物在秦皇岛附近遭日军截夺；在天津调包，流落美国；埋藏在北京；沉没在海中；在中国民间。现将中国第二历史档案馆的有关档案，裴文中先生与遗失事件相关人员的中英文通信，包括11封信件和7份剪报附件，当事人的回忆，以及学者的研究作简要的介绍，以期进一步探究真相。
关于“北京人”化石送交美国海军代运出等情，有资料显示，美国方面原计划由美国驻北平海军陆战队带到美国。1941年12月4日，两箱化石标本，连同美军人员的行李27箱，由火车专列从北平运天津转秦皇岛，当时由菲利军医负责接管。当天，行李在天津下卸，部分行李存巴斯特研究所，部分行李存瑞士在天津的一家公司内。当天，在天津还为海军陆战队员举行盛大告别会。不幸的是，来接美国陆战队的哈里逊总统号船(S.S.President Harrison)在马尼拉赴秦皇岛途中，即12月8日，为日本战舰追捕，在长江口外触礁沉没。
“北京人”的运送，当时是悄悄进行的。1942年9月10日，被日军驱散回非洲、原北平协和医学校的负责解剖和新生代方面研究的教授佛腾，在给翁文灏的信中指出，“北京人”头骨原物等“原拟随美国驻平海军陆战队一道送往美国。日美开战后不久，美国陆战队队员在秦皇岛当了俘虏。上面提到的化石与美国陆战队队员在一起。这个情况我们是从一位陆战队队员那里得到的，这位接受委托的队员在北京关押时恰好阑尾炎发作，在北平协和医院作手术。他瞅准机会把消息透露给大夫。从此以后，我就不知道这批物品的下落了”。佛腾教授对其下落作了分析，“12月9日我去解剖系和魏敦瑞博士的研究室，在那里遇到一些日本军官，但没被询问。我判断日本人完全清楚这些物品的下落。但在7月份，我意外地被日本人召到北平协和医学校，问我是否知道‘北京人’在什么地方。我当然回答‘不知道’。从这次谈话中我判断，‘北京人’或许已被悄悄地运往日本了，所以并非每个对此关注的人都知道。或许它确实在秦皇岛丢失了。”
佛腾在信中还谈到日军破坏的情况，“当日本宪兵队要用洛克哈特大楼时，他们把地质调查所的物品和图书统统装上卡车运到城外空地给扔掉。这些物品很快被老百姓哄抢一空，他们认为这些东西也许值几个钱。后来福格森博士还买了些上门叫卖的骨骸，……这就是您在任时曾付出巨大心血的那项研究工作的悲凉结局”。《佛腾致翁文灏函》1942年9月10日，中国第二历史档案馆档案，全375，卷846。有研究认为，新生代研究所的其他标本损失达67箱之多。
1943年3月30日，翁文灏致函文森特，希望美国国务院和海军部帮助追查。他还指出，“我们迄今尚未公布这件事是为了避免引起日本人的注意”。
其实，日本人早就注意了。1941年12月8日珍珠港事件前，日本东京帝国大学教授长谷部言人及其助教高井冬二来到北平，高井要求到新生代研究室工作两周，被获得同意。12月8日清晨，日本人侵占协和医院，立即派员到解剖系迫使管理人员将铁柜打开，检视所有一切后进行封存，并派兵守护。过了几天，日本占领协和医院的负责人田冈大尉和裴文中面谈，追问中国猿人标本存放何处，并说明保险柜中所存放的全是石膏模型。1942年8月下旬，长谷部言人和助教高井冬二再次来到北京，组织周口店调查所，继续开掘。高井带了一名日本宪兵，向裴文中追问中国猿人的下落。由于化石标本装运是悄悄进行的，裴文中并不知情，当然也就无从回答。
此时，在北京的日文报，以及《朝日》、《大阪每日》等报刊，在重要新闻栏内发表这样的新闻：长谷部言人发现中国猿人标本已被美国人偷去，协和解剖系保险柜内的东西是假的，是石膏制作的模型。这种贵重的东西，原不许运至国外，但美国人不讲信义，把它偷走了。也许长谷部言人等人在北平没有什么成绩，住了一个月，又回东京去了。
1943年4月，日本宪兵密探锭者繁晴（英文名Goargia）找到裴文中，明确表示受日本军部的命令，负责寻找中国猿人标本。锭者繁晴连续在3天内质询了全体有关人员。特别是博文因此被日本宪兵队囚禁了五天，追问没有结果。裴文中认为，日本军方插手此事，是因为长谷部言人在东京运动了要人，令日本军部找到“北京人”化石。军部认为锭者繁晴很能干，而让他承办此事。《裴文中关于“北京人”化石标本被劫及失踪经过报告》，中国第二历史档案馆档案，全5（2），卷914。
大概在1943年5月至6月间，忽然有消息说“北京人”在天津找到了，并要息式白小姐去天津辨别其真伪，但很快又让她回来了，说天津发现的东西与中国猿人无关。从那以后，直到日本投降，日本官方就再也没有提起“北京人”这件事。据此，裴文中战时就猜想，日本可能已经找到了它所想要的。
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