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咸丰也许真的生不逢时，西方列强窥视中国，把中国视为口中猎物，时不时地骚扰中国，以武力迫使大清王朝签订了丧权辱国的不平等条约，而此时的国内也不太平静。
一八五〇年九月十二日，四川西昌境内刚刚发生了强烈地震，地裂冒水，山体滑坡，房屋、庙宇一概倒塌。除外来人口死亡不计外，压毙男女二万零六百余人，倒塌房屋二万六千余间，十余万人民流离失所。
一八五一年九月十五日黎明，江淮风雨交加，奔腾咆啸的黄河于江苏丰县北岸决口，门门始陷四丘十丈，继塌宽至数百丈，汹涌的黄河水一泻千里。丰、沛两县顿成泽国，受灾面积达六十个州县，邻近山东各县亦被水冲，田庐漂没，房舍坍塌，淹毙人日不计其数，无家可归者更不知多少。
严重的自然灾害，对刚刚即位的咸丰皇帝，无疑是一个沉重的打击。
账灾抚恤固非易事，将来堵筑决口，没有数百万银两是不可能的。更让咸丰帝忧心如焚的是遍及南中国各地蓬勃发展的太平天国起义。咸丰帝面临的是对他的空前的挑战，如果有所闪失，丢掉祖宗传下的基业，他将无法面对列祖列宗。大清政权正经历着洪水和起义的考验。
一八五一年一月十一日，是拜上帝会领袖洪秀全的生日。各地团营的首领见起义时机己经成熟，便在金田村“恭祝万寿起义，正号太平天国元年”，从此，震惊中外的太平天国大起义正式爆发了。七天以后，咸丰始知确切的消息。
起初，他采纳杜受田的举荐，调湖南提督向荣、云南提督张必禄率兵人桂镇压，旋起用林则徐为钦差大臣兼广西巡抚，赴桂督师。殊料，林则徐病残途中，张必禄死于军营。于是，咸丰义急命前两江总督李星沉为钦差大臣，接办广西军务，以前任槽运总督周天爵署理广西巡抚。
结果将帅不和，互相攻汗推楼。咸丰帝对绿营汉将的表现很是不满，于是考虑派遣满蒙将帅出征。三月十日，咸丰特遣蒙古贵族大学士赛尚阿为钦差大臣，疾驰湖南、广西，复派镶黄旗蒙古都统巴清德、镶白旗满洲副都统达洪阿等十余名满蒙将弃，统领八旗兵丁，另调各省绿营，企图一举消灭太平军。赛尚阿行前，咸丰特赐他“遏必隆刀”，以壮其行，并拨给库努二百万两作为军晌，授其节制各路兵马之权，对他甚是器重。
但翰苑出身的赛尚阿，于行军打仗槽然不知为何事；而八旗贵宵又骄横贵据，抗不从命，所带之兵，全是游惰之夫，勇于私斗，怯于临敌。结果，他们在太平军面前一败涂地。
一八五二年六月，因黄河丰北决口，山东、江北受灾严重，饿俘遍野，饥民夹道。咸丰深恐由此激起更大的动乱，急派大学士杜受田前往灾区临娠，同时发努巨万，以治河工。但决口甚巨，劳而无功，黄河又于是年塞而复决，黄流肆虐，一片汪洋，“所在民多饿俘，尸骸遍野”。
黄河决口与太平军起义，一北一南，前后呼应，让咸丰帝君臣焦头烂额，疲于应对。工部左侍郎吕贤基分析道：“今广西‘会匪滋事’，二年以来，命将出师，竟无成效；南河丰工，久未合龙，潜运之阻滞，灾民之屯聚，处处堪虞；河工费已近五百万，军需费已一千万，百官束手无策，必然加倍胶削，邦本愈摇。”黄河费了好多的人力物力，终于第二年合龙。但汹涌澎湃的农民大起义却方兴未艾。就在黄河塞而复决的前夕，被清军重重包围在永安城的太平军，在洪秀全的指挥下，“男将女将尽持刀，同心放胆同杀妖”。
他们选择清军防御力量较薄弱的古苏冲作为突破口，全队突围，阵斩清天津镇总兵长瑞、凉州镇总兵长寿、河北镇总兵董光甲、郧阳镇总兵邵鹤龄等清军官兵四五千人，直逼广西省会桂林。咸丰闻讯，焦灼万分。
