清初，在中央衙署内，满汉关系十分紧张。汉官极受压抑，六部尚书，概为满员。顺治五年(1648年)，始设六部汉尚书，但无实权，不过“相随画诺”而已。顺治皇帝亲政后，各衙门奏事，但有满臣，不见汉臣。顺治帝虽有过尊儒的举动，但只不过是表面形式，本质上仍然是要把“本朝家法”原封不动地搬进来。大学士陈名夏提出“留发复衣冠，天下即太平”的进步主张竟被杀头，这很可以说明满洲统治者对汉人的态度。早在后金时期，努尔哈赤就曾把其控制区内的汉族缙绅（士人）尽行捕杀，仅有少数人逃匿。这种仇视汉儒的政策，在皇太极时代略有改变，但清廷视汉官仍不过是高等奴隶，汉臣见了满臣必须下跪。甚至汉官也要学满语，学不会而遭打骂的事司空见惯。廷议时，满臣可坐，汉臣须跪，地位明显不同。康熙初年，四大臣辅政，汉族儒臣再次受到严重的政治打击。为了压抑汉人，削弱文臣在朝廷的地位，他们改变了顺治帝仿明朝政治和汉化的治国方针，将内阁和翰林院撤销，恢复皇太极时期的内三院（内国史院、内秘书院、内弘文院）等旧制，并降低了汉官品级；裁减汉人言官；减少了进士的录取额；官缺，汉族仅占四分之一，且并非重官要职。如此压抑汉臣，其目的无非是驯养汉臣的奴性心理，并防止满族政权的汉儒化。
顺治时期，大学士为正五品，低于六部尚书（正二品），但大学士多以尚书入阁，所以实际上仍享受正二品。大学士品级低，是防止大学士权力过大的意思。内阁没有明朝时期总制均衡的地位。康熙帝剪除鳌拜集团，御理政事之后，于翌年（九年）八月，承顺治十五年之制，“命改内三院为内阁，设立翰林院”。大学士兼殿阁衔，并兼尚书，学士兼侍郎。至此，清代内阁之制才稳定下来。
康熙帝修改尊满抑汉的政策，所倚重的两位满洲贵族，一位是协助他逮治鳌拜的索额图，还有一位是明珠。两人都是满洲正黄旗人，都与爱新觉罗氏结亲，二人共同辅佐康熙帝，成为康熙帝的两翼。而二人之间又存在着尖锐矛盾，从某种意义上说，则是满汉矛盾。康熙帝意识到，满洲的“祖宗家法”于满洲贵族王公大臣们有利，却限制了皇帝的权力，所以他赞成学习汉人的制度。汉臣们因为受到满臣的压抑，当然也反对满洲家法。索额图是满洲贵族的代表，而明珠却是主张汉化。康熙帝为了维护皇帝的绝对权威，自然是倾向于汉化的。
明珠（1635~1708），字端范，姓纳喇氏(又译纳兰)，满洲正黄旗人，出身于“海西四部”，极受康熙帝倚重。康熙三年(1664年)，任内务府总管，五年授弘文院学士，六年任纂修清世祖实录副总裁，七年奉命视察长江、黄河、淮河水利工程，对治河有正确的建议，后历任刑部尚书、都察院左都御史、兵部尚书、吏部尚书、武英殿大学士。
康熙帝御政之时年仅16岁，明珠则长康熙帝19岁。明珠审时度势，看到满汉矛盾的激化将不利于清朝的统治。为此，他辅佐康熙帝力除陈习，洗刷积弊，基本抛弃了压抑汉官的政策，实现了清初治国方略的转变，开拓一朝新政，为清朝中期的盛世奠下了政治基础。这个根本的政策转变的本质就是尊满用汉、崇儒重教。
中国历史上，皇帝与地方诸侯的矛盾深刻时，往往导致国家动乱，吴三桂之乱更有民族矛盾的成分在内。叛乱之所以能够得到许多地方汉族军政官员的响应，与清朝初期的民族歧视政策有很大关系，而朝廷平定吴三桂之乱的成功，首先应归功于康熙帝在用人制度上抛弃了民族歧视政策，转为重用汉将。吴三桂之乱，明珠与王熙同掌兵部，起用“河西三（汉）将”赵良栋、张勇、王进宝等，提高绿营兵的地位。康熙帝同意绿营官兵自成一军，独立作战。正是由于汉人官兵地位提高，战争形势才开始好转。
