1916年6月，章太炎由京南返。这时，孙中山也在上海，曾两电黎元洪“规复约法，尊重国会”；章太炎也认为“约法、国会，本民国固有之物，为袁氏所摧残”，主张“维护”⑦。此后，他多次和孙中山一起参加会议，基本主张与孙中山尚相契合。8月，章太炎南赴肇庆，视“云阶”（岑春煊），更“出游南洋群岛，岁晚始归”。孙中山致电黎元洪，认为章太炎“硕学卓识，不畏强御，古之良史，无以过之，为事择人，窃谓最当”，推举章为国史馆长。①1917年3月，段祺瑞召集督军团在北京开会，商讨对德宣战。5月7日，国会讨论参战案；10日，段祺瑞组织“公民请愿团”等，包围国会，殴辱议员。章太炎和孙中山两次致电黎元洪，要求严惩“伪公民犯法乱纪之人”，“严惩暴徒主名”，“勿令势要从旁掣肘”②。6月7日，张勋率军北上，与段派集议，电黎“调停须先解散国会”。孙、章联电陆荣廷等南方各省督军、省长，指出：“调停战事之人，即主张复辟之人；拥护元首之人，即主张废立之人。”“叛人秉政，则共和遗民必无噍类”③。又联名致电陈炯明：“国会为民国之命脉，调和乃借寇之资粮”，“今者群盗鸱张，叛形已著，黄陂与之讲解，实同降伏”④。 　　7月1日，张勋复辟。3日，章太炎与海军总长程璧光等“集议孙公邸中”，“协议扫穴犁庭计画”①。接着，与孙中山、廖仲恺、朱执信、何香凝乘海琛舰由上海启程赴广州，于7月17日抵粤。当有人询以讨逆计划时，章即答以：“余此次偕孙中山来粤，所抱之希望颇大”，“讨逆之举，即为护法而起，惟不违法之人而后可以讨逆”②。永丰、同安、豫章三舰抵达黄埔，孙、章一起前往迎迓。广东各界开欢迎海军大会，孙中山、程璧光到会，章亦参加。9月1日，国民非常会议选举孙中山为中华民国军政府大元帅，章太炎任护法军政府秘书长，《大元帅就职宣言》就是章太炎起草的。《宣言》中说：“民国根本，扫地无余，犹幸共和大义，浃于人心，举国同声，誓歼元恶”，誓“与天下共击破坏共和者”。③此后，因护法军政府中派系斗争激烈，章“欲西行”，孙中山劝以“不当先去以失人望”，章太炎表示愿为军政府争取外援，到云南联络唐继尧。当他抵达昆明后，多次向唐进言，促唐东下，但“唐终托故不出”。 　　1919年，五四运动爆发，人民革命运动日渐发展，章太炎却由反对军阀割据逐渐演变为赞成军阀割据。1920年11月，湖南通电“湘省自治”，章太炎随即在北京《益世报》发表《联省自治虚置政府议》，认为“宜虚置中⑦章太炎：1914年5月23日《家书》。 　　①1916年7月3日章太炎在浙江国会议员欢迎会上讲话，《中华新报》1916年7月4日。②《中华新报》1916年12月14日。 　　③《时报》1917年5月12日、14日。 　　④《时报》1917年6月10日。 　　①《时报》1917年6月10日。 　　②《时报》1917年7月4日。 　　③《时报》1917年7月28日。 　　央政府”，“军政则分于各省督军”④。接着，又主张使“地方权重而中央权轻”，“各省自治为第一步，联省自治为第二步，联省政府为第三步”，还“必以本省人充军民长官”⑤。这种“联省自治”说，和孙中山的统一主张背道而驰。1921年5月，孙中山在广州就任非常大总统职，章太炎以为“非法”，并以“联合自治不可反对为献”①。 　　1923年1月，孙中山在上海发表《和平统一宣言》，章太炎以为“统一利害，久处南方者自知，若谓借此以缓最高问题，则亦非计”②。次年1月，国民党第一次全国代表大会在广州召开，通过宣言，接受了中国共产党所提出的反帝反封建主张，分析和批判了当时社会上流行的各种错误的、反动的政治流派，包括“联省自治派”，宣告取消不平等条约；孙中山又系统讲述了三民主义。10日，决定应冯玉祥的电邀，“即日北上”。章太炎对改组后的国民党表示不满，在国民党右派冯自由等的怂恿下，发出《护党救国宣言》，“冀以同盟旧人，重行集合团体”。不久，冯自由组织中国国民党同志俱乐部，章太炎也组织了辛亥革命同志俱乐部，背离孙中山，反对共产党。 　　④《章太炎政论选集》，第744—745页。 　　⑤同上书，第752—753页。 　　①《申报》1921年1月6日。 　　②《太炎先生自定年谱》“中华民国十年，五十四岁”。