他一面任命在籍的汉族官僚为东南各省的团练大臣，组织地方武装，以图遏制汹涌的革命浪潮；一面下诏罪己，以图激励文武百官，效忠朝廷。
一八五二年四月，年轻的咸丰帝首次颁诏罪己：“自登基二载以来，无日不以敬天爱民为念，兢兢业业，夙夜不逗，何敢稍存满溢之志，致开逸欲之萌。然因循疲玩，法令废弛，以致‘盗贼’横行，重烦兵力。
劳师糜晌，未能迅就荡平，皆吾罪也。而南河丰工漫口，至今尚未堵合，灾民荡析离居，更为可悯，均联薄德，惟有自省愈尤，倍深刻责而己。”
然而，皇帝的引咎自责，并不能扭转战场上的败局。太平军于永安冲出重围后，攻桂林、围长沙，所过郡县，望风披靡。咸丰于愤撇中，急将赛尚阿被职拿问，另遣两广总督徐广络为钦差大臣，统兵追剿。复起用琦善署河南巡抚，命两江总督陆建诚等三路清军前堵后追，妄图保住武昌。同时，为防止太平军北上，清廷慌忙抽调黑龙江、吉林等地驻防八旗，以及直隶、陕甘等地绿营二万余人，赶赴琦善大营，屯兵江北。
但这些临时杂凑的各路清军，或远在千里之外，行军迟缓；或迟延观望，闻警先遁。
一八五二年十二月七日太平军水陆两军，直趋武汉。接着，旬月之间，太平军连克汉阳、汉口和武昌三镇，威胁苏皖、震撼豫蜀，清廷极为震惊。愧恨交加的咸丰帝立即将钦差大臣徐广绪革职拿问，命向荣为钦差大臣，专办两湖军务；并破例增设两个钦差大臣：一个是署河南巡抚琦善，率军进防信阳、新野一带；一个是两江总督陆建凉，督师扼守江皖，以图保住江南重镇－南京。
一八五三年二月七日，正是太平天国壬子二年的除夕。兴高采烈的太平军张灯结彩，击鼓奏乐，和武昌人民一道大庆三天，既是庆贺胜利，也是喜迎新年。二月九日，太平军又放弃武昌，直捣南京。水陆两军，顺流东下，帆慢蔽江，黄旗遮日，头尾数十里，锐不可挡。
与此同时，纷纷扬扬的大雪笼罩着沉闷的紫禁城。除夕夜过，养心殿东暖阁内仍旧是烛火通明，年轻的咸丰帝正兴致勃勃地举行明窗开笔之典。他按照祖宗传下来的例典，先御朱毫，后染墨翰，用“万年青”御笔，写下了一首祈盼捷音，国泰民安的吉祥诗：
开笔迎韶率言吉，元正例有冠吟篇。
三冬雪润丰堪卜，大地阳回捷速传。
昊双祖恩心对越，金既玉烛柞绵延。
途长益励思兢惕，巩固王基勉绍先。
咸丰望着自己清秀、遒劲的墨宝，依然暗自得意。他脸上的得意之情尚未消失，阴历二月初十日，南京城破的败讯便传人宫内。当他得知钦差大臣陆建藏、前广西巡抚邹鸣鹤、江宁将军祥厚、副都统霍隆武以下满蒙将弃全部阵亡，太平天国定都南京（时称天京）的消息后，不禁五内俱焚，寝食难安。盛怒之中，咸丰一面拿问失职将帅，一面调兵遣将，诏催各地清军驰赴大江两岸。长江以南，以向荣为首扎营于紫金山一带，称为“江南大营”；长江以北，钦差大臣琦善等人领兵驻扎扬州城外，称为“江北大营”，南北两路，防剿兼施，以遏制太平军北上。
同年四月，惶恐不安的咸丰帝再次下诏罪己：“联以薄德，敬承考命，抚育万方，兢兢业业，已三年矣。深惭治理乖方，想尤丛集，溯自道光三十年秋，‘逆丑’跳梁，征调频仍，迄无成效。将士疲于甲胃，黔黎苦于差摇。当今之时，司牧者何事，而吾民涂炭未复，吾一人辜恩咎重，夫复何辞。联惟有虔恳昊天，速消民劫，期与军营诸将士，共奋安民之志，扫荡此“贼”，以苏民困。因志吾之过以自警焉。并命礼部及各地封疆大吏将这《罪己诏》刊刻誊黄，宣示中外。”
