公元398年，拓跋珪即皇帝位，定都平城，成了北魏王朝的第一个皇帝。在深入中原地区的过程中，他渐渐发现了汉族统治方式的优点。他开始任用汉族读书人帮他治理国家，在北魏军队中担任职务的汉人也越来越多。他广泛招贤纳士，只要是前来投奔的人，都会尽量给他们机会，努力做到人尽其才。 　　在国家制度和各项礼仪方面，拓跋珪也处处模仿中原汉族。他在平城建起宫殿和宗庙，规定了统一的度量衡，制定官职品级和典礼上的仪式音乐，申明了法律和各项禁令，规划了行政区域和军事制度，让国家尽量变得井井有条。 　　在多年的战争中，原本强大的贺兰、独孤等部落逐渐被削弱，拓跋珪采取了许多措施，或者把他们的部众从原来的土地上迁走，或是命令部落首领与他们统领的氏族成员脱离关系，想方设法让他们不能再对拓跋氏的统治构成威胁。但贺氏看到贺兰部落分崩离析却很伤心，再加上她的另一个儿子秦王拓跋觚被后燕扣留，拓跋珪却坐视不救，各种原因叠加在一起，曾经一手把儿子扶上王位的贺氏终于在拓跋珪称帝的前夕忧愤而死了。但离散部众的行动还只是刚刚开始，拓跋珪还要继续用国家政体取代原有的血缘部落，鲜卑族就这样从松散的游牧部落一步一步走向了组织严密的北魏王朝。 　　如今的鲜卑人已经与当初生活在东北的鲜卑游牧民族完全不同了。他们拥有了中原地区的大片土地，也接受了汉人的农耕生活方式。根据各地域的具体情况，拓跋珪制定了非常详细的租税赋役制度，把过去的氏族成员转变成稳定的农业人口。北魏的经济因此得到了发展，国家财政从中受益匪浅。 　　在文化上，拓跋珪也在逐渐向中原靠拢。他曾经问博士李先有什么东西能让人变得更聪明，李先回答说是书。拓跋珪很高兴，很想知道天下总共有多少书，怎样才能把它们全收集过来。李先回答说天下的书无穷无尽，只要皇帝重视起来，努力收集，就一定有效果。拓跋珪就命令各郡县广收书籍，全都送到平城去。 　　但在很多贵族和大臣看来，皇帝在改变传统的路上越走越远了，他们很担心下一步就要损害到自己的利益，就总不太愿意配合拓跋珪的决定。拓跋珪也感到自己的权威总在受到挑战，他很想知道怎样才能像中原皇帝那样建立起至高无上的皇权，恰好博士公孙表上书论述韩非的法家精神，建议他用法制治国，这正符合了拓跋珪的心思。他找了一个实验的机会，把表现粗鲁的左将军李粟以不敬之名处死，让贵族和官员们都心惊胆战。又有人举报说司空庾岳穿着华丽，行为铺张，举止气度都与天子相似，拓跋珪很快就把庾岳抓来杀掉。 　　虽然需要用汉人治理国家，但文化和血缘上的不同总让拓跋珪觉得和汉人心存隔膜。在与汉族官员相处的过程中，由于背景的差异和猜忌心理，他们之间渐渐积累下了许多矛盾。公元399年七月，拓跋珪和一些汉族官员之间的矛盾激化，他杀掉了汉族官员崔逞，废黜了张袞等一些人。但这种意气用事给拓跋珪的事业造成了很大的负面影响，他曾经听说很有名望的西晋宗室司马休之打算投奔北魏，当即大喜过望，但此后却总也等不到消息，到处打听，得到的答案却是司马休之听说崔逞被杀，不敢来归附他了。拓跋珪后悔不迭，从此以后亡羊补牢，对汉族士人格外宽容。