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1942年2月，阿西莫夫开始在查尔斯·多森教授的指导下攻读哥伦比亚大学的博士课程，当时他刚认识杰特鲁德不久，硕士学位证书上的墨迹还未干。
阿西莫夫与多森一见如故，他非常欣赏多态的才智。学院分给他一间研究室，他与另一位博士研究生一起在那儿开始了工作。但他在哥伦比亚并没有呆多久。
3月，阿西莫夫见到了著名的科幻小说家罗伯特·亨纳恩。当时，亨纳恩到新泽西约翰·坎贝尔家中拜访。坎贝尔认为，该是让这两位作家见面的时候了。
阿西莫夫差点没能找到坎贝尔的家。虽然他当时已经22岁了，但从纽约到新泽西的旅行对他来说简直就是件大事，好几次他都差点迷路。他找到坎贝尔家时，已经很晚了。做完介绍后，他又很不明智地喝了杯酒，一下便醉倒了。尽管如此，那天晚上休息前，亨纳恩提出请阿西莫夫去他工作的宾夕法届亚海军造船厂当一名化学家。
阿西莫夫犹豫了一段时间。如果接受这份工作，他将开始挣薪水，开始时年薪是2600美元；但这时他在学业上已有了一定的独立能力，并且与多森教授相处得很愉快。但一份真正薪金的诱惑实在难以抗拒，况且他也喜欢亨纳恩的公司。在与父母、杰特鲁德、多森反复商量后，他最终决定，如果他通过了求职面试，就接受这份工作，等战争结束后再继续攻读博士学位。与此同时，婚礼计划也进展迅速，日子定在7月。
阿西莫夫在上班前，曾去过宾夕法尼亚两次。正式被雇用后，他平时就得住在那儿，只有到了周末，才能返回纽约看望父母与杰特鲁德。
阿西莫夫与杰特鲁德母亲玛丽·布鲁格曼的关系一直不好。他认为她是个专横跋扈的泼妇。据阿西莫夫称，她对女婿的才华不屑一顾，并一直认为他配不上自己的女儿。而阿西莫夫也对玛丽·布鲁格曼满心憎恶，只要她在场，他总要说些刻薄话。
杰特鲁德的母亲对癌症有着近乎病态的兴趣。她没完没了地谈这个话题。阿西莫夫曾刻薄地取笑她，说她嫉妒每一个得了癌症的人。杰特鲁德的父亲是个沉默寡言的老实人，家中人人都喜欢他。他一切都听妻子的，极不善交际。阿西莫夫虽然喜欢他，却从未真正了解过他。
阿西莫夫后来称，岳母对杰特鲁德的影响是造成他们夫妻婚姻破裂的主要原因。他称杰特鲁德对母亲太恭顺了，并总是将母亲的愿望排在第一，而把他放在后面。尽管阿西莫夫与布鲁格曼太太互相敌视，7月26日，艾萨克还是与杰特鲁德举行了婚礼。仪式安排在布鲁格曼家，场面很温馨。在场的有双方父母、杰特鲁德的弟弟约翰、阿西莫夫的弟弟斯坦利、妹妹玛霞。
双方家中都不信教，主持仪式的神父是通过电话本找到的。这位神父坚持说，必须有个不相干的证人在场才能举行仪式。杰特鲁德的父亲只好将他能找到的第一个人拽进来当证人。但神父又称，证人没按规矩穿戴，必须戴顶帽子，事情几乎变得有些可笑。布鲁格曼只得翻箱倒柜地找出一顶帽子借给陌生人戴上，仪式这才开始。
两家人接着便奔赴科尼岛，在半月酒店举行了结婚庆祝酒会。这对新婚夫妇早早就离开了，赶往曼哈顿市中心的一家廉价旅馆——迪西旅馆度他们的良宵，只留下客人们尽情地豪饮狂欢。在这对新婚夫妇驱车离开酒店时，布鲁格曼太太狂呼：“杰特鲁德，记住。如果你不幸福，就回家来。”