前方的损兵折将、败讯频传，令咸丰心烦意乱。初居养心殿时的那种信心百倍的心情已完全变成了愧疚和不安。他不敢正视壁上媚间那些祖宗们留下的遗物和墨宝，他理解《三朝圣训》的每一句话，也懂得“勤政亲贤”（雍正御书）、“自强不息”（乾隆御书）和“如在其上”（嘉庆御书）的内在含义。但眼前残酷的现实，却绝不是这几幅警句所能应付的。
望着袅袅上升的青烟，咸丰叹息不止。他恼恨自己，即位才三载，天下便糜烂不堪，祖宗的半壁江山几乎就要断送其手；他怨恨前方将帅，不实心效力，失陷城池，一溃千里。仰天长叹中，咸丰又一次看见“为君难”三个大字，这是圣祖仁皇帝的御笔。一股暖流沟通了那种说不清楚的心灵的交汇。他望着香烟缭绕的祖宗的神位，双腿一跪，不禁潜然泪下。
咸丰心中积蓄的苦水，也如决堤的黄河，一溃不止。他想得到祖宗的宽容和谅解；他想排泄这些无以言状的苦闷，来解脱心头长期的重负。
他感叹生不逢时，补天无力；他道出了天下大乱，库款奇缺的苦衷；而更让他百思不得其解的是，祖宗留下的经制之师，怎么会如此腐败和无能？面对祖宗的牌位，他情不自禁地道出了胸中的苦闷：“自粤匪滋事以来，各省旗绿营汛弃兵，办防助剿，征调之数甚繁，无奈遇贼即逃，贼匪所过城池，到即失陷，亦未闻地方官如何守御，殊不可解。癸丑（即咸丰三年）春正月，寇去武昌，悉锐东趋，俘男女数十万，灿炉十万蔽江而下，而两江总督陆建流、江西巡抚张莆一闻警急，纷纷思避，标兵炮船，一夕不知所往，粮炯军装，尽被掳掠，自是寇直胭濒江数千里，如人无人之境。近复调集各路重兵，合之前调之兵，不下二十余万。近览军营奏报，各地镇将或以守候军火夫马，藉口逗留；或以防堵为名，远避地方，抗不遵调，畏葱玩误，儿致相沿成风，纵贼殃民，深堪痛恨咸丰这一段焚香告祖的独白并不虚伪。经济条件始终都制约着历史的发展，而任何君主也都不可能向经济条件发号施令。据《清文宗实录》统计，迄道光末年，除节年民欠正耗钱粮已全行豁免外，各省积欠的银两高达二千四百六十三万余两，相当于咸丰三年一年户部银库全年收人的五十一倍有余。而户部存银即使把已拨未解和起解在途的银两加在一起，也不过四百一十余万两。为镇压太平军起义，军兴三载，糜晌已至二千九百六十三万余两。库贮既竭，岁人奇缺，原来赖以补助财政困难的捐输，此时也毫不足恃，尽管清廷捐纳官爵一再减成，巧立名目，到咸丰三年，户部所收捐纳银不过六十七万余两，占户部全年收人的近百分之十五，而无法与嘉道两朝相比。因嘉庆一朝，常年所收捐纳银便占户部银两收入的百分之五六十，遇有特开事例之年，则收数多在千万两上下。
国库如洗，筹款维艰，但咸丰的各项支出却与日俱增。咸丰即位后，旱、涝、风、虫各种自然灾害遍及十八行省。其中，元年秋黄河丰北决口，两载始行堵合。三年夏间，丰工复溢，黄水直灌微山湖。苏北、山东连续三年遭水灾，饥民十百为群，率皆老幼妇女，绕路啼号，不可胜数，或鹑衣百结，面无人色；或裸体无衣，伏地垂毙。其路旁倒毙死尸，多断衡残骸，惨不忍睹。而苏南大旱，赤地千里，以至人自相食。
