建文元年（公元1399年）春天，燕王派长史葛诚入京奏事，其实也是到朝廷探听口风，打探虚实。建文帝推诚相待，向葛诚询问燕王的情况。葛长史老实人，又是皇帝垂问，便把燕藩平素的不轨之事一一禀报，建文帝既喜且忧，遣葛诚回北平，密使其为内应。朱棣多疑，殆似其父，葛诚回来后，他“察其色异，心疑之”。
三月份，燕王依礼入觐新君，“行皇道入，登陛不拜”。大庭广众之下，朱棣愤然抗然，显然不仅老奸巨滑，确实还气势凌人。当时就有监察御史奏劾其“不敬”，建文帝仁厚，表示“至亲勿问”。
户部侍郎卓敬再次密奏：“燕王智虑绝人，酷类先帝。夫北平者，金、元所由兴也，宜徙封南昌以绝祸本。”建文帝览奏后变色，“袖之”，不置可否。转天，他亲自召见卓敬，问：“燕王骨肉至亲，何得及此？”卓敬苟言不凡，说：“隋文帝、杨广两人难道不是亲父子吗？”建文帝默然良久，仍旧下不了决心，只是摆之手说了声“爱卿不要再讲了”，示意卓敬退下。
四月，燕王朱棣归国。真所谓“天予不取，必受其咎”！在南京如果想处置燕王朱棣，两狱卒力耳，随便安个什么罪名，先抓起来再说。可惜建文帝太过柔仁，也不知一直出主意削藩的齐泰和黄子澄等人干什么去了，关键时刻不力劝建文帝下手，放虎归山，养虎反噬，悔之无及。
当然，建文帝也采取了一些“补救”措施——派都督耿瓛掌北平都司事，都御史景清为北平布政司参议，又诏派宋忠率三万兵屯守开平，以备边为名，敕令燕府精兵护卫皆隶属宋忠。同时，还密诏张芮、谢贵严备燕王的一举一动。
朱棣归国后，马上托疾不出。不久，对外又称病危，以此迷惑朝廷。
五月，太祖朱元璋小祥忌日，依照礼制诸候王皆应亲临陵墓致祭。朱棣自称病笃，派其世子朱高炽及另外两个儿子朱高煦、朱高燧入京。当时有参谋劝他不要把几个儿子都派入京师参加祭礼。燕王朱棣一语道破心机：“令朝廷勿疑也。”
燕世子朱高炽等三兄弟入京，兵部尚书齐泰就劝建文帝把三个人都一并软禁起来。又是黄子澄表示异议：“不可。疑而备之，殆也。不如遣还。”秀才议事，思前想后，终无成者。倒是三兄弟的亲舅魏国公徐辉祖入殿密奏，表示说：“我这三个外甥中，惟独朱高煦勇悍无赖，非但不忠，又会叛父，他日必为大患。”建文帝犹豫，又向徐辉祖弟弟徐增寿和驸马王宁问计，这两人平时和燕王及其三子关系密切，饮酒纵马欢歌，自然都是说好话，建文帝“乃悉遣归国”。朱高煦临走，还偷偷潜入舅舅徐辉祖的马厩，盗走最好的一匹马，无赖之性暴露无遗。
本来，朱棣派三个儿子入京后不久，便忽然生悔，生怕三个小子被他们当皇帝的堂兄弟一网打尽。看见三个人根毛未动、全须全尾无恙返回，朱棣喜出望外，大叫“吾父子复得相聚，天赞我也”！
建文帝放朱棣回北平，一错；又纵放燕王世子朱高炽等人归国，使朱棣起兵更了无顾忌，二错；特别是放走了强悍敢战的朱高煦，三错。日后，朱棣之兵锋最锐者，关键时刻加最后一把力者，当属这位朱高煦。彼时，建文帝大叹“吾悔不用辉祖之言”，为时已晚。
既然已放虎归山，建文君臣已应该观变待时，不要激起朱棣急反之心。可是，建文元年七月，又遣人逮捕燕王官校于谅、周铎至京杀头，并下诏谴责朱棣。为了争取时间，朱棣装疯，于北平市中狂呼乱走，夺人酒食胡吃海塞，胡言乱语，躺在地上打滚叫骂，一整天一整天地假装不省人事。
张芮、谢贵入王府“探病”，盛夏暑天，看见朱棣披着大棉被在一个大火炉子前“烤火”，连连摇头大呼“冻死我了”。张谢两人密奏，建文帝等人还真有些信以为真。幸亏燕王长史葛诚为内应，密报朱棣即将举兵。兵部尚书齐泰确也当机立断，马上发符遣使，命有司迅速前往北平，逮捕燕王府邸内相关人等，并密令张芮、谢贵等人相机行事。同时，又密敕北平都指挥使（军区司令）张信，因其一直为燕王亲任，命他亲自逮捕朱棣。假使张信受命，朱棣再大的本事，也不过一王府独龙，皇诏一下，众人放杖，逮送京师，故事也就至此告一段落。历史偏偏就在关键时刻出现戏剧性。