同治五年十月，左宗棠离开福建，赴陕甘总督任。他的西征部队，一部分是自己带去和调去的楚军、湘军，又在陕甘等地招募了一部分兵勇，总共在4000人左右。加上原在陕甘和陆续增调的其他清军，共达12万人左右。左宗棠在西北面临着两支相互联系着的起义军——西捻军和回民起义军。他镇压的战略是：“以地形论，中原为重，关陇为轻；以平贼论，剿捻宜急，剿回宜缓。”①这是因为西捻军的战斗力更强，活动范围更广，对清皇朝的威胁也比回民起义军更大。左宗棠的镇压，就是根据这个“先捻后回”的步骤进行的。 　　同治六年（1867）二月，左宗棠军从汉口出发，分三道入陕。六月，左宗堂到达潼关，正式督办陕西军务。他一面派兵沿渭水扎营，一面兵分两支，渡过渭水，进攻西捻军。但灵活的西捻军转而西进泾阳、咸阳，渡过泾水，集中主力于蒲城一带，有意识地让出泾水西岸地区。左宗棠连忙亲自赶到泾西，策划包围西捻军，企图消灭他们于泾水、洛水之间。不料西捻军突然以马队猛攻渭北地区的清兵，突破包围圈，粉碎了左宗棠的围歼计划。他们进入陕北后，连克安塞、延川等城。与西捻军相呼应的陕西回民军也乘势攻占了重镇绥德，并邀西捻军共同防守此城。由于连失延川、绥德等地，清廷震怒，左宗棠上书请罪。左宗棠不得不承认捻军“飙忽驰骋，避实就虚”，“遇官军坚不可撼，则望风远行，瞬息数十里；俟官军追及，则又盘旋回折”②。西捻军进驻绥德后，考虑到陕北山地较多，不适宜于马队驰驱，同时又接到东捻军在运河地区失利的告急信，于是在同治六年十一月，利用黄河冰冻已合的机会，一举突破了左宗棠所布置的河防，浩浩荡荡渡过黄河，一直打到保定，使清廷大惊，“切责督兵大臣，自宗棠、鸿章及河南巡抚李鹤年、直隶总督官文，皆夺职”①。左宗棠闯了这个大祸，“忧愤欲死”，连忙派了刘松山、郭宝昌两军日夜穷追，自己也随后亲自追赶，狼狈不堪。 　　但是，捻军进行游击战争而不建立作为战略基地的根据地，总是难以持久的。李鸿章、左宗棠都看出了捻军这个弱点，力求改变紧跟追击的笨办法而采用“画河圈地”、逐步缩小包围圈的策略。当西捻军深入京畿后，即遭到清军的重重包围，几经转战，逐渐被清军封锁在冀、鲁边界沿海狭小地区内，终于在同治七年（1868）六月，全军覆没于徒骇河边。 　　左宗棠在镇压西捻军中立了功，得以第一次“入觐天颜”，受到慈禧太后的“天语褒奖”。 　　同治七年十月，左宗棠回到西安，集中力量镇压回民起义。这期间，由于西捻军的转移，陕甘回民起义军的声势已开始衰落。陕西的回民起义军被压入甘肃境内，以宁州的董志原为主要据点。甘肃回民起义军，以马化龙为首，表面上接受了宁夏将军穆图善的“安抚”，实际上仍暗中积蓄力量，继续进行斗争。左宗棠首先用“剿抚兼施”的手段镇压了陕西境内各股零星的起义队伍，收降了董福祥部，然后进入甘肃境内。 　　同治八年（1869）初，左宗棠军攻占了董志原。以此为据点的陕西回民①《左文襄公全集·书牍》卷8，第49页。 　　②《左文襄公全集·奏稿》卷21，第20页。 　　①《谨拟分别剿机宜折》，《左文襄公全集·奏稿》卷25。 　　起义军被迫向金积堡方向转移。五月，左宗棠到达泾州，部署了三路进军：南路从宝鸡和清水出发，作进攻凉州的准备；中路从泾州出发，进袭平凉和固原；北路从陕西西北出发，进袭定边和花马池，而真正的目标是陕甘回民起义军的中心——以马化龙为首的金积堡。 　　但左宗棠军对金积堡的进攻，遭到了起义军的坚决抵抗，激烈的战斗持续了一年半之久。期间，左宗棠的爱将刘松山被打死，死亡极为惨重。左宗棠悲叹：“一年之间，连丧大将，人心震骇，谣诼繁兴”，“十余年剿发平捻，所部伤亡之多，无逾此役者”②。同时，清廷也一再严诘：金积堡“一隅之地”，“何以日久未见成功，糜饷老师，该大臣难辞其咎”①。左宗棠受到严责，不得不一面哀求清廷“稍宽时日”，一面更加紧了对金积堡的围攻。同治九年（1870）十一月，金积堡“粮已净尽”，马化龙“自诣军门，哭泣请罪”。接替刘松山的刘锦棠（刘松山之侄），接受了马的投诚，令马化龙招各地回军来金积堡就抚。当目的达到后，即将马化龙及其一家全部诛杀。此后，左宗棠军又镇压、收抚了河州、西宁的回民起义军，并于同治十二年（1873）九月攻占了陕甘起义军的最后一个据点肃州城。 　　由于镇压陕甘回民起义获得“全功”，清廷对左宗棠大加褒奖，赏加协办大学士。次年，又晋为东阁大学士。但经他镇压后的西北，却是“千里荒芜，弥望白骨黄茅，炊烟断绝，被祸之惨，实为天下所无”②。这种惨状，固然是历届地方官员和清军共同造成的，但作为灾难制造者之一，左宗棠也是难辞其咎的。 　　②《清史稿》卷412《左宗棠》。 　　①《左文襄公全集·书牍》卷11，第34页。 　　②《左文襄公全集·奏稿》卷37，第58页。