阿桂在京任军机大臣，最初很得乾隆帝的信任，经常委派他外出处理地方事务。他先后参予审理归化城都统法启案件，赴直隶霸州、文安等处督办疏浚事，以及乾隆二十九年（1764）以署四川总督的身分，巡查四川金川土司郎卡扰边等情况，都办得很妥当。但不久在镇压乌什维吾尔人民起义过程中，他遭到了乾隆帝的处罚。乾隆二十九年四月，天山南路的乌什地区的维吾尔族民众因不堪忍受驻南疆的清朝官吏和维族上层贵族的压迫和剥削，在其首领赖和木图拉的率领下举行起义。义军屡次击败前来弹压的清军，声势浩大。乾隆帝以阿桂曾在伊犁办事多年，熟悉当地的情况，就令他赴乌什，与伊犁将军明瑞一起镇压起义。阿桂和明瑞指挥清军围攻乌什，义军领袖赖和木图拉在战斗中牺牲。义军在其子额色木图拉的带领下，继续英勇抗击。从乾隆三十年三月至八月，清军猛攻五个月，竟不能克。阿桂和明瑞只得采取长期围困的办法，断绝乌什和北界的一切联系，义军在弹尽粮绝的情况下，无法继续抵抗，乌什城终于落入清军之手。阿桂和明瑞将起义首领额色木图拉等人处死，而赦免了一般民众。乾隆帝以阿桂和明瑞“剿办迟延，示怯损威”和“获犯后又未确讯起衅缘由，草率错谬”为由，将他们“交部严议，寻议革职，命从宽留任”①。然后，又以阿桂“办理乌什事务毫无章程，革尚书任”，留在伊犁协助明瑞治事。当时伊犁屯垦有进一步发展，人口也增加很多，乾隆帝要明瑞“筹办安置事宜，须有准则可垂永久”②。阿桂遂建议将雅尔城移往楚呼楚，以便利用该地“田土膏腴，形胜亦便”的优势，改变雅尔城原址离牧场遥远，近城地亩不够耕种的状况。朝廷批准了阿桂的请求。乾隆三十二年阿桂被委任为伊犁将军，一跃而升为封疆大吏。显然他的处境又有所好转。 　　阿桂遭到的另一次挫折，是在他参与清朝对缅甸的战争时发生的。乾隆三十三年，明瑞征缅兵败自尽身亡以后，乾隆帝即授阿桂为副将军，偕同经略大学士傅恒、副将军阿里衮再次进攻缅甸。同年三月，阿桂奉召回京，四月授兵部尚书，六月又出任云贵总督。十一月，阿桂抵达云南永昌后，便与阿里衮率军攻取缅甸旧都木梳，然后，阿桂则率另一路军往蛮暮（今缅甸八莫）、野牛坝等地督造战船，以备水军进战之用。清军连续进攻，一再获胜，但因缅军持续抵抗和水土不合，士卒大量病亡，副将军阿里衰病故，经略傅恒身患重病，乾隆帝令阿桂筹画撤军事宜，并于乾隆三十四年底与缅甸议和。阿桂于十二月被任命为礼部尚书，因尚在云南，先由索尔纳代理其职。时木邦、蛮暮和孟连土司头目为躲避缅甸侵害，请求清政府将他们安置于内地，阿桂建议将云南大理、蒙化一带旧有的马厂官庄田拨给他们居住为生，朝廷予以批准。乾隆三十五年八月，乾隆帝以缅甸不遣使臣进贡，将阿桂的领侍卫内大臣、礼部尚书和镶红旗汉军都统等职均革去，“著以内大臣革职留任，办副将军事，令其自效”①。乾隆三十六年，又令阿桂出偏师骚扰缅甸，待其疲惫，再兴师攻之，阿桂则上疏请求大举攻缅，乾隆帝认为阿桂的建议不合时宜，下诏斥责，并夺其官，留军营效力。 　　①《清史列传》卷26《阿桂传》。 　　②同上。 　　①《东华续录》乾隆三十五年八月戊寅条。