阿西莫夫毫不避讳地承认，他们的新婚之夜是个灾难。结婚时两人都是童身，根本不知道该做些什么。两人过得都是闭塞的生活，从未接受过性教育，也未得到过父母关于这方面的指点。杰特鲁德一直对性生活不是很感兴趣，在阿西莫夫的朋友与同事中，已是件众所周知的事。阿西莫夫最喜欢的笑话之一是问：犹太人的性生活前热身运动是怎样的？答曰：恳求一个半小时。①阿西莫夫称，这个笑话总让他想到杰特鲁德。
①艾萨克·阿西莫夫：《阿西莫夫又笑了》，哈普·科林斯出版社1992年版。
新婚之初，阿西莫夫并不是很在意他们不成功的性生活。他被杰特鲁德弄得神魂颠倒，认为她美极了。早年时，妻子的美貌令他觉得自卑，尤其是当他知道她不是因为他的长相才嫁给他时。后来，他们之间几乎不存在的性生活导致了性不和谐和婚姻危机，最终使得两人离异。
阿西莫夫夫妇在艾拉本·爱克斯的凯茨基尔斯渡的蜜月，这是个比较便宜的度假胜地，纽约的劳动阶层频繁光顾。杰特鲁德与阿西莫夫似乎都认为这地方不怎么样，但像许多新婚夫妇一样，只要两人能在一起，环境是次要的。
渡完一周的蜜月后，8月2日，他们回到了纽约。两人决定一起搬到宾夕法尼亚，并马上开始寻找他们的第一套公寓。
海军造船厂的工作环境与阿酉莫夫以前的工作环境相去甚远。他从事的战争物资实验，这些物资包括炸药、用做伪装涂料的材料、食品与战地医药等。这个小组的每位化学家都有自己的项目，阿西莫夫无须与别人进行小组合作，这令他很高兴，但他又不得不与一小组人共用一间实验室。
阿西莫夫有一大堆关于海军造船厂的故事。他的这些故事使人觉得，他在造船厂的日子并不是那么糟。造船厂建在宾夕法尼亚附近的沼泽地带，地方很糟糕，天气通常也很恶劣。但阿西莫夫与亨纳恩相处融洽，两人虽不在一起工作，却经常共进午餐，有时晚上还一块出去消遣。
阿西莫夫对造船厂食堂的饭菜尤为不满。他觉得伙食太差，认为自己有义务煽起大伙的情绪，向上司提出抗议。亨纳恩当时专门负责食堂，并且职务也比阿西莫夫高出几级，对他的抱怨极为恼火。为了反击阿西莫夫的无理取闹，他煽动造船厂出台了一条新规定：任何抱怨饭菜不好的人，都将按言行的轻重被处以罚款。结果，在损失了几美元后，阿西莫夫决定宁愿带三明治上班，也不愿冒破财之险。数年后，当两人在科幻小说界的聚会上碰面时，这一小插曲成了轻松的笑谈话题。
阿西莫夫与亨纳恩有许多共同之处：他们曾在海军造船厂共事，两人都是科幻小说作家，又都曾为约翰·坎贝尔与《惊奇》杂志拉过磨，这一切使两人成了好朋友，并保持了终身的友谊。令人高兴的是，当代最杰出的三位科幻小说家，阿西莫夫、亨纳恩与阿瑟·克拉克，尽管他们之间存在竞争，但彼此都是好友。
阿西莫夫是在战争结束后认识克拉克的。阿西莫夫在海军造船厂工作时，克拉克正在英国研制雷达。直到20世纪50年代，克拉克才以其备受好评的作品，如《童年的结束》，跻身于顶尖科幻小说作家的行列。60年代，阿西莫夫与克拉克成了朋友与竞争伙伴。1972年，两人拟订了克拉克—阿西莫夫条约，申明克拉克是世界上最优秀的科幻小说家；阿西莫夫则是世界上最优秀的科普作家。他们的自我膨胀简直到了无以复加的地步。
只要克拉克去美国，如1969年期间，他应哥伦比亚广播公司之邀介绍阿波罗号登月，一般都要与阿西莫夫联系，两人一起共进晚餐或在晚会上碰面。后来，每当克拉克收到奇思异想者的大批来信，提出疯狂的科学构想时，他总在复信中建议：“阿西莫夫博士可能对此有兴趣，他的地址是……”
