古代之伤寒，明清时期的温病，其所研究的主要内容均为传染病、流行病。清代以来，由于人口增加，城市人口集中、城乡以及海内外经济交流日趋频繁，特别在江苏、浙江一带，传染病滋生、蔓延和暴发相当普遍。而长期沿用的伤寒学说则难以解决大量发生的传染病问题。温病学说正是在这样的历史条件下在医学家寻求新方法新理论的实践中逐步发展起来的，并逐渐为医界所接受。此期在温病学方面做出突出贡献，一般比较公认者有清代温病四大家，即叶天士、薛生白、吴鞠通、王孟英。 　　叶天士（1667—1746），名桂，号香岩，苏州人，世医出身，先后拜师17人，吸取众师之长，革除株守“伤寒”以治传染病的学风，创造性提出：“温邪上受，首先犯肺，逆传心包”的理论体系，立“卫、气、营、血”辨证施治纲领，用以辨别传染病发病的深浅部位和不同病期的不同治疗步骤和方法。他为了诊断和鉴别更为确切，进一步发展和创造了辨舌、验齿、观察白和粘膜斑等方法，提出传染病四大治疗原则：平凉解表、甘寒养阴、清热解毒、滋阴救液，以及许多治疗方剂。叶氏在传染病猖獗之时，终日忙于诊务，治疗了大量病人，积累了丰富的临床经验。但他无暇著书立说，只有平日教育生徒的口传心授。故其学说和理论经验，由门人记录整理而编成《温热论》，并成为清代温病学的奠基性著作。署名叶氏的著作还有《临证指南医案》、《叶案存真》等，也都是弟子们所辑。叶天士医德高尚，不但常为贫病者施医赠药，且告诫生徒家人“医可为而不可为，必天资与学力相济而后应世，不然鲜有不杀人者”。 　　薛生白（1681—1770），名雪，江苏吴县人，居苏州，多才多艺，且精于医学，善于治疗湿热等传染性疾病，医名齐天士，学术上每不服叶天士，故命其宅为“扫叶山庄”，号为扫叶山人。在治疗传染病的学理上提倡：“湿热之病，不独与伤寒不同，且与温病大异。”撰有《湿热条辨》等，特别是为肠道传染病等的治疗创立了新的途径。 　　吴鞠通（1758—1836），名塘，江苏淮阴人，先习儒后攻读医学，在治疗传染病方面颇多借鉴汉代张仲景、明吴又可和当代温病大家叶天士的学说和经验，创立了广为后世医学家所遵循的三焦辨证学说，撰有《温病条辨》一书，以论述其学说理论和临床治疗经验。三焦辨证，与张仲景的六经辨证，叶天士的卫、气、营、血辨证，都为治疗传染病作出了卓有成效的贡献。这三种学说虽然在立论和对传染病的认识上有着较大的差异，但其共同对象却是基本一致的。吴氏三焦辨证理论指导下所创立的治疗原则和方法，处方和用药，对后世都有着巨大的影响。 　　王孟英（1808—1866？），名士雄，浙江海宁人，先后在杭州、上海等地行医，以擅治肠道传染病等闻名遐迩。他在学术上十分重视以《内经》、《伤寒论》理论为经，以叶天士、薛生白之温病学说为纬，编撰成《温热经纬》（1852）一书。此外，还有《霍乱论》及《王氏医案》等著作。 　　上述四大家，在我国温病学说和丰富传染病治疗方法及技术方面取得了新的成就。与此同时，我国医学家如：郭志邃撰《痧胀玉衡》（1675年），余师愚撰《疫疹一得》（1794年），雷丰撰《时病论》（1882年）等，均对我国传染病、流行病的防治作出了贡献。此外，还有卢之颐《痎疟论疏》、孔毓礼《痢疾论》、徐子默《吊脚痧方论》、郑奋扬《鼠疫约篇》、梁希曾《疠科全书》、肖晓亭《（麻）疯门全书》、张绍修《时疫白喉捷要》、陈耕道《疫痧草》、以及清代多次刻印的陈司成《霉疮秘录》（1632年）等，对疟疾、痢疾、霍乱、鼠疫、麻风、白喉、猩红热、梅毒等传染病更进行了专门的研究和经验总结。人痘接种法预防天花在全国推广和应用，以及其技术的改进和提高，也都是在清代完成的。加之1805年引进英人在我国人痘接种术基础上改进发明的牛痘接种术，使我国在传染病防治方面达到较为先进的水平。