郑芝龙被挟进京后，清廷为了招降郑氏余部，授予一等精奇尼哈番世职。对于郑成功，在很长的时间内并不在意。隆武政权消亡后，它的主要攻击对象，一是浙东的鲁王余烬，二是西南的桂王政权。顺治八年（1651）以后，郑成功连续大败清军，特别是闽浙总督陈锦败死，开始震动清廷。当时，南方正出现了第二次抗清活动的高潮，李定国、刘文秀、白文选先后攻陷桂林、梧州、柳州、辰州，定南王孔有德自焚，定远大将军和硕亲王尼堪战死，张名振、张煌言兵进长江，李定国猛攻两广。并且孙可望、李定国多次遣使联络郑成功，约期会师恢复。在这种情势下，清廷为了分化郑成功与孙、李的联合，乃改变原来的消极待降政策，积极开展和平攻势，以期不战而屈人之兵。 　　顺治九年（1652）十月，清廷命郑芝龙写信派家人周继武驰送成功，告以朝廷招抚之意。 　　次年五月，封郑芝龙为同安侯，成功为海澄公，鸿逵为奉化伯，芝豹为左督总兵官，并派官持印敕入闽。 　　八月，清使至厦。郑成功表示：清朝必须切实给予三省地方，方可实现和议。 　　十一月，清廷决定予郑成功“靖海将军”敕印，答应给予泉、漳、惠、潮四府安插兵马。郑成功仍不受命，坚持非数省不可，要和就须依朝鲜例处理双方关系。 　　顺治十一年八月，清廷又派内院学士叶成格和理事官阿山，偕郑成功季弟郑渡（随郑芝龙入京后改名世忠）、四弟郑荫（入京后改名世荫）入闽议和。 　　十月，郑成功与清使相约俱至安平会面。郑军列营数十里，旗帜飞扬，密布锹黎鹿角，设伏据隘，清使随从精骑数千，步旅万余，漫山遍野扎营，瞭哨四出，各相提防。 　　郑成功提出先受诏，后议剃发之事。清使要求先剃发，然后接诏。互相数日不定，叶成格、阿山不辞而别，自回泉州。郑渡、郑荫到厦门泣涕恳告，说：“两使此番失意而回，大事难矣！我等复命，必无生理！”郑成功说：“我意已决，无多言也！”清使回京。郑成功给郑渡写信：“兄弟隔别数载，聚首几日，忽然被挟而去，天也！命也！弟之多方劝谏，继以痛哭，可谓无所不至矣。而兄之坚贞自持，不特利害不能以动其心，即斧刃加吾颈，亦不能移吾志。何则？决之已早而筹之已熟矣。”又复父书：“大抵清朝外以礼貌待吾父，内实以奇货视吾父。今此番之敕书与诏使之动举，明明欲借父以胁子，一胁则无所不胁，而儿岂可胁之人哉？且吾父往见贝勒之时，已入彀中，其得全至今者，亦大幸也。万一吾父不幸，天也命也，儿只能缟素复仇，以结忠孝之局耳。”“儿此时惟有秣厉以待，他何言哉？他何言哉！”①。清朝招抚郑成功的谈判，四经往返，至此归于破裂。虽然双方都未达到最高目的，但是，谈判期间，孙可望、李定国几度遣使约期会师，郑成功待而未举，是清朝借谈判迟滞了南方海陆两大势力的会师；成功利用和谈之机，分遣各镇至云霄、龙岩、惠安、仙游等地征派粮饷，数月间获四百余万，是①《先王实录》。 　　郑成功借谈判扩大了实力。 　　招抚不成，清朝决定诉诸武力。十二月，清廷以杨杰、马得功、马进宝充福建随征右、中、左路总兵官，命世子济度为定远大将军，同贝勒巴尔处浑、贝子吴达海、固山额真噶达浑统率满汉大军三万，征剿郑成功。同时，囚郑芝龙于高墙。 　　郑成功也知大战在即，乘两使回京复命，清朝大兵尚未南下之际，一方面在海上大整舟师，增设炮台；一方面遣军出征，扩占地盘，十一月略取漳州属邑，十二月占领漳州，袭破同安、南安、惠安，次年正月又攻破仙游，省城福州震动。 　　顺治十二年，郑成功进一步利用二至六月的间隙，进行了一系列军政建设。军制上，分陆军为七十二镇，水师为二十镇。另设监营，由总理监营、左右协理监营统管大小监督，“监同各提督统镇出征，凡有军机重务，必由报闻”；每人各授铁竿红旗一面，上书“军前不用命者斩，临阵退缩者斩，副将以下先斩后报”。 　　政制上，仿国家六部的规模，设六官分理庶事，六官以下各设左右司务（后改为都事）。设六察官讥察利弊。又设“储贤”、“育胄”二馆，以储贤馆集纳考试所取诸生及荐举之士，以育胄馆收容培养死事诸将及侯伯子弟。凡出师征伐，“拨育胄、储贤二馆诸生授监纪职俸，配监各提督统镇，从军出征，记录功罪”①。改中左所为思明州，揭起“中兴”“复明”的旗帜。同时严格进行军队素质训练，在厦门五老峰前筑起演武亭楼台，作为全军训练中心，陆军用“五梅花操阵法”，水师用“水操法”，俱编成定式，颁发全军。“舳舻阵列，进退有法，将士在惊涛骇浪中无异平地，跳踯上下，矫捷如飞”②。 　　六月，清朝不断增调兵马进入福建，配合济度会攻厦门。