明珠协佐康熙帝开经筵日讲，开博学鸿儒科，修纂《明史》，设南书房，起居注官增加汉员，内阁学士增设汉官等。总之，尽力争取汉族士大夫与清廷合作，调整统治阶层内部的满汉关系，限制满洲贵族的特权，提高汉官地位，以加强政治稳定。此后，除了少数士大夫仍拒绝与异族统治者合作外，大部分士人都承认了清政府的合法性，汉人入仕人数明显增加。
明珠亲自任经筵日讲官，他精通满汉两种文字，又具有较深的经学素养，值讲论经时，口若悬河，辩才无碍，这在满洲贵族之中是极少见的。明珠的相府一时成为汉族儒士诗酒文会之所。他的长子纳兰性德，作为康熙帝身边一等侍卫，颇受青睐。纳兰性德才华横溢，是当时的著名词人。他广交文坛名流，与汉族士大夫朱彝尊、姜宸英、顾贞观、严绳孙、陈维崧等结下了深厚的友谊。他所作的《纳兰词》在清代词坛独树一帜。明珠次子纳兰揆叙，少年时即受业于江南名士吴兆骞，读四书五经，成为著名的儒家学者，后官至翰林院掌院学士，充经筵讲官，每于退朝之暇，仍手不释卷。三子纳兰揆方，于书无所不读，乃至于废寝忘食。吴兆骞流放宁古塔二十年，经纳兰性德、明珠援救入京，纳兰父子因此深受士人赞誉。
康熙帝东巡之后，纳兰性德受命考察雅克萨，染病回京，将边界形势奏明皇上，康熙帝决意用兵。当雅克萨战役捷报传来时，纳兰性德已死六日。士人无不痛惜，赠哀辞者却都是汉人，满族竟无一人。显然满人对明珠父子热爱汉儒文化很不以为然。
年轻的康熙帝在辅政大臣和议政王大臣的制约下，感觉颇不自在，而汉儒文化是主张皇帝乾纲独断、大权一揽的。这当然是康熙帝的理解，也是他欢喜接受的原因。需要强调的是，君权至高无上这一点，正是康熙帝选择汉儒文化最关键的考量因素，然而绝非原始儒学的本义。历史发展的进路就是如此的非理性，幸运的是清朝政治能由此而转为比较清明，不幸的是原始儒家的虚君观念与满洲家法的分权制都失落了。对于非理性因素在社会发展中的作用和意义，人们往往不能理解，似乎如果承认非理性因素的作用，就等于削弱了某些人此时正在“理性地”创造历史的作用和意义。
满洲大臣多为军事贵族，无不以立军功为荣，耻于读书。明珠辅助康熙帝裁汰大批满洲旧军事贵族，启用一批满洲新文职官员，又鼓励满人学习儒家经典，参加科举考试。满人渐渐以较为平和的态度对待汉大臣。满官普遍通晓汉语，满人学习儒学也渐渐成为风气。如饶余亲王阿巴泰的曾孙文昭辞爵位而读书，不久便成绩斐然，才名卓著。正白旗人阿什坦将《大学》、《中庸》诸书译成满文，其儒学基础十分深厚，被康熙帝称为“我朝大儒”。满族对儒学这一汉族文化精髓已普遍产生认同，儒臣的地位逐渐提高。可惜，吴三桂之乱时期，朝廷出于武备的考虑，为防止八旗子弟日益懦弱，又下令停止八旗子弟的科举考试。
国家的政治走上正轨，这一切都与明珠的作用分不开。明珠广泛结交汉官文士，特别是江南儒臣，如徐乾学、徐元文、高士奇、王鸿绪等博学硕儒。他与高士奇的关系颇有戏剧性，值得一叙。
高士奇，字澹人，浙江钱塘人，家贫无资，肩扛破被旧褥徒步入京乡试。落第后在明珠看门人的家里教馆为生，卖文自给，并书写春联、扇面遍赠权贵悍仆，以求仕进。一日，明珠要写文字，找不到人代笔，正在犯愁，看门人推荐高士奇，明珠试他文笔，高士奇一挥而就，明珠大喜，荐用于内廷，授詹事府录事，得到康熙帝的赞赏。于是选入翰林院，入值南书房，参与书写密谕及编辑讲章、诗文等事。
