康熙六年（1667），玄烨亲政，明珠更被重用。次年，任刑部尚书。他奉命和工部尚书马尔赛调查淮扬水患之处，并会同漕运总督、河道总督等官，到兴化县白驹场地方查勘。返回后，向康熙帝报告说：旧有闸口四座，所出之水，由牛湾河入海。后因禁海填塞，水路受阻，淹没田地。因为白驹场离海甚远，并非沿海地方，不应堵塞，应速疏通河道，将四闸开通，积水可尽放出。另外，仍可设置板拦，一遇发水，即行开放，地方不致淹没，居民也不必迁移。明珠等人又查明清口是淮河、黄河汇合处，如果黄河水泛滥，势必越过淮河，而淮河水弱，黄河水中泥沙，将阻塞河道。因此，他建议：将黄河北岸挑挖引河，以备蓄泄，使泥土逐水而下，保证运道畅通无阻①。康熙帝采纳了他的建议，对解除水患，保护运道畅通，具有积极作用。十二月，传教士南怀仁认为吴明烜推算的康熙八年历书中，差错很多。明珠与其他大臣奉命前去测验。测验结果，吴明烜推算错误，南怀仁推算正确，都符合天象。康熙帝决定采用南怀仁的历书，并任命他为钦天监监副，掌管天文历法事务。 　　康熙八年（1669），惩办了鳌拜以后，明珠参与消除鳌拜集团及其影响时，为朝廷提出了一系列新的建议。康熙九年，明珠改任都察院左都御史。康熙十年二月，充经筵讲官。八月，建议停止盐差御史巡历地方之例。十一月，调为兵部尚书。康熙十二年（1672）正月，康熙帝在晾鹰台检阅八旗甲兵。在明珠的指挥下，军容整肃。康熙帝称赞：“此阵列甚善，其永著为令。”②平定三藩清初，平西王吴三桂，平南王尚可喜，靖南王耿精忠并列为“三藩”。 　　在对待“三藩”撤与不撤这个重大问题上，唯有明珠与户部尚书米思翰、刑①《清史稿》卷118《职官五》。 　　①《清圣祖实录》卷27。 　　部尚书莫洛等极少数人，坚决主张撤藩，与帝意完全一致。康熙帝认为：“吴、尚等蓄谋已久，今若不及早除之，使其养痈成患，何以善后？况其势已成，不若先发制之可也。”①当吴三桂发动叛乱时，朝廷有些人吓得惊慌失措。大学士索额图等人主张处死倡议撤藩的明珠等人，康熙帝严加拒绝。明珠竭诚效力，积极参与平定三藩叛乱的活动。康熙十九年闰八月，在处理尚之信属下兵丁时，给事中余国柱认为：尚之信标下官兵，应即撤回，三总兵官标下兵丁应予分散。议政王大臣会议认为：尚之信标下官兵应分入上三旗中，令驻广东，另设将军、副将军管辖。三总兵官标下兵丁，有愿为兵者为兵，愿为民者为民。康熙帝则认为：尚之信标下官兵均分八旗，另设将军、副都统管辖，分散其力量，日后或撤或迁比较容易。二总兵标下官兵仍驻广东，归将军管辖。裁去另一总兵标下官兵。他便征求明珠之意如何？明珠主张：尚之信标下官兵共十五佐领，分入上三旗，每一旗五佐领，为数不多，不必分隶八旗。以后若撤回迁移，亦不论旗分调取，有满洲大兵押送，分入上三旗办法可行。康熙帝表示同意：“既如此，不必分入八旗。尔等可改票来奏。”②在处理耿精忠等人时，依照刑律应凌迟处死，其同伙董国瑞等十九人应立斩。明珠上奏：“耿精忠之罪，较尚之信尤为重大。尚之信不过纵酒行凶，口出妄言；耿精忠深负国恩，擅自称帝，且与安亲王内多有狂悖之语，甚为可恶。”随后又奏：“此内有陈梦雷、金镜、田起蛟、李学诗四人，犯罪固应处死，然于应死之中，尚有可宥之处。”①康熙帝命议政王大臣会议集议。于是陈梦雷等四人，免死，给与披甲新满洲为奴。 　　三藩之乱的平定，巩固了清朝在全国范围内的统治，维护了全国的统一，在此期间，明珠的工作是有积极意义的。 　　康熙十四年，明珠调任吏部尚书，十六年，晋升武英殿大学士。从此明珠与索额图势均力敌，共理朝政。到康熙十九年索额图解任，由明珠一人佐理朝政，一直延续到康熙二十七年。在这九年时间里，恰值清朝承“三藩”之乱后恢复经济，明珠发挥了他的政治才能。 　　