郑成功这时已完成了全面的军政整训，于是采纳澄世的建议，收缩战线，主动放弃福、兴、漳、泉各州县，全师退守厦门，坚壁清野，拆毁惠安、同安、漳州、漳浦、南清、长泰、平和、诏安、永春各府县城垣，尽用所拆木石以营垒厦门、金门、海澄、白沙等处。同时，又取主动出击的态势，派黄廷、万礼率十二镇由漳浦、诏安南下潮州，陷揭阳，取普宁，驻兵征饷；派洪旭、陈六御、甘辉、王秀奇等率十二镇北上与张名振、陈辉会师，进入长江，捣其心腹，制其对闽南的用兵。 　　九月，济度统率的满汉大军三万到达福州，又调本省兵马，准备进攻厦门。当时漳、泉州所属各县并漳城俱已拆为平地，郑成功又令全部军民撤出厦门。有人上条陈说撤出厦门有十不便，不如调回南北征剿之师与清兵决战。郑成功令捆责八十棍。密谕郑泰说：“清朝岂无宿将？遣此乳臭姱子，岂意在战耶？不过借兵在逼我和耳。我若调回大师，被他识浅。所以并空思明以疑之。昔孔明操琴而退魏兵，此意岂异耶？谅他必有书来讲一番，我随乘机迎之，彼自入我彀中。”①济度至泉州，见郑成功空岛以待，果然不敢进犯，驻师东岳庙，两度致书招成功。郑成功仍以先前与叶成格、阿山二使所议条件作复。和谈无法继续，再次中断。 　　①《先王实录》。 　　②《先王实录》。 　　①《先王实录》。 　　顺治十三年四月，济度统陆军屯扎石井，调集各澳船只，令泉州守将韩尚亮统领，分三■进犯白沙、金门、厦门，郑成功分拨诸镇迎击。适逢狂风大作，阴雾迷蒙，对面不见船■，郑军船顺溜收泊围头，清船被风压下，有收入围头被获者，有漂至青屿、金门登岸乞降者，有漂出外洋至广东海面者，被郑军夺取大船十只，焚毁者三十余只，最后收回泉州港者仅剩十数只。郑军大胜。 　　郑成功击败济度对白沙的进攻后，增设戎旗左右镇，调集各处乡勇新兵训练铳器，准备全师北征。但就在这时，驻守海澄的前冲镇黄梧挟持副将苏明及海澄知县王士元，献城投降了清朝。 　　海澄是金、厦的屏障，又是郑成功储积粮饷军械之所。“城中所贮，粮粟二十五万，军器、衣甲、铳器不计，其将领私积者又不计”①。海澄之失是郑成功继顺治八年马得功偷袭厦门之后的又一次重大损失，北征的计划也因此暂时搁置起来。 　　清廷见和谈和征剿均对付不了郑成功，开始全面加强经济的封锁和政治的分化瓦解。顺治十二年六月，清廷下令沿海省分“无许片帆入海”②。顺治十三年六月又谕：“凡沿海地方大小贼船可容湾泊、登岸口子，各该督、抚、镇俱严饬防守各官，相度形势，设法拦阻，或筑土坝，或树木栅，处处严防，不许片帆入口，一贼登岸！”并敕东南各省督、抚镇等官对郑成功部属“大开生路，许其自新”，广出榜文晓谕：“如贼中伪官人等有悔过投诚，带领船只、兵丁、家口来归者，察照数目，分别破格升擢；更能设计擒斩郑成功等贼渠来献者，首功封以高爵，次等亦加世职。同来有功人等，显官厚赏，皆所不惜。”③为了报海澄之仇，郑成功很快找到进取时机。七月，他见济度与李率泰皆驻师漳州，省城空虚，遂派甘辉统领十五镇官兵，北上直入闽安镇，威逼福州。所至广取辎重宝物，足偿海澄之失。八月，济度与李率泰拨梅勒章京阿格商救援福州，郑成功也亲至福州视师。 　　十一月，清廷命郑芝龙差家丁谢表、小八至三都劝郑成功和议。再一次被他断然拒绝。 　　十二月，郑成功移师攻略连江、罗源、宁德沿海诸县。济度遣阿格商、巴都、柯如良统满洲马步数千，尾后牵制。阿格商、巴都、柯如良都是满洲虎将，入京以来，无战不胜。郑成功领大队直进宁德，命甘辉、周全斌、陈魁断后，节节示弱诱敌，待至险要处，设伏歼敌。二十九日，阿格商至护国岭，进入甘辉的埋伏圈，伏兵齐出，箭如雨下。甘辉素闻阿格商名将，每以打死仗得胜，又见满兵俱是全身重铠，乃命军士照五梅花阵操法，三退诱之。阿格商三追，甘辉三退，满兵力疲，甘辉乃挥师冲杀。陈魁直取阿格商，身中二矢一刀，幸陈蟒赶到，杀死阿格商。郑军乘势赶杀，满兵一时爬不上马者尽被杀死。清军遗弃马匹、布幔、辎重不计其数。战前，右提督马信曾对甘辉说：“素闻公善战，明日观公退敌。”及胜利收军，马信出迎道：“今日始信公之真勇略也！”①①《先王实录》。 　　②《清世祖实录》卷92。 　　③《清世祖实录》卷102。 　　①《台湾外记》卷4。 　　十一月，清廷命郑芝龙差人至三都，再次劝郑成功就和。这时郑成功亲自作书禀父，依旧坚持以不剃发、予数省为条件。清廷最终对招抚丧失了最后信心。顺治十四年三月二十二日，顺治帝降谕全力剿捕。四月初五日，将郑芝龙及其弟芝豹、子世忠、世恩、世荫、世默，俱流徙宁古塔地方，家产籍没。八月初五日，又以宁古塔地近江海，恐船只往来，发生意外，命将郑芝龙加铁链三条，手足扭镣，严加看守。