隋唐时期，无论朝廷或医学家们都对基础医学理论研究给予了较大的关注。例如：隋代统治者组织医药学专家集体编撰大型医方著作《四海类聚方》达一千六百卷之巨，还组织太医博士巢元方等集体编撰专门论述病因、病理、症候的巨著《诸病源候论》。是书列载病症一千七百余条，分述各科各种疾病的病因、病理变化、体征与症候等。由于这部书之宗旨是论述诸病源候的，所以一般均不涉及治疗之原则和方法。但其中也有一小部分病症例外讨论了诊断、预后以及导引和手术治疗问题。这部专著不满足于传统的“千般疾病，不越三条”的病因学说，而是更加重视实际观察经验的理论总结。因此，对传染病共性的认识和不同传染病的特点的描述，对疾病之分类或某些疾病的特点的记载，以及对医疗技术创造发明的重视等，都有许多精辟的见解和论述。例如：强调疥疮治疗要“虫除病愈”，条虫病因是生吃牛肉所得，漆疮因个体素质关系，外伤肠断必须进行肠吻合术治疗等等，学术水平都明显超过了前代。巢元方《诸病源候论》对中国医学乃至日本、朝鲜医学的发展有着深远的影响，至今仍作为重要的中医典籍而得到广泛的引证和发挥。 　　关于《黄帝内经·素问》的研究，在隋唐时期也有新的重要进展。如王冰继南朝梁代全元起注释《内经》之后，次注《黄帝内经·素问》，使其难懂的文辞和欠明了的医理，得到注释和阐发，从而扩大了《内经》的影响及其在医学上的推动作用。此后一千多年来的数百家《素问》研究者和注家，都是以王冰次注本为蓝本的。