高士奇才智敏捷，很得康熙帝赏识，当时南书房专用汉官，为他们提供了对朝政发表意见、单独进言的理想场所。现在连明珠都得反过来向高士奇讨消息了。高士奇每次回家，门外街巷九卿轿子塞满，明珠亦在。高士奇直入家门，好像不知道门外有客。等高士奇吃罢饭，先呼明珠入，谈话后，再呼其他人入见。
康熙帝曾说，朕所以厚待高士奇等人，是因为他们对朕治国治学有极大贡献。朕初读书，内监授以《四书》本经，作时文，因为得到高士奇的帮助才开始知晓学习门径的。初见高士奇得古人诗文，一看就知道其时代，心中奇怪，现在朕也能如此了。高士奇虽无战功，但是他裨辅朕读书治学问功劳也很大。
康熙帝南巡时，高士奇陪伴而行。君臣游览金山寺，登高远望，极目千里，寺僧求皇上赐匾额。康熙帝欣然同意，正考虑未定，高士奇送上一纸，上书“江天一览”四字。康熙帝很满意，于是挥笔写就，赐与寺僧。游苏州，康熙帝见狮子林景致奇妙，连连说“真有趣”。赐匾额时，康熙帝提笔沉思，高士奇说： “皇上说‘真有趣’，何不就书‘真趣’二字？”康熙帝一听，正合心意，遂赐书“真趣”。游杭州灵隐寺，寺僧求赐额。康熙帝写“靈”字时，把雨字头写大了，下半截不好安排，正在犯难，高士奇佯装磨墨，写“云林”二字，康熙帝领悟其意，遂题“云林寺”三字，从此灵隐寺又称为云林寺。康熙帝游罢西湖，又特别亲临高士奇的家乡西溪山庄，并赐额“竹窗”，以示嘉奖。
康熙帝出游仍不忘读书，晚上由高士奇伴读，君臣二人夜坐舟中，讨论古今兴废之迹，读《尚书》、《左传》，谈《周易》，赋诗，兴致很浓，常常谈至下半夜。康熙帝曾说： “帝王勤求治理，必稽古典学，以资启沃之功”，“学问之道，必无间断，方有裨益，以后寒暑不必辍讲”，“《大学》格物二字，包括无余”，“经书屡经讲读，朕心业已熟晓。《通鉴》一书，事关前代得失，甚有裨于治道”，“朕听政之暇，即于宫中批阅典籍，殊觉义理无穷，乐此不疲”。
康熙帝勤奋读书，但不盲目信书。凭常识，他会对书本提出质疑。如他曾说： “即如史书所载，项羽坑秦卒二十万。夫二十万卒岂有束手待毙之理乎？”又如，古人一向认为塞外蒙古迁徙无常，逐水草而居，似乎无一定居处，可以任意栖止。康熙帝指出： “不知塞外地虽空旷，亦有水草不能相兼者。若有草无水，虽欲驻牧于此，其势断有所不能。是知毡庐毳幕，常有不定之居，而其实则不越乎平日所居之故址也。塞外情形不可臆度，必亲履其境然后能知之。”
平时，康熙帝常与南书房儒臣一起吟诗作画，钓鱼赏花，剖析经义，讨论时政，无异同堂师友，私恩甚重，经常赐给他们笔墨砚台，字画诗集，乃至撤自御膳的食品，以示眷顾。康熙帝优渥词臣，是出于治国的需要。他说： “夫天道人道必待人而后兴。”古人所说的“天子”不仅仅是就权力的来源而言，这是现代人的理解，其实本义是皇帝须代表天意，就是要做好人的意思。不仅是做皇帝，做人也要符合天意。所谓“得最上一层道理”，也就是得最根本的道理。万物生长皆是天意，人的生长离不开社会组织，好的社会组织有利于人的生长，有了好人才有好的社会组织。这就是天人之道，并非迷信。
南书房作为皇帝的宫廷御用顾问处，是一个非正式的权力机构。在康熙朝所起的作用却往往超过内阁和议政王会议。军国大事不再单纯由军事贵族——王爷、贝勒们决策，往往由儒臣在与皇上的讲学中以讨论的方式，更为理性地策划。国家兴盛不以迅猛喧嚣为能事，而是由尊儒崇教以稳健的姿态渐入盛世。
到了雍正时期，军机处成立，南书房就不再参与政治，而成为皇帝单纯读书撰文、吟诗作画、消闲遣兴的场所了。这正是封建时代，非程序化政治的典型表现。南书房与军机处的差别是很明显的，于治国的方式和作用而言，前者还是比较人性化和理性化的，后者则完全工具化和官僚化了。