在造船厂工作的日子中，曾有一则轶事令阿西莫夫最为开心。事情牵扯到厂里一位自视颇高的女秘书。一天，她上班时戴了一条非常招摇的手链，是她的男朋友头天晚上送给她的，金链子表面上镶满了大粒的宝石。她抱怨说，美中不足的是，早上这条手链弄脏了。阿西莫夫碰巧听到这话，便建议说实验室有可以清洗手链的化学制剂，秘书顿时笑逐言开，把手链递给了阿西莫夫。
“不，不，”阿西莫夫急忙推辞，“我没有时间，还是找个技工为你洗吧。”
阿西莫夫将秘书领到实验室，叫来了一位女技工。她对秘书递来的精美的链子赞叹不已，马上开始用最弱的制剂——稀释的酒精清洗手链。
不一会儿，女技工面无血色地找到了阿西莫夫，结结巴巴地说：“出大事了。”她哆嗦着拿出项链的残骸——手链成了白色，一半的珠宝都落到了烧杯里。
阿西莫夫只是笑着说：“如果我是你，我根本不会担心。不过，今晚我可不愿是她的男朋友。”
阿西莫夫的刻薄并未随着年岁的增长而有所收敛。他不能再攻击老师了，但如果谁想在嘴上占他的便宜，他会以迅雷不及掩耳之势将他打败。
另一位秘书碰巧汗毛稍重，她以为阿西莫夫反应迟钝，结果反被阿西莫夫羞辱了一番。当时阿西莫夫刚蓄上胡子没几天。有天早上，他去实验室上班，这位秘书对他说：“艾萨克，你该不会是想留胡子吧？”阿西莫夫反击道：“为什么不呢？你不是都留成了吗？”可怜的姑娘泪水立刻夺眶而出——为此一星期都没理阿西莫夫。
还有一次，一位非常苗条的女孩决定攻击一下阿西莫夫的便便大腹。由于杰特鲁德的悉心照料，再加上平时缺少锻炼，他的肚子最近挺了起来。当时阿西莫夫正往烧杯里倒腐蚀性化学药品，事先戴了个橡胶围裙，使得肚子越发显得突出。女孩拿起一支玻璃管，说：“我真想用这管子在你肚子上穿个孔，把空气放出来，这样你看起来就更像个男人了。”艾萨克马上反唇相讥：“如果你真有这想法，我建议你还是用管子把胸部吹起来，这样你看起来就更像女人了。”愤怒的女孩抓起一把椅子向他砸了过来。艾萨克丢下手中的活，落荒而逃，直到她的怒气平息后才敢回来——这次他差点因自己的无理而身负重伤。
在战争的头一年，阿西莫夫夫妇的家庭生活还是很温馨。早年，他们思恩爱爱，有共同的兴趣、品位和愿望。杰特鲁德是个好厨师，也是个尽心尽职的妻子。然而，从阿西莫夫似乎将妻子当成了母亲，倚重于她提供的物质享受与精神支持，有时几乎像个孩子。他不能忍受与她有片刻的分离，杰特鲁德稍有离去，对他都是一次感情上的磨难。
婚后不久，杰特鲁德发现，尽管丈夫是美国人，她仍只拥有在美国的暂时居住权。她必须回加拿大几周，办理有关证件，然后才能取得永久居住权。在妻子离开的日子里，阿西莫夫忧心忡忡，生怕杰特鲁德会被拒绝人境。他无法集中精力工作，整个晚上都在屋中踱来踱去，掰着指头数着日子等杰特鲁德回来。
婚后的初期生活给阿西莫夫留下了永久的美好回忆，尤其是他在宾夕法尼亚海军造船厂工作的那段日子里，他们共同度过的那些周末。他们婚后的第二个家安在一个叫温格特汀的地方。每个周六的夜晚，他们都过得颇具特色。晚饭后，阿西莫夫到附近的店里买回早到的周日报纸，两人蜷在沙发上一块看，先是看连环画，再看满是战争情况的当日新闻。在寒冷的深冬，他踏雪回到家中，妻子端来一杯滚热的可可奶，收音机里传来科尔·波特的歌，阿西莫夫尤其喜欢在这种氛围里与妻子一块蜷在沙发上看报纸。有时，两人在下班后乘直达火车回纽约度周末。周日，他们偶尔也会康尼岛的大道上的环岛散步。有时，杰特鲁德的弟弟来和他们一起度周末。小伙子即将应征入伍，他们谈论各自的未来计划，在温馨中度过一个轻松的纽约仲夏夜。
