“北京人”头盖骨化石失踪，造成世界科学史上的重大损失。北京猿人即“直立北京人亚种”，1921—1923年发掘于北京市西南郊周口店镇西的龙骨山，1927年开始系统发掘，1929年12月2日，著名历史考古学家裴文中教授首先发现了第一个保存完整的北京猿人头骨，这一重大发现震动了整个国际学术界。北京猿人化石是古人类研究史上的重大发现，是全人类的共同财富，成为举世公认的瑰宝。1937年七七事变爆发后，北京人遗址被迫停止发掘，“北京人”化石不得不转存于北平协和医院实验室。1941年12月，太平洋战争爆发，北平协和医院将“北京人”化石送交美国海军代为运出，后来传说该文物在秦皇岛附近遭日军截夺。从此，“北京人”化石便下落不明。抗战胜利后，虽经国民政府及民间组织多方查找，最终也一无所获。关于“北京人”失踪之迷，本书将专章讨论。
庐山标本化石损失。战后，据庐山森林植物园负责人荣仁昌函报，“以庐山植物园植物标本图书79大箱、及中央研究院奇珍图书及岩石标本一批约200箱，均为日军运走，拟恳查明当日驻牯日军长官”。中国第二历史档案馆档案，全5，卷11696。
中央研究院殷墟古物、拓片、书籍损失未列详单，中央研究院历史语言所损失1052箱标本，内有考古组的人兽骨、陶片等珍贵标本954箱。
1945年11月11日，北平静生生物调查所接受保管员夏纬琨呈报该所损失，“查静生生物研究所建立于中华民国17年，以调查研究中国动物植物，发扬中国学术为宗旨，为一纯粹学术机关。历年搜集动物标本三十余万件，植物标本约22万号，多系罕见品种，购置图书十余万卷，欧美杂志三百余种，尤多绝版文献。家具仪器设备完善，楼房建筑宏壮，开辟以来，成绩卓著，研究工作，世界驰名。不幸于民国30年12月8日被日军第1855部队所属之篠田部队强行占据，索取建筑图案及一切物品清册，并将原有职员一律解散以蛮横之日军进住所内秘密行动，不知作何阴谋。4年之间该所设备破坏不堪。日本投降消息传来之后，该罪首篠田统将其阴谋证据及文件焚烧数日，畏罪潜逃，仅留兵役数人打扫房屋。职于上月17日奉令接受检查，结果损失奇重。”《教育部平津特派员办公处关于各机关学校赔偿损失往来文书》，中国第二历史档案馆档案：全5，卷1632。
清废帝溥仪被赶出故宫时带走的大量珍贵文物，其下落是我国文物史上的又一不解之谜。1924年12月24日，溥仪被冯玉祥将军驱逐出宫，溥仪随从带走大量所谓“私人财产”，其中包括经过精心挑选的众多国家级文物。溥仪出宫后，躲进日本公使馆。1925年2月，溥仪秘密潜往天津，在天津日租界内设立“行宫”，仅密藏在日租界张园内的故宫文物和珠宝即达七十多箱。战后，溥仪自己提供的材料承认，从宫中盗出的文物，“记得的有王羲之、王献之父子的墨迹《曹娥碑》、《二谢帖》，有僧怀素、欧阳询、宋高宗、米芾、赵孟頫、董其昌等人的真迹，有司马光的《资治通鉴》的原稿，有唐王维的人物，宋马远、夏珪及马麟等人画的《长江万里图》、《张择端清明上河图》，还有阎立本、宋徽宗的作品；古版书籍方面，乾清宫西昭仁殿的全部宋版、明版书的珍本，都被我盗运来了。运出的总数大约一千多件手卷字画，二百多种挂轴和册页，二百种上下的宋版书。……这批东西移到天津，后来卖了几十件。伪满成立后，日本关东军参谋吉冈安直又把这批珍品全部运到东北，日本投降后，就不知下落了”。
1931年11月10日，溥仪在日本人的策划下秘密逃往东北。1932年，日本关东军司令部中将参谋吉冈安直将存放在天津静园的部分书法名画、宋元善本、珠宝玉翠约70箱运至长春伪宫内，书画木箱存放伪宫东院图书楼楼下东间，小金库18个存缉熙楼客厅，内有6匣装汉玉一百余件，余则为古玩金饰。
1945年8月，日本战败投降，当时伪满都城新京（今长春）一片混乱，转移各种物资准备最后逃亡。在溥仪仓促出逃的三天两夜里，溥仪指使随从将原故宫文物和后来搜括来的大批珍贵珠宝装载七十多辆汽车，其中有价值连城的顶珠冠、镶金猫眼石坠、清代龙袍等，溥仪的嫔妃们也收拾数十箱宝物首饰。8月11日，几辆日本军车满载文物珠宝而去，伪满皇宫小白楼剩下一些文物被毁损，字画被警卫伪宫的伪军哄抢。有个叫金香蕙的士兵，一人就掠夺书画三十余卷。有些墨宝在争抢中被撕残。如范仲庵亲笔《二札帖》，被残而为二，元人杨桓、赵孟頫等三家合书的《尚书·无逸篇》，在争抢中一分为三。
1945年8月13日，溥仪在一群日军护卫下，逃进通化大栗子沟，在大栗子沟停留期间，变卖、散失不少珍品。上世纪五六十年代，从民间发现唐人韩干的《神骏图》、宋人赵伯驹《莲舟新月图》、明刘锋的《罗汉图》等卷。不忍言说的是，散在民间的珍贵字画有的因被埋藏地下而腐坏，有的付之薪火。杨仁愷：《国宝沉浮录（增订本）》，辽海出版社1999年版，第95页。
溥仪最后挑出一些体积较小的文物继续随日军逃跑，后被苏联红军俘虏。溥仪随身携带的468件故宫文物最后回归祖国。1946年2月13日，平津区副代表王世襄呈报“满洲伪宫佚出赏溥杰之书画1000余件，请派员密查收归国”。1946年7月，追回了溥仪在天津的部分文物。中国第二历史档案馆档案，全5，卷11685。遗散的国宝，有很多通过各种渠道流到国外，仅美国纽约大都会博物馆就藏有17件。其中，有北宋郭熙的《树色平远图》、米芾的《吴江舟中诗》、南宋江参的《林峦积翠图》。还有不少文物则不知所踪。
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