阿桂回京后，其地位继续上升。乾隆四十二年（1777）五月，授武英殿大学士，管理吏部兼正红旗满洲都统；六月，调镶白旗满洲都统，充玉牒馆、国史馆、四库全书总裁，文渊阁领阁事经筵讲官；十月，调镶黄旗满洲都统，管理户部三库；四十三年闰六月，兼管理藩院事，七月署兵部尚书，十一月为上书房总师傅；乾隆四十五年任军机处首席军机大臣；第二年，于敏中死后，又位居大学士班次第一。短短五六年的时间，阿桂已成为清廷“综理部务，赞襄枢要”的第一重臣。 　　不过，从乾隆四十二年至五十四年之间，阿桂在京城处理政务的时间并不多，他经常以朝廷重臣的身分，被乾隆帝派往各地，解决紧急和棘手的难题。其中首要一项是屡赴各省办理河工和水利事务。乾隆四十四年正月，黄河在河南仪封、兰阳等地决口，阿桂奉命前往治理。他详细了解黄河决口情况，决定在郭家庄开引河，修筑拦黄坝，然而由于黄河下流淤淀，上流溃溢，又经常刮风下雨，拦黄坝屡次筑成，又屡次被冲开。阿桂就在下流王家庄修筑顺黄坝，“兜蓄水势，逼溜直入引河”①。这个办法很有效，第二年三月，所修堤坝均告完工，决口被堵住了。同年十二月，回京城仅半年多的阿桂，又被派赴浙江勘察海塘工程。乾隆四十六年正月，阿桂抵浙后，“悉心履勘，度潮势之缓急，沙性之坚软，工力之难易”②，修筑鱼鳞石塘、柴塘和范公塘。上述工程完成后，又奉命顺道往清江，查勘陶庄河道及高堰石工。这一年秋天，黄河又在河南青龙冈决口，阿桂自甘肃赶赴河南，会同河道总督李奉翰督办堵塞决口。他仍按照成规，在决口处的两端筑坝。十二月，当两坝将要合龙时，副将李荣吉向阿桂建议，水势很盛，应缓一段时间再让两坝合龙。但阿桂不听，仍督促下属加快合龙进度。不久，两坝合龙，官员们都来向阿桂贺功，只有李荣吉不来。阿桂派人去叫李荣吉，他却对使者说：“为荣吉谢相公。坝不可恃，不敢离也。”③过了两天，东坝果然塌落，黄河再次决口。阿桂赶快前往察看，见李荣吉已坠落水中，忙使人救起。于是，他上疏自劾，并请求派熟悉河工的大臣来河南督办。乾隆帝颁旨说：“近年诸臣中经理河务较有把握者，舍阿桂岂复有人？惟当安心静镇，另筹妥办。”④乾隆帝对阿桂的信任，使他重新振作精神。不久，他“奏请将青龙冈迤下至孔家庄、荣华寺和杨家堂引河一律加宽，以期河流宣泄”①。乾降四十七年四月，又奏请“另于青龙冈迤上自兰阳至商邱添筑大堤，挑挖引河，并于北岸建筑坝基，逼溜南趋，以期截溜全归新河”②。这种下流疏引河，上游筑大堤，宣泄与堵截相结合的方法收效很大。乾隆四十八年工程完工后，决口被堵住了。这以后，阿桂于乾隆四十九年八月，又“督河南睢州堤工，三阅月工竣”③。乾隆五十年八月，他再赴河南，勘察微山、睢州工，并察洪泽湖、清口形势。当①《清史列传》卷26《阿桂传》。 　　②《清史列传》卷26《阿桂传》。 　　③《清史稿》卷318《阿桂传》。 　　④《清史列传》卷26《阿桂传》。 　　①《清史列传》卷26《阿桂传》。 　　②《清史列传》卷26《阿桂传》。 　　③《清史列传》卷26《阿桂传》。 　　时由于黄河屡屡决口，运河河道淤塞，影响了漕运的正常进行。阿桂仔细了解情况后，力主引黄济运，他说：“臣初到此间，询商萨载、李奉翰及河上员弁，多主引黄灌湖之说。本年湖水极小，不但黄绝清弱，至六月以后，竟至清水涓滴无出，又值黄水盛涨，倒灌入运，直达淮、扬。计惟有借已灌之黄水以送回空，蓄积弱之清水以济重运。查本年二进粮艘行入淮河，全藉黄水浮运，才能过淮渡黄，则回空时虽值黄水消落，而空船吃水无多，设法调剂，似可衔尾遄行。”