1944年春，欧洲战事正明显地朝著有利于盟国的方向发展，但征兵的阴云仍威胁着像阿西莫夫这样不愿人伍的人。有些士兵在军中服役已超过18个月，由于要对他们进行轮换，因此必须征召第二批年轻人。
战争开始时，阿西莫夫的应征等级是“2B”，这意味着他无须担心被选上。“B”代表他的健康状况，因为近视眼，他没能得“A”，“2”代表他不在优先之列，因为他在海军造船厂为战争工作着。尽管如此，1944年与1945年的大部分时间，阿西莫夫都是在忐忑不安中度过的。他的创作才能似乎也因此而冻结了相当长一段时间。大部分时间里，他根本无法令自己写出点什么。
尽管他当时精神紧张，创作困难，他还是写出了被许多人认为是他力作之一的《骡子》。这部作品后来成为《基地三部曲》的基石。当他静下心来写作时，灵感又回到了他的身边。这部作品充分反映了当时萦绕他心中的问题。《骡子》中随处可见军队的影子，同时，这部作品中还塑造了两个主角——一对年轻夫妇。这在阿西莫夫的作品中是罕见的。
在那令他神经紧张的时期，他得参加系列体检，去各种委员会接受人伍资格评判。得到“1A”便意味着得随时待命，这是他最害怕的。为避免这样事情的发生，他想尽了一切办法。在人伍的一次目力测验中，医生让他读出屋子那头测试板上的字母，他以“克罗奇·马克思”式的幽默问道：“什么测试板？”
尽管阿西莫夫不是个绥靖主义者，但他认为，动用武力是最落后的，是解决争端最无效的方式。在他的作品中，我们所看到的英雄不到万不得已是绝不会诉诸武力的，他总是在作品中倡导消极抵抗。在他看来，二战所牵扯的谁是谁非已是很清楚的了，他坚信必须阻止希特勒。同时，他也不是懦夫。他从不主动使用暴力，但一旦觉得自己受到不公正的待遇时，他也会采取果断行动。晚年时，他面对无理之举总是义愤填膺。他通常总是通过法律来讨回公道，但有一次，如果不是被人拉住，他差点接了一个傲慢而又不知悔改的司机。这名司机竟闯进他的车里，威胁他的孩子。阿西莫夫有他自己的法令：“暴力是无能者最后的避难所。”但像许多人一样，必要之时，他也能证明自己是无能的。
如果征兵名单上有他，那他就得抛下在纽约的妻子及家人，被派往地球上的某个遥远的地方，还不知要呆多久。一想到这些，他就惶惶不可终日。他幼稚地为妻子发愁，并不知道他不在时，妻子将得到政府资助。他最不愿想的就是自己孤零零一人在外。
从1944年到1945年11月间的18个月中，阿西莫夫都在为逃避兵役奋斗着。由于最高年龄限制是26岁，他得拖到1946年2月2日才能躲过。
1945年5月欧洲战事结束。1945年8月美国在日本投下两颗原子弹，远东的战争也停止了。海军造船厂也相对松懈下来。阿西莫夫与一群科学家、技工一块儿仍在继续工作，但要求已不是那么严，这样他就能经常回纽约，有时还请假回去。他利用这一机会与征兵委员会拖时间。如果他在纽约，他便假称自己正在宾夕法尼亚体检；如他在宾夕法尼亚，他则称自己在纽约体检。这一招似乎还管点用，但阿西莫夫最终还是没能躲过。距到龄仅剩2个月，他正在与杰特鲁德一起在纽约时，他收到了自己最害怕得到的“1A”通知书，人伍时间定在10月26日。即便如此，他还是以需要很多的时间处理个人事情为由，设法将时间拖到了11月1日。但此后他再无计可施。他当了兵，近期的前途也已决定了。
