康熙十八年(1679年)十一月，赵良栋、王进宝会师宁羌州(陕西宁强)，疏请两路进兵，康熙帝当即批准，并授赵良栋为勇略将军，负责西线军事指挥。赵良栋跃马横刀，浮水渡江，大破叛军，收降无数。康熙十九年正月，顺利收复成都，康熙帝擢升他为云贵总督，加兵部尚书衔。 　　另一路，王进宝则于正月十三日攻克保宁府(今四川阆中)，迫使吴三桂手下悍将王屏藩自杀，吴之茂被擒。十八日，又收复顺庆府(今南充市)。绿营兵只用三个月就收复了四川大部分地区。 　　清军进兵的中路指向湖南，由贝子彰泰代替岳乐为定远平寇大将军。 　　清军进兵的南路指向广西，由简亲王喇布负责，不久康熙帝特授湖广总督蔡毓荣为绥远大将军，节制汉兵先行，又授傅赖塔为征南大将军。康熙二十年(1681年)正月，傅赖塔平定两广进入贵州，大败数万吴军。康熙帝说： “平定湖南，傅赖塔之功最大。” 　　此时，中路彰泰也向云南逼近，西路赵良栋欲由四川入滇。 　　南路蔡毓荣一路猛进，势如破竹，把吴军逐出贵州。收复贵州后，蔡毓荣首先打开了进滇门户。蔡毓荣与傅赖塔、彰泰合兵一处进攻昆明。吴世藩派悍将郭壮图率叛军抵抗，并把诸将亲属都拉来据城死守，十数万清军围城九个月不能攻下。 　　康熙帝命赵良栋将四川叛军就地歼灭，勿令归援云南。赵良栋追剿叛军，乘胜渡过金沙江进入云南，将叛军一一剿灭。九月，赵良栋抵昆明。赵良栋观察形势之后，建议切断叛军水路，使其粮运受阻，然后速战速决。满兵粮足，绿营兵无粮，故不宜久围。又建议，降者宜分别收养，不宜尽发满洲为奴，满将军们不以为然，以满语驳诘漫骂，赵良栋听不懂，也不予计较，好在他已经直接向皇上奏报请示方略。康熙帝闻奏，下谕： 悉照赵良栋之策，迅速攻城。整个战争多亏了康熙帝遥控指挥得当，慎重详密，大大加速了战争进程。 　　赵良栋见城墙上敌人大炮密布，为避免过大伤亡，决定夜战。十月二十二日夜，赵良栋亲到前线持大刀督战。几日来，清军在湖中横放木筏，断绝船只往来，城中断粮，赵良栋破南坝，夺玉皇阁，进逼新桥。叛军据桥死守，郭壮图亲自上阵搏杀，双方激战，三进三出。赵良栋奋勇夺桥而进，城破，天色尚未明。吴世藩、郭壮图皆自杀，其他叛将投降。 　　蔡毓荣、吴丹等数月之久都不能攻取昆明，赵良栋三天就成功了。城破之后，蔡毓荣抢夺女子玉帛，并以侵吞的财物向贝子、将军、大臣们广泛行贿，以巧夺他人战功。赵良栋则约束部下秋毫无犯。赵良栋性情憨直，在四川时得罪了将军吴丹，吴丹是明珠的侄子。赵良栋还多次参劾满族将军纵兵掠民，满族将军反诬他纵兵掠民，故有功不赏，几乎被杀。康熙帝爱惜他是个将才，命他退休回家休养。后来，康熙帝亲征噶尔丹，路过他的家乡，特意去访他，征询讨敌方略，这是后话。 　　康熙帝的高明之处，在于他尽量以宽容的态度待人，任何事业成功的关键，都在于用人得当。吴三桂从一开始作乱，就很善于拉拢盟友，一些汉族官吏纷纷投入反抗清廷的斗争。某些贵族对此的反应是，愈加猜忌和打击汉族官吏，其结果是大大地帮吴三桂的忙。如果不是康熙帝及时纠正这一错误，采取了重用汉军绿营兵的办法，吴三桂也许真的会打进北京。可惜，吴三桂的对手比他更高明，既斗勇更斗智，吴三桂最终没能稳住军心，又丢失了盟友，这些人又被康熙帝分化拉拢过去了。由于康熙帝宽宏仁厚，信任汉将，终于转危为安，平定了吴三桂之乱。