随着医疗经验日益积累和医学研究范围扩大，必然出现各有专长的医学家，形成按照性质任务或所治疾病的不同而分科。最早是医术与巫术分立。《周礼》所记“巫祝”在春官大宗伯的官职之中，而“医师”则已改属天官冢宰，可见殷商医巫不分或巫医统治的局面，在《周礼》中已分立而属不同领域了。医师这一职业，当时也已分为若干科。比如《周礼·天官冢宰》记载食医、疾医、疡医、兽医等四科，并详述其业务范围和职能。食医“掌和王之六食、六饮、六膳、百羞、百酱、八珍之齐”。即掌管统治者饮食与营养。“疾医，掌养万民之疾病，..凡民之有疾病者，分而治之”，即以诊治广大群众内科疾病为职务。疡医“掌肿疡、溃疡、金疡、折疡之祝，药、劀、杀之齐”，即诊治各种疮疡、刃伤和伤损骨折等外科疾病，并负责外用腐蚀消毒药品制备。兽医“掌疗兽病、疗兽疡”。这一分科和分工，可以证明这时期医药学已相当进步。 　　春秋战国时期，学术思想活跃，产生了许多思想家、哲学家和科学技术人才，也出现了大批医疗技术专书和医学理论名著。《汉书·艺文志》记《泰始黄帝扁鹊俞拊方》二十三卷，《五脏六腑疝十二病方》三十卷，《五脏六腑疝十六病方》四十卷，《五脏六腑瘅十二病》四十卷等。《五十二病方》一书，1973年出土于长沙马王堆，原缺书名，以目录：“诸伤、伤痉、婴儿索痉、婴儿瘈..凡五十二”为据命名。它基本上是一部外科专书，如首先论述诸伤，其次论各种外伤引致之破伤风，婴儿断脐所致之破伤风、狂犬咬伤、犬咬伤、肛门瘘管、痔疮、溃烂、疣肿、蛇咬伤..等等。因此，与《汉志》所载《金创疭瘈方》有相似之处。它在许多外科疾病的论述和医疗技术上都达到了相当高的水平。例如，使用探针以探索肛门瘘管之深浅、方向，从而决定治疗方案；用犬膀胱纳入肛门，充气后拉出，使内痔尽出以便手术切除；对疝气之论述和鉴别，特别是使用疝气带、疝气罩进行保守治疗，还有甚似修补术的外科手术等等。早期医学家探讨人体奥秘，发病实质和治疗原则，从而又出现许多理论名著。如《汉书·艺文志》记有：《黄帝内经》十八卷、《黄帝外经》三十七卷、《扁鹊内经》九卷、《扁鹊外经》十二卷、《白氏内经》三十八卷、《白氏外经》三十六卷、《旁篇》二十五卷，共七家，216卷。可惜仅《黄帝内经》尚存，其他均已散佚。 　　《黄帝内经》奠定了中医学发展的理论基础。简称《内经》，最早见于《七略》和《汉书·艺文志》。其成书归之于黄帝，自不可信。然以本书某些辞句为根据，认为成书于汉甚更晚，也是欠说服力的。林亿《甲乙经序》说：《内经》“非黄帝书，似出于战国”。《朱熹文集·古史余论》：“至于战国之时，方术之士，遂笔之书，以相传授”。《四库全书·简明目录》：“其书云出上古，固未必然，然亦必周、秦间人，传述旧闻，著之竹帛”。吕复认为：“乃观其旨意，殆非一时之言，其所撰述，亦非一人之手”。这都是说，《内经》之成书，约在战国时期，但并非一时一人之言，而是长时期众多医家共同的结集。 　　《内经》由两部古典著作组成，即《素问》和《灵枢》，现传本各九卷，共一百六十二篇。《针经》九卷，即《灵枢经》。《内经》综合前代医药学成就和理论认识，对人体解剖、生理，病因、病理、症候、诊断、治疗和预防，药物的性味、功用，方剂、组成等，进行了系统的论述。如对人体五脏六腑，脏与脏，腑与腑，以及脏与腑之间的生理病理关系，均绳之以当时盛行的阴阳五行学说。所谓五脏，是心、肝、脾、肺、肾，属阴。六腑，是胃、大肠、小肠、胆、膀胱、三焦，属阳。书中运用金、木、水、火、土之间的相生相克关系，阐述脏腑之间的相生相克关系，如肝木克脾土，即肝有病克脾。在治疗上除治肝外，还要防治脾被侵扰。至于疾病诊断和治疗原则的确定，药物功能作用的阐述，处方用药的调遣和配伍等，也都是在这一思想指导下完成的。 　　《内经》还十分强调整体观念。除上述人体内部的整体观外，自然界寒暑燥湿，风雨季节、地势方位以及其它环境因素对人体健康的影响，都予以全面考察。这些相互关联的理论，形成了一套相互为用的理论体系。在疾病诊治过程中，很注意因人、因地、因时制宜的处治，即人们习称的辨证论治原则。中医学两千多年来，正是在这一理论体系指导下，不断积累、充实修整而发展起来的。