阿西莫夫痛恨在军队中的每一刻时间。他每时每刻都在想着如何能脱下军装，每时每刻都在渴望着回到杰特鲁德身边。他还怀念在实验室里与同事们一起工作时的情景。尽管海军造船厂是个军事机构，但他是在实验室工作，与同事的关系也不错。军营对他来说则是个完全陌生的地方。
在宾夕法尼亚参加了入伍仪式后，阿西莫夫成了一个士兵。接下来的又是一次体检。当天晚上，他被送上了火车，奔赴马里兰州巴尔的摩附近的一个陆军基地米德堡。阿西莫夫感到极为孤独。读看他本人关于这段抑郁生活的记载，让人既同情他又厌烦他幼稚的心态。他不能适应所处的环境，从一开始似乎就打定主意要采取不合作的态度。他在军营中没有几个朋友，至少一直到他退役时都是这样，这次经历他一无所获。显然，自他接到入伍通知书那刻起，他的态度就是：“好吧，如果你们不顾我的反对强迫我去，我除了非干不可的事外决不会多干点。”
在抵达米德堡的头天晚上，阿西莫夫就因对一名下士无礼而被通报批评。他很快学会了管住自己的嘴，意识到自己在学校的那套油嘴滑舌在这里是行不通的。在米德堡度过的第一个晚上是他人生中的一个最低点。他竟想家想得直犯恶心。他觉得自己离家有100万里，再也见不到杰特鲁德与家人了。他唯一的安慰是现在不用真的去打仗了。他发现这天正好是星期五晚上，便决定去军中的教堂参加安息日祷告。他从不信教，一直是个彻底的理性主义者；他很清楚，人在最脆弱的时候最易接受宗教的影响。他在教堂里唱着赞美诗，试图忘掉一切。他唱得那么大声，还跑了调，牧师只好过来问他是否愿意领唱。他不能想象自己领唱会是怎样一种情形，因此便改成了默唱。
新兵到后没几天，便接受了一系列的心理测试，其中有一项是军事情报测试，被称为“AGCT”。阿西莫夫令驻地的每个人都大吃了一惊。他竟得了160分，这是驻地心理学家给过的最高分。一般人的AGCT成绩都在100分偏上点，阿西莫夫的160分使他立刻被同伴及上司奉为“天才”。几个月后，他才知道，那不同寻常的分数令上司意识到他在军中将一无所用，根本不用他。他在答卷方面可能是个天才，但却连左右脚都分不清。
数年后，阿西莫夫听到此事时很是愤愤不平，不是因为他不同意上司对他的看法，而是因为如果他早就知道他们是这么想的，那他在体能训练当中就不用那么紧张了。
继米德堡之后，阿西莫夫与其他一些新兵一起被送到了纽约南300公里的弗吉尼亚州利兵营，在那接受为期4个月的体能训练。在那儿，他遇到了一系列令他极为不快的事。有生以来第一次，他得与别人一块洗澡。阿西莫夫对自己的体型毫无信心，而且天生厌恶男性的身体。据他的朋友说，他后来与众多女人发生关系时，对自己的身体很是敏感。他的一位情人透露，与女人在一起时，阿西莫夫从未赤身裸体过，因为他自知体型不佳觉得很尴尬，如果对方是个年轻漂亮的女人，那他就更不自在了。因为憎恶自己及别的男人的身体，阿西莫夫觉得每天例行公事的集体淋浴极难适应。另外，他还得忍受与别人一起上厕所这样的耻辱，这比公共淋浴更令他痛恨。为了能独自享用厕所，他养成了凌晨3点起床的习惯，但即使起那么早，厕所里也总是有人。
他痛恨军队的体能训练，思念遥远的亲人，痛恨之深与思念之切几乎达到了同一程度。阿西莫夫向来不喜欢体育活动。因为吃不上杰特鲁德的美味饭菜，他的体重渐渐减了下来，但身上仍至少多出25磅的肥肉，还属于超重之列。对他来说，体能训练简直就是对他精神与肉体的摧残。像对待军旅生活的其他许多方面一样，他以一种不合作的态度对待训练。