其时，正当太平天国起义如火如茶，咸丰瞻顾南方，惶恐不安。因他深怕太平军探闻河决，联络灾民，振臂一呼，四下响应，那大局更不堪设想，所以，尽管军需浩繁，山穷水尽，清政府还要设法对受灾较重的地区实行必要的抚恤贩济、镯缓饯粮的措施。据《清文宗实录》统计，从咸丰元年到咸丰三年，三年之中，清政府不得不姆缓钱粮额赋的地区，共有二十八府、一千五百三十八县、一百五十场（包括卫，下同）次；而由于农民起义军锋所至，清政府无可催征或被迫镯缓钱粮的地方，亦有八府、三百四十县次；此外，还贩贷直隶等十二省中二府、二百零九县、十三场次口粮银米和种子等，其中咸丰元年黄河决口，一次就拨库银五百万两修河抢险，并截槽粮等八百八十七万余石贩济鲁、苏、浙三省灾民。税收不足加上庞大的军费、河工、娠灾等例外开支，使整个清王朝的财政体制开始全面崩溃。
为挽救摇摇欲坠的封建统治，咸丰不得不“变以求通”。于是，原来由中央掌管的捐纳、捐输权限下放到地方督抚；允许地方自行举借内外债；产生了独立于国家财政系统之外的厘金制度；原来由中央统一调拨的解协款制度，也变为定额摊派，摊派后各省剩余的资金，则由地方支配。这样，随着地方分权的财政系统的逐步形成，晚清督抚专政的经济基础便不断扩大，为近代中国军阀政治的产生，埋下了致命的隐患。至于咸丰帝所哀叹的官兵与“贼匪勾通一气，提镇大员等卖缺肥己，参游都守（均为清军中下级官弃）等扣恫虐兵、府厅州县各官纵盗殃民”等各种腐败现象，更是腐朽没落的封建制度本身所造成的。绿营与八旗的主要功能是为了稳定地方，而非正规作战。这对封建中央集权来讲，便于控制各族人民和镇压局部地区人民的反抗斗争，一旦遇到大规模的农民起义或对外战争时，其结构功能便明显地失去了效用。如绿营军队的结构特点：
一是营制细密，化整为散；兵皆土著，将皆升转。在清代的典章中，我们找不到绿营军队战时的编制制度，而平时编制又因地理形势的不同，各省营制的缓冲疏密，兵数多寡都不一样。但总的原则是化整为散，全国的绿营兵都被束缚在大大小小的防地上，各有守土之责，很难迅速集中兵力，对付突起的大规模战争。如面对蔽江而来的太平军百万雄师，偌大的金陵城内，经多方调遣，连驻防旗营（三千九百余人）在内，仅得五千余人。而城垣周九十六里，垛口一万五千有奇，何言战守？同时清制，兵皆世业，将皆调补。“兵非弃之所招，弃非将之所亲信，既无恩义，自难铃束，以传舍之官，驭世业之兵，亦如州、县之于吏役，欲其整伤变化，服教从风，此必无之事”。所以，军兴伊始，兵不用命，将不知兵，不听号令，不遵调遣的事例屡屡发生。
二是战时抽调，集凑成军；以文制武，以满制汉。清朝遇警调兵，是采取零星征调的方式，征调各营或出数十人，或出一二百人，杂凑成军。这种方法不仅将与将不和，卒与卒不习，而且限于交通、装备，行动起来十分迁缓。如咸丰元年二月二十一日，钦差大臣李星沉奏请咸丰简派总统将军来粤督剿。三月十日，清廷授大学士赛尚阿为钦差大臣，但直到六月八日，赛方抵桂林，离李星玩哀恳救兵之时已过百日（李星玩四月十二日死于军中）。且北兵南调，气候不适，使战斗力减弱。同时，用兵以来，内而朝中卿相，外而各省督抚，类皆翰苑出身，不谙军务。这种以文制武的明显弊端，致使指挥作战的主将在战场土权威性不强，必然出现将不从命，抗不遵调的现象。至于以满制汉的弊端，则更是不一而足。因此时的八旗贵胃，非初历戎行，即素行怯懦，而骄横贵据却不减当年。所以，旗（满族将帅）绿（汉族将帅）不和，阵前胡龋，每每误事。
