阿尔及利亚一直是法属殖民地，二战后，它开始为自己的独立进行不屈不挠的斗争，但好战分子当权的法国顽固地保持着继续统治阿尔及利亚的希望，两国间或大或小的摩擦一直不断。1958年，随着世界各殖民地的相继独立，这一民族矛盾被激化了，阿尔及利亚战争拉开了序幕。
世界上各种悲剧中，没有比阿尔及利亚战争更让萨特愤慨、痛心的了。在阿尔及利亚，法军秘密拷问积极参与反抗运动的穆斯林，绞刑、电刑、火刑、溺刑、敲断骨头、烧烙脸、拔指甲、刺皮肉等种种酷刑被当作获取情报的正常的、不可缺少的手段。在阅读来自曾在阿尔及利亚服役的人的稿件，不断有阿尔及利亚人痛苦哀号、抽搐惨叫的信息传入萨特的耳里。不仅如此，作为一个不能容忍谎言的知识分子，萨特痛心地看到：大多数法国人对此熟视无睹，他们避口不谈酷刑，仿佛它并不存在；当警察动辄殴打住在法国的阿尔及利亚人时，没有人提出异议。萨特发现：一刻间法国人都变成了大国沙文主义者，表现出他们根深蒂固的种族主义态度。
一直以来，萨特就是一名毫不妥协的反战积极分子，阿尔及利亚战争一爆发他就看出了这一殖民问题的实质并不惮于率先将自己的见解公之于众：
“压根儿就没有善良的殖民者与恶棍之分，统统是白人殖民者；事实就是如此，我们一旦明白这个道理，就能够明白为什么阿尔及利亚人是正确的，他们的自由和法国的自由只有在殖民主义被根除之后才能到来。”
当好战组织社会激进联盟通过一项权力法案，派遣应征入伍者去北非参加被当局称之为“最后一刻钟”的战争时，萨特又站出来大声疾呼：
“我们惟一能够而且应当做的事——而且在今天是最重要的——就是站在阿尔及利亚人民一边，把阿尔及利亚人和法国人从殖民主义的暴政下解脱出来。”
可一切都让人感到力不从心，萨特除了在媒介发表讲话外，所能做的就只有从应征入伍者那里搜集到通过邮寄入境的酷刑目击者的报道以及有关抢劫、恐怖屠杀的消息，然后每隔10天在《现代》上公布一次证据。
“最后一刻钟”还是演化成了一场双方竭尽全力的战争，阿尔及利亚民族解放阵线正式宣告成立。少数坚持正义的法国人参加了该组织的地下联络网活动，他们得到了萨特无一例外的支持，其中包括新加入《现代》杂志社的弗朗西斯·让松。每当有可能凭借合法的手段帮助阿尔及利亚人为自由而战时，萨特总是毫不迟疑地全力以赴。不久，机会来了。一位名叫萨多克的阿尔及利亚人打死了阿尔及利亚有名的投降派——前议会副议长谢卡尔。在对他进行审判之前，他的律师请萨特及其他几位著名左翼知识分子为他辩护。
步入法庭的萨特似乎不如平素发言之前那样沉着、冷静，尽管做了充分的准备，他仍然难以抑制内心的紧张与激动。平时在各种大会或小会上，言辞可以轻巧地从口中吐出，但今天不同，一个人的生命正悬在空中啊！如果能免判死刑，那么萨多克再过几年就会在大赦中重获自由，因此今天的辩护成败太重要了。和萨特一样，其他几位证人也都显示出焦躁不安，似乎人人都认为自己的证词会对法庭的判决产生决定性的影响。
萨特是最后出场的几位证人中的一个，他觉得自己已经尽了全力。首先，他以自己的态度和萨多克的态度作比较，说明年轻人不可能有年长者那样的耐心，更何况像他这样一出生就目睹法国人在自己的国土上罪行累累的年轻人。接着，萨特强调政治谋杀和恐怖主义行为是有区别的，而被告的行为无疑属于前者。为了缓和法庭的气氛，尽量避免触怒法官，整个辩护过程中萨特煞费苦心地采用了尽可能温和的言辞。
走出法庭后，萨特和波伏娃满心焦虑：萨多克会被判死刑吗？为了排遣好几天之内积累起来的紧张心情，很久没有喝酒的萨特决定找间酒吧坐坐。喝了一点威士忌后，他忽然陷入暴怒、沮丧之中，与出庭作证时的彬彬有礼、温文尔雅判若两人。“想想吧，我站在那儿，赞扬谢卡尔！全是为了取悦法庭中那些好战分子！简直不堪回首！”他咆哮起来，“为了那几个好战分子，竟这么干！”他一遍又一遍地唠叨，满眼都是泪，波伏娃在一旁急得不知该如何劝慰。其实，萨特这次发作的原因不仅仅是厌恶自己在法庭上所作的妥协，也因为近几个月来发生的种种事情使他的神经绷紧到了要断裂的地步。好在一切努力没有白费，第二天，法庭宣判：判处萨多克终生监禁，萨特感到如释重负。