④此建议被采用，引黄济运自此开始。乾隆五十一年四月，年已七十岁的阿桂又赴清口，勘察堤工；六月到浙江督海塘石工；闰七月，勘江南桃源安东黄河漫口情形及堵筑事宜。乾隆五十二年，黄河在河南睢州十三堡处决口，阿桂于这年六月赶到那里，督促堵塞，十月，睢州拦黄坝合龙后，又奉命勘江南临湖砖石堤工，直到乾隆五十三年正月始回京。阿桂治水生涯的尾声是承办长江河工。乾隆五十三年，荆州万城堤溃决，长江水从西、北两门涌入荆州，大片土地被淹。同年七月，阿桂奉命察看荆州被水情况。他经过一段调查了解后，主张采用先筑坝，再挖引河的方法治理，他说：“此次被水较重，土人多以下游之窖金洲沙涨逼溜所致，若开挖引河，江水平漾无势，仍至淤闭。请于对岸杨林洲靠堤先筑土坝，再接筑鸡嘴石坝，逐步前进，激溜向南，俟洲坳刷成兜湾，再趁势酌挑引河，较为得力。”①阿桂的建议被采纳。同年十月，阿桂回京，但随即又于第二年四月，再次勘察了荆州堤工。 　　阿桂在数十次奉命治理河工海塘过程中，虽然没有提出超越前人的治水方法，更没有从根本上解决黄河为患的问题，但他从当时当地的实际情况出发，克服困难，尽心尽力地堵塞决口，修筑堤坝，这对减少水患带来的损失，恢复和发展农业生产都起了积极的作用。 　　除督办河工外，阿桂在这期间还奉命两次督师镇压甘肃撒拉族、回族起义。甘肃是回族的聚居地之一。乾隆二十六年（1761），甘肃安定（今甘肃定西县）回民马明新创立新教，反对门宦地主对农民的残酷剥削。后来，他见所在地区门宦势力大，就转移到循化厅（今青海循化）撒拉族中去传教。撒拉族同回族一样信奉伊斯兰教，约有三万人，从事农业、皮筏和榨油业。同样遭受清朝统治和压迫的撒拉族民众，很快就接受了马明新的主张，于是新教就在那里传播开来。这引起旧教门宦地主的仇视，新、老教派间多次发生争斗。清政府站在旧教门宦地主一边，于是教派斗争就转化为反抗清朝的武装起义。乾隆四十六年，在马明新的助手苏四十三和韩二个的率领下，撒拉族和回族民众举行了起义。他们攻入老教区，杀死哈尔户长（总头人）韩三十八，并打败了陕甘总督勒尔谨派来镇压的清军，处死了兰州知府杨士玑和河州协副将新柱。义军随之攻占河州（今甘肃临夏市），进袭兰州，准备营救被关入监狱的马明新。 　　清政府得知甘肃撒拉族、回族起义的消息后，急忙调发京师健锐、火器营官兵两千名赴甘肃，并命阿桂和户部尚书和珅前往督师。这时，阿桂正在河南督办河工，乾隆帝就命和珅兼程先行。同年六月，和珅到甘肃后，义军已从兰州主动撤离，转移到距兰州三十里的华林山一带。和珅督军进攻，义军人数虽少，但顽强抵抗，“众虽千余，皆新教死党，素业射猎，精火枪，④《清史稿》卷127《河渠志》二。 　　①《清史稿》卷129《河渠志》四。 　　又负地险”①，清军屡攻不下，固原总兵图钦保和近千名官兵都被击毙。不久，阿桂抵甘肃军营，和珅将失利责任归之于诸将不听调遣。阿桂认为如有这种情况，就应以军法处置。于是他就同和珅一起，召集诸将部署作战方略。阿桂发出的每一道指令，诸将都应声答应。阿桂对和珅说：“诸将殊不见其慢，当谁诛？”②和珅又羞又恨，说不出一句话。乾隆帝对和珅的无能也有所察觉，颁诏斥责他不把战争的实际情况上报，说：“自阿桂至军，措置始有条理，一人足办贼，和珅在军，事不归一”③，下令和珅速回京。这件事使和珅益加嫉恨阿桂，二人自此不睦。 　　和珅回京后，由阿桂一人指挥战事。他见义军防守坚固，特地从四川调来一千名善于在山地作战的藏兵和七百名阿拉善蒙古兵，依仗兵力与武器精良的优势，切断义军水源，将其团团围困。