三是财政一统，傣晌微薄；差操不分，兵骄将惰。清代寄兵权于督抚，以收用文制武之效，为防督抚擅兵，又定协款与奏销制度，集响权于中央。绿营本世兵制度，将弃的捧薪极低，既使加上“养廉银”，一般中下层官员的生活也并不宽裕，兵丁则更苦，所以兵弃兼营小贩、手艺糊口的现象极为普遍。加之封建社会的日益腐朽，其将帅以营卒为厮役，不事操防，以空名冒钱粮，专事肥己；兵丁则疲弱涣散，实如倩丐，也就不足为奇了。
另外，绿营兵丁还要兼顾繁杂的差役，如释卒邮差，捕盗巡防等。
这样便造成镇守与百役并肩、差操不分的混淆现象。应差弃兵逐渐养成油滑偷惰之习，其将帅更是惟耽安逸，养尊处优。一遇征调，官兵即向地方勒索车马酒食，稍不如意便百般凌辱，以致地方苦累，民不聊生。
由这样的兵将组成的军队，其战斗力是不言而喻的。
四是各成系统，各分吵域；彼此制约，自顾疆困。在清代中央集权的系统中，一省（或总督辖制的两三省）之内，政、财、军、法各权分立，各有系统，彼此制约，互不相让；而各省（或各相对独立的战区）之间，又由督抚统率各成系统，各对皇帝负责，彼此缺乏横向联系。一遇利害冲突，必然形成自顾疆困，各分岭域的状态。如咸丰二年五月，太平军攻克全州，逼近楚疆，前调至桂省的楚兵，广西巡抚邹鸣鹤坚留刁敬，“以纵贼出境为了事，以留兵自卫为得计”。为此，美国学者马士曾有一段精彩的评论：
“如果黄河决口发生在河南，河南当局当然尽力以赴，但至于如何指导修复工作，使它的邻省山东不致受害，却不是他份内的事情，那是山东当局的事情。如果广西的一次叛变已被制止，叛军被迫逃进湖南省境，那以，‘让它去罢，感谢上苍，总算安然避开了一个恶人’。于是，这又成为湖南当局的事情了。”
由此观之，一方面是文不知兵，武不用命，事权不一，腐败无能的乌合之众；另一面是同仇敌汽，前赴后继，事权归一，万众一心的太平军将士。咸丰尽管“宵旰焦劳，省躬滋惧”，焚香告祖，连连罪己，又能有什么用呢？
就在咸丰调兵遣将，屯兵大江南北之际，天王洪秀全命天官副承相林凤祥、地官正垂相李开芳率领精锐将士两万余人，自扬州出师北伐。
随后，春官正垂相吉文元白浦口、殿左三检点朱锡砚白大京经六合相继统军北上。太平天国投人北伐的兵力三批约有四万余人，其目标是袭取北京。他们采取师行间道、避实就虚的战略战术，攻人安徽后，一路势如破竹，连克滁州、临淮关、凤阳、毫州等地。
咸丰三年五月，北伐军冲破了河南巡抚陆应谷的防御后，进逼开封城下，各地羽书告急。此时几乎已无兵可调、无款可筹的咸丰帝仓皇无措，他在陆应谷告急的奏折上握管哀叹：“汁省能守与否，惟在天也，非人也。”五月二十一日至二十六日，太平军大队人马在巩县附近突破黄河天险，然后乘胜进围豫北重镇怀庆。
无独有偶，太平军渡过黄河的第三天，雷雨大作，汹涌的黄河在丰北西坝再次决口。奔腾的黄河夹着疾风冷雨直灌东境微山湖，冲人运河，远近一片汪洋。接着，永定河、北运河、子牙河、卫河等先后漫溢，近徽各处被淹甚广，京城内亦水深数尺，官署民居多有倒塌。
咸丰闻讯，大骂河员无能：“丰北大工，今春甫经合龙，现复漫决，当此贼氛未靖，筹炯维艰，又复出此巨工，该汛文武所司何事！”同时急派直隶总督纳尔经额为钦差大臣，理藩院尚书恩华和江宁将军托明阿为帮办大臣，调集重兵防堵。北伐军同清军展开了激战，“锁阴邦散重，岩岩峙巨关”，纳尔经额带兵刚到临铭关，北伐大军已兵临城下，清军仓皇失措，车驰卒奔，万余人溃散。太平军乘胜克沙河继续北上，前锋一度逼近保定。
在太平军强大攻势下，清廷惊恐万状，京城大员家眷及官绅人等无不作鸟兽散，连正阳门外也如荒郊旷野，杳无人迹。咸丰帝急忙召集王公大臣商讨对策，要和太平天国农民起义军作殊死一战。