风起云涌的抵抗运动使法国当权者不得不让步了。1960年9月16日，戴高乐提出让阿尔及利亚实行“自决”，在三种方案中选择一种：彻底“法国化”、彻底独立和“联合”。但是顽固坚持法国统治阿尔及利亚的死硬分子不同意“自决”，他们在阿尔及尔设置路障，在巴黎掀起暴乱的狂潮，并策划了一连串以反对“自决”为宗旨的阴谋。
通过谈判谋求和平的努力，一开始就告失败。征兵又开始了，入侵队伍很快重新组织了起来。萨特感到不得不再次站出来说话了，他对新创立的反战报纸《自由真理报》的记者说，民族解放阵线的胜利就是一切正义事业的胜利。据称，他这一讲话“引起军人抗拒命令”。政府慌忙没收了刊登萨特讲话的这期报纸，并开始对该报编辑部的全体工作人员实行监督。为什么不把法国左派联合起来，公开表明自己的立场呢？
《现代》8月号发表了由121人签名的声明，签名者是包括萨特、波伏娃在内的一些举足轻重的知识分子、教师和艺术家，声明号召应征入伍的青年不服从入侵的命令。声明的效果是很明显的，军队中响起一片造反之声。很快，8月号《现代》被政府全部没收，与此同时，许多签名者被迫接受当局的审查。9月8日，《巴黎新闻》出现了大字体标题：“让·保尔·萨特、西蒙·西尼奥雷等一百多人可能被监禁5年。”“萨特就要被逮捕了！”人们奔走相告。当时的新闻部部长泰雷诺瓦在一次宴会上的发言似乎更证明了这点：“萨特代表一种无政府主义的和自杀性的独裁力量，目的在于用这种力量欺骗迷惑的、堕落的知识分子。”此言一出，中伤和造谣向萨特铺天盖地而来，有的报纸称萨特为“叛徒”，而有的叫他“法国之敌”。然而萨特根本没有时间也不屑于去理会这一切。
紧接着，好几名签名者遭到了指控，被传到法庭受审，局势越来越严峻，但没有人害怕，反而不断有人在声明上签字，《思想》、《真理与自由》等报纸相继做出了声援的姿态。面对反战的浪潮一浪高过一浪，当局恼羞成怒，明令在声明上签过字的人不再允许在电视和广播上露面，连他们的名字也不准在任何节目中被提及。不久，《现代》等报刊杂志的编辑部遭到查封。
矛头总是直指萨特而来。一天，约5000多名退伍军人在香榭丽舍大道上游行，抗议以萨特为首的反战派，他们高呼：“枪毙萨特！”报刊趁机对这次游行大肆喧染，并不断借题发挥。《巴黎竞赛画报》发表了大字标题的社论：“萨特：内战贩子！”看起来，他们要采取切实的行动了。
11月8日，警察来到波伏娃的寓所，通知说她和萨特已被官方正式指控，并当即口头审查了他俩。然而这不过是一次雷声大、雨点小的威胁行动。看清了对方骨子里的胆怯，萨特和波伏娃决定利用这次机会再扩大声势，因此他们把责任一个劲地往自己身上揽，企望在受审的时候对事实的本质作最彻底的揭露，然而就在开始审问的前一天晚上，主审官却自称生病了，于是审讯改期。但到了这个日期，审问又推迟了，这一次是无限期推迟，理由简直算不上理由，说档案还在检察官那儿，不久，这次指控就不了了之了。当局不希望起诉萨特，据说戴高乐本人发了话：“那些知识分子让他们爱怎么搞就怎么搞……我们不要去捉伏尔泰。”一场让人啼笑皆非的闹剧就这样收场了。
然而事情并没有完。一天夜里，大约凌晨两点钟，住在波伏娃寓所的萨特被一个沉闷的响声惊醒，他连忙走到阳台上，圣纪尧姆洛街方向升腾起一股浓烟。“噢，他们嗅出我们住在这里了。”萨特并不感到震惊，这已经不是巴黎发生的第一次塑性炸药爆炸事例了。这次爆炸无疑是冲着萨特来的，炸药就放在萨特房间的上层，两套房间和一间卧室被毁，三楼以上的楼梯凌空悬了起来，所幸没有人受伤。这次爆炸事件是秘密军队组织对不久前萨特举行的一次记者招待会的报复。房东害怕了，要求萨特立刻搬走：“就因为你们搞政治，才弄到这般地步，我们谁都遭罪！”然而，明事理、有正义的人更多，人们纷纷寄来信件或电报对萨特表示慰问，鼓励他继续斗争。在一家餐馆里，一位顾客走到他面前，伸出一只手说道：“尊敬的萨特先生，你好样的！”
暴力袭击是意识到大势已去的绝望表现，历史的车轮谁也无法阻挡。1962年3月18日，法国代表与阿尔及利亚共和国临时政府签署了停战条约——“埃维昂协约”，3月19日，阿尔及利亚战争正式停火。不久，阿尔及利亚人民以5975581票对16534票选择了独立，一场长达6年的噩梦终于过去了。