在这种情况下，义军既没有后方的支援，又没有友军的策应，孤军奋战，处于被动地位。同年六月，义军防线终被清军突破，苏四十三在战斗中牺牲。义军余部退入华林寺，仍然英勇抗击。清军竟惨无人道地放火焚烧，义军全部壮烈牺牲，无一人投降。 　　阿桂镇压起义后，对新教徒进行疯狂的迫害。他将新教徒的田产分给旧教军官，并奏请“将新教礼拜寺概行拆毁，如查有私行传习，阳奉阴违者，照邪教律从重办理”①。陕甘总督李侍尧在查办所谓新教余党时，亦大肆株连罗织，迫害无辜。这就激起了更大的反抗。乾隆四十九年四月，回族民众在新教阿訇田五等人的领导下，在甘肃通渭石峰堡再次举行起义。甘肃提督刚塔率军镇压。田五在战斗中不幸牺牲，马四圭和张文庆继续率众斗争。他们攻占通渭城后，巧设埋伏，将清西安副都统明善和其部下一千二百名士兵全部歼灭。清廷闻讯极为震动，下令逮捕陕甘总督李侍尧、提督刚塔入狱，改命福康安和海兰察统兵进攻义军，同时还命阿桂领健锐、火器营士兵赴甘肃督师。同年六月，阿桂至甘肃后，义军已放弃周围小据点，全力固守石峰堡，“堡踞万山中，四面削险，沟堑纵横”②，十分险要。义军凭借天险，英勇抗击，清军屡攻不下，伤亡惨重。阿桂仍采用断绝水源和围困的手段，欲图迫使义军就范。义军孤立无援，奋勇突围，但未成功。七月，石峰堡被清军攻陷，起义宣告失败。阿桂因镇压有功，被授与轻车都尉世职。 　　在治水、督师的同时，阿桂还不时被乾隆帝派往各地，查办案件。乾隆四十六年，甘肃“冒赈案”就是由阿桂揭露和查办的。这一年，和珅和阿桂先后抵达甘肃督师，镇压撒拉族回族起义。当他们将甘肃境内时常下雨的情况上报朝廷后，乾隆帝就对近年甘肃省官吏屡次上报该省发生旱灾，请求赈济一事产生了怀疑。于是他下令阿桂和陕甘总督李侍尧调查此事。阿桂和李侍尧经过一番了解后，事情真相才开始暴露出来。此案始于乾隆三十九年。这一年原浙江布政使王亶望调任甘肃布政使。他到任后，和陕甘总督勒尔谨串通一气，先将收捐监生的米粮改为折色银两，然后年年虚报旱灾，打着用监粮赈济的名义，将银子全部私分。乾隆帝对甘肃冒赈案十分重视，特遣侍郎杨魁到浙江，会同巡抚陈辉祖，将又调回浙江的王亶望拘留审讯，抄了他①《圣武记》卷7《国朝甘肃再征叛回记》。 　　②《清史稿》卷319《和珅传》。 　　③《清史稿》卷319《和珅传》。 　　①《兰州纪略》卷16。 　　②《圣武记》卷7《国朝甘肃再征叛回记》。 　　的家，得脏银百余万两。在铁证面前，王亶望只得将如何私自改监粮，如何指使兰州知府蒋全迪“示意诸州县伪报旱灾，迫所辖道府具结申转”①，以及如何私分银两的罪状一一招认。乾隆帝下令斩王亶望，赐勒尔谨自尽，现任甘肃布政使王廷赞论绞，并即于兰州将蒋全迪斩首。同时，还命阿桂按治甘肃州县，查勘州县官在此案中的不法行为，规定凡冒赈私分银两在两万两以上者都要处死。阿桂经过一段了解和审讯后，把参与“冒赈案”的官员人数和冒赈银两数基本弄清。牵连此案的道府州县官达六十多人，被斩首的有二十二名，其余的也按情节的轻重给予不同的处罚。 　　但此案并未最后了结。乾隆四十七年有人控告闽浙总督陈辉祖在查抄王亶望家产时有舞弊行为。于是乾隆帝又命阿桂赴浙江按治。阿桂抵浙后，严鞫陈辉祖，将其在抄家时，以银换金，隐藏玉器，抽换朝珠，将王亶望的赃物窃为己有的罪行查清，陈辉祖遂被革职逮问。第二年二月，因又揭露出陈辉祖任内，浙江全省存在严重的钱粮亏空，乾隆帝一气之下就赐他自尽。①《清史稿》卷339《王亶望传》。