九月初九日，乾清宫上下刀光剑影、杀气腾腾，咸丰在这里举行遣将出征大典。他任命其叔父惠亲王绵愉为奉命大将军，科尔沁郡王僧格林沁为参赞大臣，并分别授予两人锐捷宝刀和纳库尼素宝刀，命“即日统领健锐营、外火器营、两翼前锋营、八旗护军营、巡捕五营、及察哈尔各官兵并哲里木、卓索图、昭乌达东三盟蒙古诸王劲旅，由京前往合剿”。接着，京师戒严，派恭亲王奕䜣署领侍卫内大臣，并准其佩带金桃皮鞘白虹刀，办理京城巡防事宜。其后，又命奕䜣入值军机，赞襄军务，全力围剿北伐军，“夙夜所筹枢务重，助黝有赖是诸卿”。
“锐捷宝刀”和“白虹刀”是道光二十九年道光皇帝赐给他的两个爱子奕詝和奕䜣的两把传世宝刀，希望兄弟二人毋忘弓马骑射，棣华协力重振朝纲。危急时刻，咸丰以此激励将帅，他的最后赌注也完全押在这些满蒙亲贵的身上。当时，守卫京师的各旗营官兵约有十五万人。
九月下旬，北伐军转战至天津附近。天津知县谢子澄带兵拼命顽抗，并掘开芥园大运河堤，使天津城南一片汪洋，倏成巨浸，以阻挡北伐军攻城。时届严寒，北伐军在饥寒交迫中停驻待援。
咸丰四年初，北伐军放弃静海、独流南撤，二月退守阜城，平胡侯吉文元阵亡。四月，北伐军退至东光县连镇待援。其间，洪秀全两次派兵北援，均未成功。北伐军首领林风祥率军固守连镇，与僧格林沁大军相持数月之久。时英、美两国屡次向清政府提出修约交涉，咸丰惟恐夷人北上天津，内外相逼，大局更不堪设想，于是严谕僧格林沁“速将连镇‘贼匪’克日剿除，稗我数万重兵，不致为其牵掣，于防守（外夷）大有关系”。僧格林沁围绕连镇筑短墙二十公里，外掘深壕，紧逼围困，并引运河水淹灌连镇。
五年一月，林凤祥率众突围，不幸受伤被俘，部众半死于刀枪之下，半死于运河水中。林凤祥被押解京师寸碟，就义时刀所及处，眼光犹直视之，终未尝出一声，表现了坚贞不屈的崇高气节。后来太平天国追封其为求王，表彰他的忠勇义烈。
北伐军另一首领李开芳率骑兵二千余人南下接应援军，被清军围困在山东高唐，与胜保对峙。后僧格林沁移军高唐，李开芳率部突围南下，退守冯官屯。清军故伎重演，筑围墙，掘长壕，引运河水灌冯官屯，屯中水深数尺。北伐军粮草火药尽湿，守御不成，突围无望，最后李开芳亦被清廷凌迟处死。
红旗报捷的快马驰人北京后，咸丰喜出望外，连忙奔人寿康宫向皇贵太妃贺喜，并命人笔墨伺候，激动地写下了“喜报红族”四个字。
一八五五年八月一日，愤怒的黄河于河南下北厅的铜瓦厢奔腾溃决，巨浪冲夭，水面横宽数十里至百数十里不等，致使河南、直隶、山东被淹州县多达四十有余。从此，正河断流，黄河改道经山东大清河人海，成为近代黄灾史上最重大的事件。黄流所过之区，灾黎遍野，处处哀鸿；而原有的下游河道则赤地千里，徒步可行，饿俘塞途，惨不忍睹。
一八五六年四月，燕王秦日纲等人在扬州城外大败清钦差大臣托明阿等，再克扬州，清江北大营溃败。接着，江苏巡抚吉尔杭阿兵败自杀。
同年五月，翼王石达开和秦日纲又合军夹攻江南大营，钦差大臣向荣兵败走丹阳，自溢而死。这样，太平天国解除了威胁天京的肘腋之患，自上游武汉至下游镇江的千里大江上太平军畅行无阻，形成了太平天国军事史上的全盛时期。
为挽救摇摇欲坠的封建统治，咸丰皇帝在兵响两难的情况下，不得不变以求通。