收复台湾平定“三藩”叛乱以后，康熙帝开始解决台湾问题。康熙二十一年（1682），福建水师提督施琅奏请自行进剿台湾。康熙帝征询大臣意见，明珠认为：“若以一人领兵进剿，可得其志。两人同往，则未免彼此掣肘，不便于行事。照议政王所请，不必令姚启圣同往，着施琅一人进兵，似乎可行。”②明珠进一步指出当时的形势：“郑经已死，贼无渠魁，势必衰微。”康熙帝同意明珠对形势的分析，表示“施琅相机自行进剿，极为合宜”①。施琅攻占台湾后，便疏陈善后意见：台湾有地数千里，人民十万，其地十分重要，如果放弃，必为外国占据，奸宄之徒可能窜匿其中，应该设官兵防守。康熙帝认为：不①昭梿：《啸亭杂录》卷1。 　　②《康熙起居注》康熙十九年闰八月。 　　①《康熙起居注》康熙二十一年正月。 　　②《康熙起居注》康熙二十一年十月。 　　①《康熙起居注》康熙二十一年十月。 　　能弃而不守，但镇守之官三年一易，亦非至当之策。于是命议政王大臣会议。明珠代表议政王大臣奏报：施琅请守已得之地，设兵防守为宜；郑克塽、刘国轩、冯锡范、陈允华等头目及近族家人，不便安置在外省，应带来编入旗下。康熙帝表示同意。②明珠还上奏：施琅之功实大，应加封为侯，授为将军，其属下官兵应加等议叙。康熙帝认为“此议甚当，即依行”③。在统一台湾的战争中，明珠是康熙帝的得力助手。 　　治理黄河治理黄河是清朝的一项重要政务。康熙二十一年，萧家渡决口，工部尚书请令河道总督靳辅培修，遭到康熙帝拒绝。明珠极力推荐靳辅参与治河事宜。他说：“靳辅历任既久，所见必真”，应令来京会议。次年，河水复归旧道，康熙帝甚为赞赏。明珠说：“河道既深，挽运无阻，往来商贾皆得通行，真国家之福。”④康熙二十四年十月，靳辅提出治黄河方案：挑濬高、宝等七州县下河，引水入海，又筑高家堰堤岸，修整黄河两堤。康熙帝征求明珠意见？他回答说：“臣等意谓，最宜修治，但钱粮陆续给与，似为有益。”⑤十一月，在会议治河时，为防止海水倒灌，靳辅主张开大河，建长堤，高一丈五尺，束水一丈，以敌海潮。于成龙则主张开濬故道。明珠赞成靳辅治河方案，上奏：“于成龙居官虽清，但河工事宜，未能阅历。靳辅久任河务，已有成效，似应从靳辅之议。”王熙认为：“于成龙所议是一旧说，乃照明朝河臣潘季训《河防一览》之法。靳辅所议是一创建之策。”①以后康熙帝听信汤斌所言，赞成于成龙治河方案，而靳辅主张未能施行。康熙二十七年（1688），明珠被劾与靳辅结党。靳辅被免职离任。 　　对俄交涉明珠任大学士时，参与筹划抗击沙俄侵略，并亲自与沙俄使者交涉。康熙二十年（1681），蒙古正红旗副都统缺员，明珠推举彭春，“人亦颇优，不但副都统，即将军亦可”②。康熙二十二年，明珠认为：“萨布素甚优，与将军职任相宜。”③彭春、萨布素在首次抗击沙俄侵略，收复雅克萨城的战争中立下了战功。康熙二十五年，清朝再令萨布素率兵包围被沙俄第二次占据的雅克萨城。沙俄派使臣到北京请求解围，明珠奉命在午门前接收文书，并负责谈判。康熙帝决定和平解决，令萨布素将包围雅克萨城之兵，撤回驻地，为签订《尼布楚条约》之准备④。 　　②《康熙起居注》康熙二十三年正月、二十二年八月。 　　③《康熙起居注》康熙二十三年正月、二十二年八月。 　　④《康熙起居注》康熙二十一年十月。 　　⑤《康熙起居注》康熙二十四年十月、二十四年十一月。 　　①《康熙起居注》康熙二十四年十月、二十四年十一月。 　　②《康熙起居注》康熙二十年十二月、二十二年十月。 　　③《康熙起居注》康熙二十年十二月、二十二年十月。 　　④《明珠等为俄使呈递奏书仪式及撤围雅芝萨事与纽科夫交涉记事》，中国第一历史档案馆藏满文俄罗斯档。