《本草纲目》是中国药物学巨著。根据《本草纲目》中的记载，李时珍首先是在医药学方面有很高的成就。他十分重视中医的辨证论治，主张全面认识疾病，四诊合参，然后依病处方。对于所谓“一方可以通治百病”的说法，他是极力反对的，这是“方伎家之术”，不宜提倡。他认为治病应当深入了解病情，使其有的放矢①。如，在应用峻泻剂巴豆丸五十粒大胆地治愈王太仆的久痢溏泄病之后，他语重心长地指出治病妙在配合得宜，药病相当，才能取得疗效。②中医理论中的阴阳五行学说、天人相应学说和脏腑经络，他都有较深入的研究，并能灵活应用。例如，他用木瓜来治疗转筋与血病脚膝乏力。一般医家认为是由于木瓜味酸入肝，而肝又主筋，所以木瓜可治疗转筋。李时珍则认为应从五行的相互关系来理解，即木瓜可以收敛脾肺耗散之气，脾肺在五行中分属土金二行，还能泻肝木之气，从而使病症得以治愈。③从临床上说，对李时珍影响最大的，要算金元时名医张元素、李东垣这一学派。李时珍对张元素在医药学理论如药性的气味、阴阳、厚薄、升降、浮沉、补泄、六气、归经等内容的论述，备加赞扬。受“补土派”代表人物李东垣的影响，李时珍在临证过程中也特别重视脾胃的健运和正常功能。他认为人的中气（与脾胃机能密切相关）与疾病状态、人体正气之间的关系至为密切，甚至人体的头部能保持端正不倾，九窍所以能通利，与胃中清阳上升之气关系也极为密切，告诫治病匆过用苦寒而伤脾胃之气。如对于用麻黄汤治疗伤寒的机制，一般均认为是风寒发表、调和营卫、发汗祛邪。李时珍则认为，汤方中之麻黄、桂枝、芍药、甘草以及姜枣等，率皆理脾救肺之药。 　　李时珍《本草纲目》中，在医学方面，有不少新的创造和发明。如：首次记载的一些病症，有铅中毒、汞中毒、一氧化碳中毒、肝吸虫病等。创造了诸如蒸汽消毒、冰块冷敷胸部以急救高热昏迷。倡用点燃香料烟薰以达到消毒空气的目的。所有这些，都说明李时珍在医药学上从理论到实践都有相当高的成就。 　　由于我国古代本草学的博物学性质，李时珍在自然科学方面所取得的成就也是相当高的。在生物学方面，李时珍已经具有生物进化的思想萌芽。当时，他已经注意到生物界具有一定的变化顺序。在动物类药物中，他根据动物构造的复杂性，依次分成虫、鳞、介、禽、兽和人等部。这样的分类，大体符合现代关于动物由单细胞到多细胞，由无脊椎动物到脊椎动物的进化观点。他还特别注意环境对生物的影响，指出地域和四时气候因素的差异，将影响生物的生长与形态。如指出在浊水和流水中的鱼与清水和止水中的鱼的颜色及习性迥别；而山禽的咮短而尾则修长，水禽则咮长而尾促。他认为鱼类的鳞与水波粼粼相似；树林中的鸟羽毛像树叶，而兽类的毛像草，所谓“毛协四时，色合五方”①。还指出动物可以通过人工豢养而予以驯化，如驯化野① 《本草纲目》卷二三《阿芙蓉》。 　　② 《本草纲目》卷二三《阿芙蓉》。 　　③ 《本草纲目》卷三○《木瓜》。 　　① 《本草纲目》卷四七《禽部》。 　　象，可以指挥自如，对于植物，家种的莲藕多佳，要比野生者好。他还观察到遗传上的相关变异，如指出人体头发发白，其迟早老少，均与寿命之短长无关，而与“祖传”等因素有关；又指出乌骨鸡只须验舌，即可以知晓是否真乌骨鸡等等。 　　在矿物学和化学方面，李时珍已注意到地球化学分区的现象。在叙述铜矿时，指出有赤、白、青之分。又指出水精出于南方者白、北方者黑，信州水晶则浊，说明矿物的分布和性质与地球的区域不同有关。关于无机化学和有机化学，书中记载无机单体化学元素十九种，包括钠、钾、钙、镁、铜、银、金、汞、锌、锡、铝、锰、铅、铁、硼、碳、硅、砷及硫等，以及由这些元素构成的化合物数十种。对于每一种物质的来源、鉴别及化学上的特性，都有较详尽的叙述。最可贵的是已依照各种单体元素及其化合物进行分类，基本上能按单体元素分类，从而澄清了其前代在这类药物上的一些混乱。在制备各种药物时，记载了包括蒸馏、蒸发、升华、重结晶、风化、沉淀、干燥、烧灼、倾泄等现代化学所应用的各种方法。他认为，城市中的井水易污染，如用来煎药，须浓煎澄清后，才能应用，否则将影响药效。他还掌握了制备碱性碳酸铜的方法，即利用铜器在带微酸性的浆水与空气中的二氧化碳互相作用下出现的化学反应的结果。书中叙述的制备粉锡（即碱性醋酸铅）的方法，与现代荷兰法制备相似。他在叙述铅丹的制备法时，提到的制备过程，是利用物质溶解度和比重的不同，进行分离和提纯，由硝石与矾石分解和氧化而完成的。就石膏而言，李时珍指出，根据硬度的不同，长石与寒水石实为不同的两种；再根据破碎后之物理性质不同，即方解石呈方块状，而长石成片段状，也是同类的不同两种物质。在有机化学方面，李时珍记录了以五倍子制取“百药煎”治痰嗽的方法，实际上是我国最早制取没食子酸的记录。五倍子含有大量的鞣质，遇到蛋白质及胶质时即生成沉淀，经过发酵可使毒性降低，而溶解性提高，如再经麴菌的水解作用，就得出白色丝状的没食子酸结晶，这个过程他已经加以实际应用了。 　　其他自然科学，如在解剖生理学方面，从解剖学上说，李时珍所指的“脾”，乃俗话所说的“联贴”，是有形之物，即后世所说的胰脏。他又首先提出“脑为元神之府”，说人体的头部如圆形的穹窿天盖，在这里有“泥丸之宫”，是一身神灵所集中的部位①，这在我国古代医学以心为全身脏腑的主宰的传统观念中，是一个了不起的成就，使其后的一些医学家对于脑子的功能有进一步的认识。在药物栽培方面，对于土壤、整地、繁殖、灌溉、施肥和收获的知识，都符合现代药物栽培学的要求。李时珍还通过利用较精密的称量方法，测量容器中水分蒸发速度的不同，以预知天气的晴雨；利用玻璃中是否有气孔存在，以鉴别天然及人工制造产品。他还指出动物粪便可以化石、动物也可以化石，这些也属首次记载。他还指出月球与大地一样，其中的树影、嫦娥之类，实乃“山河之影尔”②，至于雨中落桂、雨尘沙土石、雨金铅钱汞、雨絮帛谷粟、雨草木花药、雨毛血鱼肉等等，如其认为并“非月中有桂”，因为桂只在南方才有，所以南方雨桂，乃自然现象。李时珍当时对一些天文气象现象的了解已是很深入的了。 　　① 《本草纲目》卷三四《辛夷》。 　　② 《本草纲目》卷三四《月桂》。