顺治元年（1644）七月，礼部左侍郎李明睿上书，提出“查得明朝旧制，历名大统，今宜另更新名。”显然依照历代改朝换代另立新历的惯例，清政府迫切需要一部新历。此前不久，原在明历局参与编纂《崇祯历书》的德国传教士汤若望曾仔细推算了当年八月的日食，并上书说：“臣于明崇祯二年来京，曾依西洋新法厘定旧历。今将新法所推本年八月初一日日食，京师及各省所见食限分秒并起复方位图象进呈，乞届期遣官测验。”汤若望的做法正好迎合了编制新历的需要。八月初一，清政府派大学士冯铨和汤若望共赴灵台验测，事后冯铨复奏：“用大统术、回回术所推，交食食刻均差，独按西洋新法所推一一吻合”，肯定了汤若望的预测结果，同时也肯定了西洋历法。此后，清廷谕示：“旧法岁久自差，非官生推算之误。新法既密合天行，监局宜学习勿怠玩”，并决定由汤若望主持，按西法推算编制新历。新历完成后，摄政王多尔衮奉旨批准将新历定名《时宪历》，颁行天下。同年十一月，汤若望被任命为钦天监监正，第一次由外国人执掌了钦天监。新法成为清政府的官方历法。 　　在随后的一两年里，汤若望将原有137卷的《崇祯历书》删改压缩成103卷，更名为《西洋新法历书》，进呈给清政府。他在上呈新法的奏文中说：“臣创立新法，规制仪象，以测诸曜视行”，“臣阅历寒暑，昼夜审视，著为新历百余卷”，而没有提及明末徐光启和历局中众人的工作。《西洋新法历书》是当时钦天监官生学习新法的基本著作和推算民用历书的理论依据。以《西洋新法历书》为基础，取天聪戊辰（清皇太极天聪二年，1628年）为历元编制的《时宪历》，在清初除中间五年外，前后行用了八十余年。 　　罗马教廷和耶稣会派遣传教士来华的根本目的是要不断扩大天主教在中国的影响，以便获得政治上和经济上的利益。明末清初，天主教在华势力确实获得了迅速的发展，如据毕嘉统计，在1651～1664的14年间，新受洗入教者已超过十万人。但是，传教士和教徒们的一些言行触犯了封建统治者的尊严，天主教义也与中国传统的儒家思想不合，同时围绕历法改革的“新旧之争”也一直在继续进行，终于在清政府钦天监引发了一场激烈的斗争。顺治十七年（1660），安徽歙县人官生杨光先向礼部上《正国体呈》，说《时宪历》上有“依西洋新法”五字，是“窃正朔之权以予西洋”。只是当时汤若望受宠正深，礼部未予上报。康熙三年（1664）七月，杨光先在鳌拜、苏克萨哈支持下再向礼部呈递《请诛邪教状》，控告汤若望等传造妖书，窥视朝廷机密，内外勾结，教会二十年来收徒百万，布党京省要害之地，图谋不轨等。又附上《摘谬论》和《选择议》，指责号称万年历的历法只编了二百年和“选荣亲王葬期用洪范五行，山向、日月俱犯忌杀”。经清政府会审，结果汤若望与另外七名钦天监官员被判凌迟，五人被判斩首。后因北京接连五日发生地震，按例减刑，只有李祖白等五名钦天监官员处斩。清政府同时任命杨光先为钦天监监正。此后，汤若望于康熙五年（1666）去世，各省传教士被押往广州驱逐出境。 　　守旧势力的这一次胜利依靠的是政治，而不是天文学本身，并且也不能证明传统天文学优越于西洋新法。杨光先虽被任命为钦天监监正，但他实际上不懂天文学，“但知推步之理，不知推步之法”，在五次辞职未准，不得已就任后，只好废《时宪历》复用《大统历》。由于《大统历》已经过时，钦天监大统科的人员又未能积极配合，所以采用《大统历》的做法并不行得通，杨光先又不得不起用原回回科历官吴明烜，改用回历方法制历。回回科官员本来就“虚糜廪禄，毫无职司”，对中国民用历法所知甚少，回历本身也已过时，难以担此重任，因而随后几年间出了不少差错。康熙七年（1668）十一月，比利时传教士南怀仁上书指责杨光先、吴明烜的历法不合天象，后经验证属实，于是又彻底废除了《大统历》、回回历法，重新起用《时宪历》。康熙八年，鳌拜伏诛，南怀仁再次上告，结果一翻前案，汤若望及被斩五人皆平反赐恤，杨光先则拟斩而因年老赦归。新法与守旧势力的这次较量以守旧势力的失败告终，此后南怀仁渐受宠用。