咸丰三年秋天，根据咸丰就地筹炯的旨意，首先在扬州江北大营产生了厘金制度。这是一种变相捐输，抽取日用必需品的百分之一税款，亦称“厘捐”，后来逐步推行到全国各省。它从产生之日起，便独立于国家的财政系统之外，由统兵大臣和各地督抚自行掌握，设局委员，总理其事。此项收人，各省逐年增加，不仅取代，而且远远超过了咸丰即位以前的常关关税，成为当时督抚权重的重要经济基础。除了厘金以外，原来由中央吏、户两部掌管的捐纳、捐输等权限也开始下放给地方。同时各省用兵需晌，又纷纷截留应该调拨中央的款项，使原来的解协款制度也发生了重大变化，地方政府只要解足一定份额的“京炯”外，其余款项便可自行收支挪用。这样，随着地方收支范围的不断扩大，地方财政与税收机构亦日趋完备，最后逐渐形成财政、税收、金融各自分开，归属于督抚的地方财政系统。与此同时，清王朝的财政中心也开始由中央向地方转移，这给整个中央集权系统埋下了致命的隐患。
为解决将领乏人、兵不堪用的问题，咸丰仿效前期以乡勇助官兵的办法，号召各省地方官举办团练。太平天国定都南京后，短短一个月内，咸丰皇帝便先后任命四批团练大臣，总计达四十五人。但这些团练大臣碌碌无为者多，只有在籍侍郎湖南团练大臣曾国藩练兵效果显著。曾国藩接到咸丰命他“帮同办理本省团练乡民搜查土匪诸事务”的谕旨后，其心志本不在乡勇团练，而是要另起炉灶，创建新军。于是他打着团练的旗号，改革军制，与一些志同道合的湖南乡绅，建立起一支新的武装力量－湘军。
湘军兵制采用的是明代戚继光的束伍之法，其上兵的来源都是招自湖南的乡农，招募制度是兵必自招，将必亲选；各军统领由大帅挑选，营官由统领挑选，哨弃由营官挑选，什长由哨弃挑选，士兵由什长挑选，好像大树一样，大帅如根，由根而生干、生枝、生叶，上下一气贯通。
其粮响军需由大帅自筹得来，故大帅有权支配各种晌项，其下弃兵亦只知有大帅而不知有皇上。这样，就把清朝绿营制度下的兵为国有变成为兵为将有。湘军实际上成为了曾国藩的私军。
湘军成立以后，咸丰帝对曾国藩一人统领重兵很不放心，不仅多方籍制，而且始终不把湘军放在镇压太平天国的主要战场上，长期不授予曾国藩等人军政实权。
一八五四年十月，湘军一举攻破太平军固守的武昌重镇。被太平军打得焦头烂额的咸丰闻报后，大喜过望，一时竟忘了原来的猜忌之心，立刻任命曾国藩为署理湖北巡抚，并眉飞色舞地对军机大臣说：“不意曾国藩一书生，乃能建此奇功。”首席军机大臣祁漓藻进言说：“曾国藩以侍郎在籍，犹匹夫耳。匹夫居间里，一呼踱起，从之者万余人，恐非国家之福。”咸丰听后默然变色。结果，曾国藩假意辞谢的奏疏还没有到达北京，皇帝早已改变了主意，降旨令曾国藩毋庸署埋湖北巡抚，仅赏给一个兵部侍郎衔。
咸丰帝如此小心是有来由的。早在清代前期即已形成的高度中央集权体制中，地方督抚的权力是很大的，举凡地方上的民政、兵政、财政、司法诸大权都统辖于他。为了防止其擅权，清廷特在督抚之下设立承宣布政使司主管一省的民政和财政，另设提刑按察使司主管一省的刑名和按幼，两司都不是督抚的属官，各听命于吏部和户部，有专折奏事之权，督抚对于他们，不过居于督率的地位。这样，中央便收各行省大权而不为督抚所把持。同时，清廷为防止武将擅权，督抚以文人锉任，不用武人，盖以武人知兵，不能轻与事权，文人不习兵事，不妨假以重任。这样，平时收以文制武之效；有大事的时候，清廷也不责之于督抚，而是特简经略大臣等，代表皇帝专事征伐。但翻江倒海的太平天国大起义打乱了清王朝传统的中央集权体制，为度过前所未有的经济危机，清廷被迫下放财权给督抚，允许他们就地筹款，自行支配。一般的地方督抚对兵事不感兴趣，对朝廷构不成什么威胁。曾国藩却不同，他颇知带兵用将，无疑是清廷中央集权政治的隐患。所以军机大臣一席话，使咸丰立时醒悟。他从此严守祖训，再不肯把督抚大权交给手握重兵的曾国藩，使其六七年中一直不能大行其志。
