今新疆、内蒙古、青海和甘肃的一部分在明朝的大部分时间内都处于它的疆域之外。在这些地区建立的政权主要有:
别失八里
14世纪40年代,察合台汗国陷于分裂,至60年代西察合台汗国演变为帖木儿汗国。1370年(明洪武三年)东察合台汗居别失八里,1418年(永乐十六年)西迁亦力把里(一作亦力巴力,今新疆伊宁市),明朝史籍即以城名称其国名。辖境包括今新疆除哈密地区和额尔齐斯河、乌伦古河以东北地区以外,境外巴尔喀什湖、塔什干以东和帕米尔高原。16世纪后期,天山以北地区的东部已为瓦剌所占,其余也分裂为几部:吉利吉斯,在今巴尔喀什湖以东南一带:哈萨克,在今伊犁河流域;叶尔羌,在今塔里木河流域和帕米尔高原;土鲁番,在今天山以南东部地区和甘肃西部。
鞑靼、瓦剌
鞑靼始见于唐代中叶,是突厥统治下的部族,以后兴起的蒙古是其中一支。元亡后,明朝又将蒙古高原东部蒙古成吉思汗后裔各部都称为鞑靼。
瓦剌,清以后称卫拉特、额鲁特、厄鲁特,本在叶尼塞河上游,被成吉思汗征服后成为蒙古一部。明朝泛指蒙古高原西部和阿尔泰山一带的部族。
1368年(明洪武元年)元帝退出大都,北迁上都。次年明军攻上都,元帝再次北逃。第二年明军又攻克应昌(今内蒙古克什克腾旗西达来诺尔附近),元帝逃至和林,仍用元朝称号,史称北元。传至1402年(明建文四年)取消帝号称可汗,去国号称鞑靼,恢复了部族,但内部并不统一。明永乐初,瓦剌分为马哈木、太平、把秃孛思三部,明朝封为顺宁、贤义、安乐三王。鞑靼和瓦剌的范围大致有今内蒙古中部和西部、蒙古高原、阿尔泰山南麓和西伯利亚南部。
1436年(明正统元年),瓦剌顺宁王脱懽〔huan欢〕并吞贤义、安乐二王部落,统一瓦剌,两年后又控制了鞑靼。其子继立后,东取兀良哈三卫及建州女真各部,西掠沙州、赤斤蒙古、哈密等卫,1449年(明正统十四年)南下攻明,俘获明英宗。1453年(明景泰四年),也先自立为大元田盛大可汗,但两年后在内乱中被杀,蒙古又分裂。1480年(明成化十六年)鞑靼的达延汗(明朝称为小王子)继承汗位,出兵迫瓦剌西迁,又统一了蒙古各部。16世纪前期达延汗死后,又出现了割据局面。至16世纪后期,达延汗之孙土默特首领控制蒙古右翼,称阿勒坦(俺答)汗。阿勒坦汗在今内蒙古呼和浩特筑大板升城(明朝赐名归化),成为漠南地区的政治、经济、文化中心。
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