目前的政策争议缺乏任何关于大学应该如何运作的政策性框架。教育省认为使大学“独立”可以对应美国的私立制度，但是又可以保持对教育系统的严格的监管控制。
日本向大学研究项目提供的基金应有实质性增长。1996年，日本将国内生产总值的0.7%投入到大学研究和教育中，这远低于美国1.1%和德国1.5%的投入。研究基金应该由独立的、有声望的人来分配，就像美国的国家科学基金和国家健康机构的做法。一些令人鼓舞的迹象正逐渐显现。尽管社会科学领域内的国立大学教授仍然不可以在私人公司的董事会工作，但是，自然科学领域内的国立大学教授可以使用在大学或国家研究中心开发的技术创办风险投资公司。1999年4月，国立大学奈良科学技术机构的一个教授在横滨设立了一家生物技术风险投资公司，并担任了该公司的董事长。东京大学工业科学机构的研究人员建立了一个为太阳能电池生产硅片的风险投资公司，大阪大学的教授已经同一所私立大学组成团队建立风险投资公司以设计系统晶片。
教育省已经允许先行者在日本开办职业化研究学院。第一家开办的是一桥大学的国际企业战略研究院，这是一个提供MBA和金融工程师项目的商学院。一桥的全日制MBA项目全部以英文授课，并且从世界各地招生。教育省希望商学院、法学院和其他针对有几年实际工作经验的学生的职业化学院的建立会在大学和企业之间培育起到更加积极的交互作用。
使古老、低效的国内部门现代化
具有讽刺性的是，日本教导世界如何实现经营效率化，但是其在本国经济的大部分方面却没有努力实现高效率。日本的很多失败可以归结为市场支离破碎、低效率以及某些国内部门中长期遗留下来的问题，比如零售、批发、后勤、金融服务、健康医疗、能源、公路运输、电信、建筑、房地产以及农业等部门的问题。经过精心设计，几年来，日本的政府政策造就了两个日本，一个由有很高生产力的出口工业组成，另一个则主要包括“国内”部门。国内部门的低效性是由大量的提升成本、限制竞争、反对合并的规章政策造成的。
以零售部门为例，由于种种对竞争的限制，该部门显得非常支离破碎。尽管过去几年中，大规模零售商店法案的要求在逐渐放松，但仍然十分繁琐。开办一家超过1 000平方米（10 760平方英尺）的商店需要经过县级政府的实际批准，以保证对当地店主的影响最小化。大型零售商平均需签署150份文件，才能获得销售诸如肉、豆腐、电器、干洗服务等日用项目的许可。
日本的建筑业是另一个市场高度支离破碎、低效、缺乏竞争性国内产业的例子，该产业以其招标操纵、产业和政府官员之间的行贿受贿、排斥国外竞争的强力保护而著称。由于公共工程支出是该产业收入的重要组成部分，建筑部的政客和官僚们通过签发公共工程协议而行使巨大的权力。通常，公共工程项目开始招标时，建筑部就已预先确定少数几家公司参与投标。特定投标者聚在一起商量该谁“赢得”这份竞争性投标，然后分别设定自己的标底以确保足够的利润空间，这已成为约定俗成的惯例，也称为谈合。
两个日本产生背后的基本原理以及对竞争缺乏的容忍性看上去很合理：低效率的日本提供稳定、就业、自给自足以及小家庭商业的隐性退休机制，而高效率的日本将带动经济的其他方面。举例来说，1999年建筑业雇用了680万人（大约是全部劳动力10%）并为缺乏其他工业的农村提供就业机会。低效率日本的成本则通过所有物品的高价格而由日本消费者承担。实际上，正如第一章的数据所表明的那样，这对日本国民的生活成本和生活质量的影响极其深远。
然而，政策制定者还是没有能够预见到这种方法的两个毁灭性后果。首先，国内产业会影响出口产业。低效率的日本不仅使得生活成本提高，而且还使得经营成本上升，因此，削弱了日本出口产业的竞争力。以建筑成本为例，据估计，日本的建筑成本起码比美国高出1/3。
低生产力的国内部门带来的第二个恶果更加难以察觉，但是从长期来看，这一后果可能更加重要。此恶果即：低效率的日本妨碍了具有国际竞争力的新兴产业的形成。日本国内部门的生产力极为低下，结构与世界上其他国家不同，因此，通过它们进行销售（例如袋装消费品和食品的制造商）或向它们销售商品的日本企业必须调整其经营惯例以满足市场需求，而这些调整后的惯例在国际市场上是行不通的。由于日本的环境如此特殊，这些企业实际上不可能具有国际竞争力。这样的后果使得日本几乎完全没有新兴的出口产业。