阿西莫夫发现，尽管得参加训练、测试、操练与阅兵，但还是有许多时间可供自己支配。他在营地呆了很长一段时间后，才知道那个有藏书颇丰的图书馆。他给亨纳恩写信，给海军造船厂的一位朋友罗纳德·梅塞尔写信，给约翰·坎贝尔、斯普雷格·德·坎普及父母写信，并以每天一封的频率给杰特鲁德写信。当时，杰特鲁德已搬回纽约父母的家中。杰特鲁德偶尔才给丈夫去封信。阿西莫夫称，当时，她正忙着给父亲新开的公司——亨利纸箱公司帮忙。亨利·布鲁格曼是在战争结束时开的这家公司，当时陷入了困境。布鲁格曼先生病倒了，约翰·布鲁格曼正在服兵役，偏偏员工又忙中添乱，提出了不合理的加薪要求。担子全落到了杰特鲁德的肩上，她得维持着这个从一开始就摇摇欲坠的小企业。从阿西莫夫本人对当时情形的记载来看，杰特鲁德对丈夫的思念显然不像他对她那样深切。但这也是情有可原的，为了维持父亲的公司，她得一天忙到晚。显然，在与阿西莫夫共同生活的早期，杰特鲁德对生活的态度更为务实，更善于吃苦耐劳。她敢于面对现实，并总是努力把事情办好。
在利兵营里呆了几周后，1945年12月初，阿西莫夫首次获许回家度周末。他自然选择了纽约，搭便车先到华盛顿，而后踏上了开往纽约的列车。旅途花了将近一天的时间，直到后半夜，他才抵达纽约。杰特鲁德已从亨利公司抽空出来，夫妇俩在纽约的一个小旅馆里过了一夜。周日，阿西莫夫又不得不早早踏上了归途。他必须在天黑前返回驻地。
回到利兵营后不久，阿西莫夫在图书室里的一大发现扭转了他的军旅生涯。在那儿，他看到了一条关于允许从事研究的化学家退役的命令。在此后的几个月中，他想方设法企图使上司明白，他就是个从事研究的化学家，应该允许他返回哥伦比亚大学。不料，上司们对阿西莫夫企图退役的请求置若罔闻。在上司们眼中，他是个公认的胆小鬼，一个没有勇气面对自己职责的人。他们不能想象，这个智商高得可笑、傲慢无礼的家伙竟然不愿意呆在伟大的美国军队中，简直是军人的耻辱。数月过去了，阿西莫夫在闲余的时间里读遍了图书室里的书。尽管上司的意见明摆在那儿，他却奇怪地确信，自己的愿望最终一定能实现。因此，他改变了态度，决定充分利用自己的时间。他很快就发现图书馆里的打字机可供使用。每分钟90个单词的打字速度使他得到了驻地办公室的青睐。很快，他就被提升为驻地的打字员，并获得了重新开始写作的机会。
即将返家的信念激起了他的创作灵感，阿西莫夫写出了机器人短篇《证据》，后来被收人《我是机器人》专集中。
1946年初春，人伍后的第三个月，阿西莫夫差点干出一件对不起杰特鲁德的事。在一次为军人举办的舞会上，他结识了一位姑娘，并把她带回了住的地方，但事到临头，他又打了退堂鼓，找个借口逃回了军队驻地。他后来才知道，如果第二天搭头班车返回，他将因早点名迟到而被处以擅离职守的罪名，自己真是太走运了。
事后不久，他被调到了另一个驻地，早日还乡的希望被戏剧性地击得粉碎。起初，他并不知道要去哪儿，他胡乱猜想着，欧洲？远东？似乎哪儿都有可能。结果很快就宣布了，去夏威夷。没有比这更糟糕的地方了！
3月3日，他们起程，6日抵达加利福尼亚西海岸的斯通曼兵营。1946年3月6日，他们搭乘“海斯总统号”开赴夏威夷。这是阿西莫夫第一次离开美国本土。抛开他3岁时来美国的那次不算，这也是他初次乘船。他们最初驻扎在瓦胡岛。从后来来看，这是他军旅生涯中最愉快的一段时期。一天到晚，除了寻思为什么把他们派到夏威夷外，士兵们无事可干。阿西莫夫发现当地居民很友好，景色更是美得惊人。他在岛上四处游览，尽情享受。他最大的遗憾莫过于自己是被迫在此服役，而不是与杰特鲁德一起在此度假。
