在拓跋魏发展和势力壮大的过程中，后燕的支持和帮助曾经起过至关重要的作用，但随着时间的发展，两国之间的关系却渐渐出现了裂痕。当他们共同征讨敌人时，由于后燕一方扮演着帮助者的角色，所以总在心理上占有优势，在战后分配战利品时，他们也总有意无意地抢夺更多的人口和战利品，擅自做出人事安排，有时还会介入拓跋珪对周围部落的战争，这些都让拓跋珪对后燕越来越不满。 　　登国六年，慕容垂的儿子慕容麟攻打贺兰部，还抓走了拓跋珪的舅父贺讷，拓跋珪带兵来救援，慕容麟这才退走。后来慕容垂归还了被掳的贺兰部众，却扣留了出使中山的拓跋珪之弟拓跋觚，藉此向拓跋珪索要战马。此时的拓跋珪已经想要彻底废除游牧民族的兄终弟及制，转而建立起中原王朝那样父死子袭的制度。想到这个弟弟将来有可能与自己的儿子争夺王位，拓跋珪拒绝了后燕的要求，从此拓跋觚被扣留在后燕直至被害，燕魏也从此绝交，拓跋珪转而与慕容垂的敌人、西燕的慕容永交好。 　　虽然魏燕之间的矛盾已经激化，但当时双方的周边还都不安定，谁也不愿意在这个时候发生战争。到了登国十年（公元395年），后燕已经消灭了西燕，北魏也清理好了周边环境，这两支北方最大的势力终于要开始一场生死较量了。 　　这年五月，慕容垂调动重兵攻打拓跋珪。他是当时一流的军事家和政治家，遗憾的是后继无人，几个儿子都没有大本事。这次他派太子慕容宝担任主帅，希望一举消灭魏国势力，但这个儿子根本没有军事才能，只想着尽快打一个大胜仗，能够风风光光地即位。他自以为人多势众，从一开始就骄傲轻敌，而拓跋珪则听从部下的建议，避开后燕的主力部队，把人口畜群都迁到黄河以西，让后燕军队不费力气就拿下了五原郡。这一来慕容宝更加得意，率领大军一路赶到黄河岸边，打造船只，准备过河追击。拓跋珪则在河边修筑了许多防御工事，一边让军队严密防守，一边派出三路大军悄悄包抄到后燕军队的侧翼和后方，切断了他们回国都中山的道路。 　　到了九月，后燕渡河的船造好了，大军在慕容宝的率领下准备向对岸进发。但河面上突然起了大风，燕军的几十只船被吹到对岸，船上的三百多人当场被魏军抓获。这一下事出突然，许多后燕将士心中都有了不祥的预感。 　　如今的慕容宝已经很久没有得到朝中的消息了。来往于军中和中山的使者都被魏军抓获，拓跋珪又伪造消息广为散布，说七十岁的慕容垂已经病死。慕容宝难辨真假，以为父亲真的已经去世，担心别人夺去自己的皇位，再也没有心情和魏军纠缠下去，干脆烧了渡船，撤军回去。这时已经是冬天，但天气还不太冷，慕容宝觉得河面上肯定不会结冰，魏军也不能追来，就没留心身后的防守。 　　但上天似乎真的有意要帮助北魏，几天之后风云突变，气温骤降，河面上结了厚厚的冰层，拓跋珪抛下辎重，指挥两万魏军精锐轻骑迅速渡河，昼夜兼程，直追到山西大同附近的参合陂，后燕军正在这里扎营休息，拓跋珪悄无声息地突袭燕军营地，燕军猝不及防，营中顿时乱作一团，士兵们争相逃跑，互相踩踏，忙乱之中几万人死伤，几万人投降，只有慕容宝带着几千人逃走。 　　这一战之后，后燕的精锐部队丧失殆尽，北魏缴获的物资不计其数，两国的军事和经济力量对比发生了很大变化。但这时拓跋珪却犯了一个大错误，他听从部下的偏激意见，将投降的燕军全部杀死，只留下一些具有政治才能的汉人，却没有想到这种滥杀的政策会给自己未来的事业造成多么大的负面影响。