道光二十六年（1846），杜文秀星夜绕道至昆明，向云贵总督贺长龄上诉，长龄未能秉公办理。文秀与丁灿庭、白廷杨、刘义、沐文科北上京城叩阍。要求严惩永昌屠回案的凶犯，为死者昭雪。二十七年七月，道光帝命陕西巡抚林则徐为云贵总督“赴滇审办”。则徐抵滇，以“只问良莠，不分回汉”相标榜，实为永昌官绅所左右。道光二十八年（1848），林则徐师次永平，判七哨凶徒430名；与此同时，他认为滇西回民“良善少而顽梗多”，判回民491名，还冤杀各县回族士绅76人③。更以“安抚”为名，将保山孑遗200户“难回”强迫押送瘴毒之地潞江西岸的官乃山居住。文秀于二十七年九月被刑部押解回滇，他看到永昌惨案如此了结，实出预料。冤案未雪，孑遗者又面临灭种之横祸。他在压力之下不得不书写“遵断甘结”，表示承认林则徐对此案的判决，因此还落了个“状告失实”的罪名。他家资荡然，无以为生，又不愿迁居官乃山瘴毒之地，便辗转于成都、蒙化（今巍山）之间。在成都忧愤成疾，几乎病死。继至蒙化，暗中结盟，建立了“忠义堂”、“永胜堂”，联络各地义士，宣传太平天国金田起义消息，俟机应变。 　　叩阍的失败，使杜文秀丢掉了对清廷的幻想，最终被迫走上了武装反清的道路。 　　③李丙元：《永昌回汉互斗及杜文秀实行革命之缘起》，《回民起义》第1册，第15页；盛毓华《永昌回汉互斗案节略》，《云南回民起义史料》第63—64页。