阿西莫夫很快弄清楚了他们来这儿的目的。因为受过专业的科学教育，他也算是“专家”了。他将与其他一些科学家一起被派往比基尼岛，参加一项代号为“跨越行动”的联合计划。该计划的目标是爆炸一枚原子弹并研究其效应。这是轰炸广岛与长崎后的首次原子弹试验。
5月13日，他收到杰特鲁德的一封信，说她这个月未能按期收到每月50美元的军属补贴，经查询，被告知她丈夫即将退役。阿西莫夫马上投入了对此事的调查。他不厌其烦地向一名又一名的军官询问此事，直至找到负责此项计划的指挥官。阿西莫夫给他看了妻子的信，并解释了情况。这名军官并不知晓阿西莫夫为离开军队所采取的种种举措，问他是否真的曾申请过退役。阿西莫夫说是的。军官略微想了一下，上下打量了阿西莫夫几眼，叹了口气说：“‘跨越行动’太重要了，我们不能让随时都有可能退役的人参加。”他从桌上拿起一张退役表格，马上开始填写。由于华盛顿方面的财务差错而使杰特鲁德的补贴被裁，从而使阿西莫夫轻易退伍，这是他绞尽脑汁都没能想到的，他简直不能相信自己的好运气。离军舰开赴比基尼岛仅有数天时，他接到了无条件退役的通知。同伴们尚未抵达试验基地，他就已登上了返回加利福尼亚的飞机。
这是阿西莫夫唯一的一次飞行经历。因为是上级命令，他无法违抗。6月5日，他回到纽约，结束了7个月的军旅生涯。据他的日记记载，他已有101天或2418个小时未见到杰特鲁德了。在纽约一下火车便见到她，是到那时为止他所经历过的最幸福时刻。
由于阿西莫夫随时都可以重返哥伦比亚大学继续他的研究工作，1946年秋，他又回到了那里。但在静下心来搞研究之前，他和杰特鲁德不得不花整个夏天的时间在纽约找了个合适的住处。当时，阿西莫夫对金钱尤为上心，虽然靠写作赚了一小笔钱，也有学校的助学金，但他们还是没有安全感，仍觉得不足。军队给了他一笔钱让他重新开始学业，但钱数是按服役期限定的，他只不过才服役半年多，当然得不到多少钱。
阿西莫夫一生之中都对钱患得患失，甚至在靠写作赚了数百万美元，生活得极为富裕后，他仍一如既往地为钱担心。他的这种忧患意识源于童年时代的艰辛及家人的价值观对他的影响。初到美国时是个穷光蛋，他害怕再过那种苦日子。这种根深蒂固的恐惧始终伴随着他——这是出身贫贱的许多成功人士共有的恐惧。如果他认为价钱还能讲下来，那么，多花一分钱都让他心疼不已。他几乎不允许自己或杰特鲁德稍稍挥霍一下，享受点小奢侈，让日子过得好些。在年轻而又贫困的岁月中，他对物质奢侈品没什么兴趣。
在退役后的6个月中，他与杰特鲁德搬了好几次家。1946年9月底，他返回了哥伦比亚继续从事研究工作。那时，他们住在布鲁克林的迪恩街，地方很小，仅比一间半的屋子稍大一些，房租为每月70美元，在阿西莫夫看来，贵得简直有点离谱。
初回学院时，他工作起来比较吃力。在他离开的日子里，课题研究有了大发展，为尽快赶上，他得看大量的新书与新资料。他喜欢这种挑战并很快赶了上去，再次展示了自己的学得快的天才。多森教授又成了他的导师，两人很快恢复了战前那种愉快而又富有创造性的合作。
此时重返哥伦比亚的阿西莫夫，已不再是11年前那个初入校园时害羞、孤僻的男孩了，那个既自大又内向，呆头呆脑，毫无灵气的少年已消失得无影无踪。重新于1946年9月迈入校门、又很快找回自信的阿西莫夫，已是个26岁的已婚博士研究生，去外地工作过，当过兵，还到过夏威夷。他的成熟使他与多森教授的关系更为融洽，与研究生班同学的关系也要比大学时代好得多。现在，他可以全身心地投入到了学业中，再也不用为了给店里帮忙而乘地铁匆忙往家赶了。
