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清朝统治者对明朝留下来的文人，一面采取招抚办法（按梁启超的说法，那叫诱奸），一面对不服统治的，采取了严厉的镇压手段。就在康熙帝即位的第二年，1663年，有官员告发，浙江湖州有个文人庄廷NFEA6，私自招集文人编辑《明史》，里面有攻击清朝统治者的语句，还使用南明的年号。这时候，庄廷NFEA6已死去，朝廷下令，把庄廷NFEA6开棺戮尸，他的儿子和写序言的、卖书的、刻字的、印刷的和当地官吏，被处死的处死，充军的充军。案件前后株连数百人。
公元1711年，又有人告发，在翰林官戴名世的文集里，对南明政权表示同情态度，又用了南明的永历帝的年号，就下令把戴名世打进大牢，判了死刑。这个案件牵连到他的亲友和刻印他文集的，又有三百多人。
雍正帝统治下，文字狱也更多更严重，最出名的是吕留良事件。
吕留良也是一个著名学者。明朝灭亡以后，他参加反清斗争没有成功，就在家里收学生教书。有人推荐他博学鸿词科，他坚决拒绝了。官员劝他不听，威胁他也没用，后来他索性跑到寺院里，剃光了头当和尚。官员们也拿他没办法。
吕留良当了和尚之后，躲在寺院里著书立说。书里面有反对清朝统治的内容。幸好书写成了，没有流传开去，吕留良死了，更没被人注意。
有个湖南人曾静，偶然见到吕留良的文章，对吕留良的学问十分敬佩，就派了个学生张熙，从湖南跑到吕留良的老家浙江去打听他遗留下来的文稿。
张熙一到浙江，不但打听到文稿的下落，还找到吕留良的两个学生。张熙跟他们一谈，很合得来。他向曾静汇报后，曾静也约两人见了面，四个人一商量，就估摸着想推翻清王朝。
他们懂得，光靠几个读书人办不了大事。打听到担任陕甘总督的汉族大臣岳钟琪，掌握很大兵权，因为讨伐边境叛乱的时候立了战功，受到雍正帝重用，就想利用岳钟琪反清。可笑的是，他们的策反策略全是书生式的，试看张熙如何劝说岳的：“将军跟清人是世仇，您难道不想报仇？”
岳钟琪：“这话从哪儿说起？”
张熙说：“将军姓岳，是南宋岳忠武王（就是岳飞）的后代，现在的清朝皇帝的祖先是金人。岳王当年被金人勾结秦桧害死，千古称冤。现在将军手里有的是人马，正是替岳王报仇的好机会呢。”
最后的结果是，这个所谓的岳飞的后代，从张熙嘴里套出全部情况，把他们一窝儿告发了。严格来讲，这案子不单单是文字狱，因为它真的是反革命案件，一点也不冤。至于其他，则大都是冤的，比如翰林官徐骏在奏章里，把“陛下”的“陛”字错写成“狴”（音bì）字，雍正帝见了，马上把徐骏革职。后来再派人一查，在徐骏的诗集里找出了两句诗：“清风不识字，何事乱翻书？”忽忽，恶心我们大清民族不识字，诽谤嘛，杀！
雍正时有一个典型的文字狱案，叫查嗣庭试题案。查嗣庭是康熙朝进士，后官至礼部侍郎。雍正四年（1726），查嗣廷在江西做正主考。根据科举八股文命题的惯例，他选《诗经·商颂》上的句子出了一道“维民所止”的命题。不料却被人告发借出题名义用“维”、“止”二字影射“雍正无头”，讽刺时事，居心叵测。于是雍正下令将查氏革职问罪。结果，查嗣廷在狱中冤死，仍被处以戮尸枭首，子辈株连死罪，家属流放。
乾隆在搞文字狱方面，绝对不亚于自己的父祖们，乾隆二十年（1755），皇上看胡中藻不顺眼，便命人暗中收集胡中藻所出试题及诗文，以其任广西学政时所出试题中有“乾三爻不象龙说”七字，指责诋毁乾隆年号；以其所写《坚磨生诗抄》中有“一把心肠论浊清”，指责故意在清国年号加“浊”字；诗中还有“与一世争在丑夷”、“斯文欲被蛮”等句，因有“夷”、“蛮”字样，被说成是辱骂“满人”；又有“老佛如今无疾病，朝门闻说开不开”句，被指斥是讥讽乾隆的朝门开不开。总之，数罪并罚，胡中藻被判处斩首。
科学家曾做过一个有趣的实验：他们把跳蚤放在桌上，一拍桌子，跳蚤迅速跳起，跳起的高度均在其身高的100倍之上，堪称世界上跳得最高的运动员，这一点，倒跟知识分子的超越性有点类似。可惜的是，科学人员在跳蚤的头上罩上一个玻璃罩，再拍桌子，跳蚤一跳，碰着了头，再拍，再跳，再碰，连续多次后，跳蚤适应了玻璃罩，不再跳那么高了，每次跳跃，总会保持在罩的高度以下。科学家继续改变罩的高度，跳蚤也跟着改变自己的跳跃高度，最后，玻璃罩接近桌面，再也没有跳跃的空间了，于是，跳蚤变成了爬蚤。
如果说科举的八股制文让中国知识分子终身俯在了一条狭窄的羊肠小道上，那么，高悬在头上的文字狱，则犹如跳蚤头上的玻璃罩，于是，是中国的知识分子慢慢地集体趴下。清朝学者钻进书斋，趴到了故纸堆里，大搞特搞繁琐不堪的考据之学了。
其实，最让人悲哀的是，中国传统知识分子在帮助统治者打江山的时候，从来没有想到给自身打造一个安全的堡垒。这一点，中国传统知识分子跟农民这个阶层一样的懵懂无知，只是被人利用的工具而已。站在这个角度，中国的知识分子与文盲草民们又有什么区别呢？