举例
甲、乙、丙三人欲设立一家有限责任公司，从事奶制品的生产经营。三人经协商于2004年10月10日订立了一份出资协议。协议中规定，甲以货币出资，出资额35万元；乙用一套100平米的房屋出资，其评估价值为10万元，丙用其所掌握的客户及销售渠道等商业秘密作价15万元出资。三人共同制定了公司章程，公司取名为“乐牛”乳品有限责任公司，并于11月取得营业执照。而在“乐牛”成立过程中，甲虽然在工商行政管理机关登记的出资额为35万元，但实际出资只有27万元。乙用以出资的房屋确为自有房屋，但在出资前已抵押出去，并办理了抵押登记手续。
在这个案例中，“乐牛”公司在设立过程中的出资存在很多的问题，首先，甲的出资存在瑕疵，因为我国公司法规定，股东应当足额缴纳公司章程中规定的各自所认缴的出资额，股东不按章程规定缴纳所认缴的出资，应当向已足额缴纳出资的股东承担违约责任。其次乙的出资亦存在瑕疵，因为《公司法》规定，以实物出资的，应当依法办理其财产权的转移手续。而已办理抵押物登记的财产，其财产权的转移受到限制。另外，我国公司法所规定的出资方式有：货币、实物、工业产权、非专利技术及土地使用权等，不包括非技术类的商业秘密，因此，以客户及销售渠道等商业秘密出资没有法律依据，并且，丙用以出资的商业秘密的作价金额超过了公司注册资本的20%。根据我国现有法律的规定，“乐牛”公司是不能成立的。
特别提醒
法律规定以出资的商业秘密的作价出资，不得超过公司注册资本的20%。
（2）有限责任公司的设立程序
同股份有限公司相比，有限责任公司的设立程序要简单，股东订立公司章程并根据公司章程履行出资义务、确立公司机构、依法办理注册登记手续后，有限责任公司即可成立。
有限责任公司的设立一般按照以下程序进行：
A、协商发起
筹建各方协商发起有限责任公司采用的是发起设立方式。有意合作设立有限责任公司的各发起人首先必须对公司设立的可行性进行仔细的分析研究，并对设立过程中的事宜进行探讨和协商，分工协作，签订发起协议以明确各方的权责。企业管理者需要注意的是，发起协议在有限责任公司的成立过程中对于约束各发起人有着非常重要的作用。在发起协议中要注意约定公司设立过程中发起人各方的职责分工，基于发起人协议可以追纠违约方的责任从而达到保护守约方权益的目的。
举例
某投资公司与某乳品公司共同发起设立某食品有限责任公司，双方订立了发起人协议，在协议中详细约定了出资、机构设置等事宜，同时约定公司的注册登记由乳品公司负责。同年，投资公司将150万元款项打入乳品公司账户。此后双方制定了公司章程，设置了董事会机构并召开了会议。而乳品公司一直未办理公司的注册登记，公司的业务一直无法开展。在双方约定的注册时间超过两年后，投资公司要求乳品公司返还其出资。而乳品公司则认为其虽未按约定办理注册登记手续，但公司已合法成立，因此投资公司要求抽回投资的行为违反法律的规定。
在这个案例中，由于食品有限责任公司未按法律规定进行注册登记，因而公司尚未成立，但双方之间的协议合法有效，因此，问题的焦点在于违反协议的责任承担问题，由于乳品公司违反约定没有履行其责任，因此，应当返还投资公司的投资款及其利息。
B、订立公司章程
发起人共同制定公司章程并报登记主管上级机关批准是公司设立的关键程序之一。公司章程的内容应依照《公司法》的规定并结合本公司的具体情况来加以制定。
C、验资
有限责任公司发起人所认缴的资本必须按期足额缴纳，不得分期出资，否则须承担违约责任。股东以货币出资的，应当将货币出资存入工商部门在银行指定的临时账户。公司投资人所认缴的资本全部缴足以后，须经银行或会计师事务所检验并出具验资证明。验资的目的是为了保证企业设立时注册资本的真实性与合法性。
D、设立登记
在完成了验资程序以后，就进入了公司的设立登记程序。在此阶段分为两个步骤：
a公司名称预先核准。有限责任公司的股东代表或代理人将拟设立的公司名称向公司登记机关提出申请，登记机关经审核后，发给《企业名称预先核准通知书》。只有经过公司名称的预先核准后，才能进行公司的报批或正式的设立登记申请。
b申请设立登记。我国主管公司登记的机关是各级工商行政管理局。申请设立有限责任公司需向登记机关提交10项文件，这些文件包括：公司董事长签署的设立登记申请书；全体股东指定代表或者共同委托代理人的证明；公司章程；具有法定资格的验资机构出具的验资证明；股东的法人资格证明或者自然人身份证明；载明公司董事、监事、经理的姓名、住所的文件以及有关委派、选举或者聘用的证明；公司法定代表人任职文件和身份证明；企业名称预先核准通知书；公司住所证明；法律、行政法规规定设立有限责任公司必须报经审批的，应提交有关的批准文件。此外，在公司设立的同时需要设立分公司的，所设分公司也要向登记机关申请登记。