在多森教授指导下，阿西莫夫的博士研究进展顺利。有许多次他遇到了困难，但都在导师的指点下又走出了迷津。多森是个责任心强、乐于助人的教授。他一边从事自己的研究，一边尽心尽力地帮助学生。他发现阿西莫夫是个天才的理论型化学家，但动手能力差，于是尽力帮助他，督促他沿着正确的方向发展。在他的影响下，阿西莫夫克服了种种弱点。
按照博士生课程安排，阿西莫夫还得主持研讨会，偶尔也开办些讲座。多森与其他几位教授参加了他的首次讲座。阿西莫夫虽然紧张但仍表现得很出色。多森当时便意识到，艾萨克有种罕见而又可贵的天才，能将事物解释得清清楚楚，并使听众获得启迪。正是这些早期的讲座，使阿西莫夫真正产生了写小说的同时，尝试非小说类作品创作的念头。
尽管搬家与重新适应学院生活令阿西莫夫忙得不亦乐乎，他并未忘记写他的科幻小说。在写博士论文的同时，他首次开始认真地创作一部长篇小说，这就是后来的《空中卵石》。
1948年5月，阿西莫夫获得了博士学位。他为今后能被称为艾萨克·阿西莫夫博士而欣喜不已，便约了多森教授及哥伦比亚的一群朋友前往酒吧。为了庆贺，他要了杯“曼哈顿”，感觉不错，又要了第二杯、第三杯、第四杯，当喝到第五杯时，酒劲发作，很快便烂醉如泥。
多森教授与其他人费了很大的劲，才把阿西莫夫送回家。虽然，阿西莫夫本人对那天晚上发生的事一点都记不起来，杰特鲁德却清楚地记得。安顿好阿西莫夫后，她在厨房里还听到他在醉梦中的傻笑声，不时地还含混不清地喊道：“阿西莫夫博士！阿西莫夫博士！”
得意之情与酒后的头痛一块逝去后，阿西莫夫回到了严峻的现实中。现在，他不得不离开学院谋职了。多森再次帮了他的忙。经他介绍，阿西莫夫得到了给哥伦比亚学院的爱德菲尔德教授当博士后研究助理的职位。尽管薪金微薄，但阿西莫夫还是接受了，并于1948年夏末开始了工作。但这个工作并没能持续多久。第二年1月，爱德菲尔德教授得知他的下一年研究基金将被取消时，便通知阿西莫夫，1948—1949学年结束后，将聘不起他了。
然而，阿西莫夫运气不错。在1949年6月之前他必须再找一份工作，而在1949年初，一位意想不到的人物就为他提供了一个工作机会。波士顿医学院的威廉·波依德教授已与阿西莫夫书信往来数年，两人经常探讨阿西莫夫的科幻小说。这时，他写信来问阿西莫夫是否愿意到他的系里任助教。阿西莫夫一时拿不定主意。一方面，他在哥伦比亚的助学金即将枯竭，另一方面，他刚在纽约重新安定下来，不希望离开朋友们。是等待其他的机会还是抓住这个送上门来的晋职机遇呢？在与杰特鲁德、家人及多森教授多方商量后，他接受了他们的劝说，决定去面试。
1949年2月9日，阿西莫夫踏上了开往波士顿的列车。他想象着在那座陌生城市中的新生活。如果他喜欢那份工作，他将籍此与杰特鲁德在那定居，开创自己的学术生涯。
面试非常顺利。第二天，在返回纽约的途中，他就已经在计划未来了。杰特鲁德赞成迁居。尽管对即将离开长期生活的城市感到有些茫然，但他知道，既然他在波士顿找到了工作，他就应该在那里安家立业。
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