日本需要对创新之所以产生的体系结构做出重大改变，同时日本也需要一个全新的国家创新战略，以维持其对研发和教育的大力投资。首先，日本政府必须改变自己指导企业创新行为的角色，主要致力于改善创新激励机制、提高科技人员的素质、加强科学基础设施建设、减少不必要的监管和保护措施对国内需求的扭曲。
第二，和大企业一样，中小型企业也是创新和增长的重要来源。新企业必须与大学脱钩，它们形成于一系列相关企业和产业之中，业务也集中于特定地区。促进新企业的繁荣需要新政策、新思路。
第三，日本必须把大学作为创新战略的中心。对研究方面的公共投资必须加以引导，使其主要通过大学的渠道进行，原因前面已有论述。日本也必须加强大学以及政府实验室与企业之间的联系，加快培养企业家精神。这要求及时到位的灵活性、技术许可证规则以及基础设施的支持，以鼓励大学和实验室的研究尽快进入新企业。
第四，日本的创新战略必须建立在竞争而不是合作的基础上。虽然合作项目对创新起到了一定作用，但是激烈的竞争才是日本过去30年在创新方面取得成功的真正的推动力量。出现创新最多的领域也是那些竞争最激烈的领域。日本必须把竞争引入更多的领域，放开更多的贸易和投资市场。波特等人(1999年)认为，提高国际开放度可以促进一个国家的创新，这是因为经济体系将面临新思想和新企业的冲击，竞争压力会不断加大。
第五，必须加强知识产权的保护。有关方面已经致力于加强日本专利系统与其他国家的协调，但这些改革还不足以刺激更多创新的产生，还需要有更进一步的行动，特别是在加快认定是否侵害专利权方面。在日本，认定一项行为是否构成侵害专利权需要4年之久，而在美国仅需要一年。因此，在日本，当一个案子尘埃落定时，这项技术往往已经过时了。实际上，日本企业已经开始把针对其他本国企业的案子提交美国法院，以获得较快的判决。
而且，对侵害他人专利的惩罚也应该加强。1998年以前，侵害他人专利只需向专利持有者支付相当于专利申请费的金额加上500万日元（相当于5万美元）的罚款。1998年以后，侵害他人专利还必须向专利持有者赔偿其损失的利润，罚款金额也增加到1.5亿日元（150万美元）。这代表着进步，但惩罚还须更加严厉才能阻止其他侵害。
第六，日本的环境、安全、质量和法规都必须一致有利于创新。虽然一些领域内需要严格的准则，如第二章所讨论的，但过于频繁的监管阻碍了新产品和新技术的出现。
最后，日本需要集中力量促进新企业的出现和繁荣。对新兴企业和成长型企业来说，诸如审批手续、披露要求和其他监管障碍都必须大量减少。小企业所负担的监管成本是不成比例的，因为小企业将按照销售额独立核算。对未达到一定规模的企业可以降低会计和审批要求，用定期检查来取代花费大量时间和金钱的持续检查。
日本必须建立对企业家精神的有力刺激机制，比如较低的长期资本利得税、鼓励股权和期权的规定、允许亏损递延的政策等。以1997年以前的情况为例，那时只有小型风险投资公司才能运用股票期权。
同时，日本还必须从小企业运用抵押贷款和担保融资的模式过渡到鼓励风险资本投资的融资模式。日本必须为新公司提供一个便利的进入资本市场融资的渠道，为新兴业务的投资提供更多的流动性。过去，想要上市的公司必须通过重重难关，它们只能在国内的8家交易所中的一家或者场外交易市场或者东京交易所中效率较低的第二分部上市。一家公司可能要经过20年的时间才能进入东京交易所的第一分部，也就是融资的最佳场所。
在放开风险资本的供应方面，日本已经迈出了可喜的步伐。纽约证券交易所已经于1999年3月设立了东京代表处，日本的软银（Softbank）宣布它将同纳斯达克合作，并于2001年成立日本纳斯达克。这场竞争迫使东京证券交易所做出回应。东京证券交易所于1999年11月建立了自己的专为快速成长的创业公司服务的市场。该交易所也计划开始放松申请公司须公布至少三年盈利情况的要求，该要求限制了新公司的上市。