咸丰的猜忌和防范，引起曾国藩集团的极大反感。
咸丰十年春，清政府苦心经营的江南大营再度崩溃，十余万太平军如决堤的大潮，奔腾汹涌地席卷苏常。咸丰闻讯，愤而咯血。湘军集团的将领们却欢喜异常，以为是自己的出头之日。左宗棠掀髯笑日：“天下其有转机乎？”有人细问其故，左宗棠说：“江南大营将骄卒惰，万不足以讨‘贼’，得此一洗荡之，后来者可以措手耳。胡林翼也表示，朝廷若能让曾国藩主持江南军事，则大事可定。”
江南大营溃败后，咸丰环顾天下，除了保卫京津以对抗英法联军的满蒙八旗外，实在无人可对付江南的太平军。但他还不想把督抚大权一下子交给曾国藩，江宁将军督办苏、浙、皖、赣四省军务的钦差大臣和春死后，咸丰先是命荆州将军都兴阿督办江苏江北军务，广西提督张玉良署理钦差大臣，江宁副都统魁玉署理江宁将军。但是势如破竹的太平军连战皆捷，江南大局危在旦夕，为挽回败局，巩固北路藩篱，万般无奈之中咸丰终于下令赏前任侍郎曾国藩兵部尚书衔，署两江总督。但当时并没有给其典兵之权，直到英法联军北塘登陆、张玉良畏蕙革职、太平军占领余杭之后，咸丰才实授曾国藩为两江总督、钦差大臣，督办江南军务。从此，在镇压太平军和捻军的战场上，兵为将有的私人武装逐渐取代了兵为国有的八旗、绿营。
曾国藩临危受命后，并没有按照咸丰的旨意办事。对咸丰催其“迅拨劲旅驰往救援”，“迅扫逆氛以慰联望”的十余道严旨，他也无动于衷。
而且更让咸丰寒心的是，一八六〇年九月，他带领嫔妃宫监和亲信大臣逃往热河时，各地督抚、将军纷纷带兵赴京“勤王”，而唯有曾国藩接到“勤王”谕旨后，迟迟按兵不动，并以种种理由拖延时间，以待军国之变。
在大兵压境、朝廷危在旦夕之际，曾国藩倒底在忙什么呢？他在全力经营自己的地盘。
曾国藩得到两江总督、钦差大臣的权力后，一方面破格请将，放胆添兵，积极培植羽翼；一方面扩张江南和皖南淮扬响地。待兵源、响源落实之后，他便积极扩张防地：首先接统皖南张莆诸军，渐次裁汰；其次控制督办宁国军务的周天受，合并其军，派荆州将军都兴阿接办扬州防务（都氏向为配合湘军之马队）；然后是镇压太平军的三支主力：左宗棠人浙，取代杭州将军瑞昌；李鸿章援沪，接替江苏巡抚薛焕的防务；其弟曾国荃一军围攻金陵，成为全局的核心。同时围绕着两江总督曾国藩，李鸿章任苏抚，沈葆祯任江抚，李续宜任皖抚，左宗棠任浙抚。把清廷原来对付太平军的几个战场，变成一个整体，大江南北的军政指挥权，完全为曾国藩所控制。两江总督统辖三省（苏、皖、赣），财富甲于全国。在此得天独厚的经济基础上，湘军集团急剧扩张。
咸丰最不愿意看到的地方分权势力终于形成了，清代高度中央集权的金字塔开始倾斜。但历史就是这样不以人的意志为转移的，此后的历史发展也证明了中央的权威一年不如一年，最后中国出现了历史上从未有过的军阀割据，不能说跟这没有一定的关系。
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