康熙帝主张“满汉一家”，以前满汉大臣官员职位相同而品级有异，满高汉低，现在均予划一，权力分配日益平等。过去儒臣尽被排斥在决策圈之外，如今不少儒臣已成为朝中举足轻重的人物。而这些人大都依附于明珠，为明珠成为康熙朝的权臣奠定了基础。
南书房另一位重要的讲官是张英（1637~1708），字敦厚，安徽桐城人，康熙六年进士，选庶吉士。清初成例，以进士膺选为庶吉士，称为“馆选”，入馆肄业三年后，再经过考试，按等第分别授职，称为“散馆”，成绩优良者，留在翰林院，谓之“留馆”，授为编修。康熙十二年七月，张英以翰林院编修充日讲起居注官，入值南书房，成为皇帝的亲密顾问。每天清晨雄鸡未鸣之时，他便来到宫门外等候进宫，然后与奏事诸臣一同入宫，等到退朝之后，由内侍传入，为皇上讲经、咨询，从早7点到晚8点都在南书房值班。有时回到家里，又有内侍宣召，他放下饭碗随即入宫。每次皇帝出巡，张英必然侍从，极受信任。入值三年后，被升为翰林院学士兼礼部侍郎，后升为掌院学士、礼部尚书、文华殿大学士，“总督南书房”。在朝中任职四十年，退休后，康熙帝南巡，仍一再接见。其子孙四世为讲官，皆入翰林院，三世入值南书房。其子张廷玉历事康雍乾三朝，官至大学士，吏部尚书，军机大臣，总理事务，进封三等伯，死后配享太庙，乃三朝元老，一代名臣。桐城张氏世代为官，显赫不衰。
文渊阁大学士李光地，在教授康熙帝理学方面，其重要作用不下于熊赐履。
李光地（1642~1718），福建安溪人。治程朱理学，精通《周易》，多年为康熙帝讲授易学。康熙帝对明朝永乐帝御修的《周易大全》不满意，为了体现大清朝的盛世气象，康熙帝特御纂《周易折中》一书，以统一思想。《周易折中》实则为李光地总裁其事，而由数十位儒士编纂而成。李光地又奉命续修《朱子全书》、《性理精义》等书，自著有《榕村全集》、《榕村语录》与《续集》等。
吴三桂之乱时，李光地正在福建安溪老家省亲，他拒降耿藩，遁迹于深山密林中。他的同乡同科好友陈梦雷因家居省城福州，家有老父，被逼接受伪官。而二人同心合谋，由陈梦雷探耿藩虚实及用兵设防情势，密画平闽机宜，裹蜡中作如药丸，再由李光地派人带蜡丸潜出福建，至京入奏。康熙帝亲自剥蜡出疏，得到了详细的情报，十分高兴，特命军中保护李光地全家。清军根据他们的情报大破耿精忠和台湾郑经的联军，恢复全闽。李光地从此受到康熙帝重视，而陈梦雷仅以免死远戍辽东。有人说，李光地卖友求荣，以蜡丸事为一己之功，而抹煞陈梦雷的功劳。这件事后人说不清，但无论如何，李光地也救了他一命。康熙帝不杀陈梦雷，又同时赦免了其他几个人，以免让人说是看李光地情面免其一死。
李光地也曾援救过其他人。当时的古文桐城派领袖方苞因戴名世《南山集》案入狱。有一次，康熙帝偶然问： “侍郎汪霖卒后，谁能作古文？”李光地趁机说： “惟戴名世案内方苞能。”康熙帝见方苞的古文确实作得很好，于是下谕将方苞释放，并召入南书房，成为帝师。清官陈鹏年与阿山之争，李光地保陈鹏年；清官张伯行与噶礼之争，李光地保张伯行；此外，尚有杨名时、赵申乔、何焯、惠士奇、梅文鼎等人都曾得到过他的帮助。李光地能救援清官，不仅须富于同情心，也需要胆量。因为皇帝最怕汉人结党，而鼓励汉人相互攻讦。如果是明哲保身之人，是不会冒险去救助别人的。李光地由此得到扶植善类的美名。他还有类似于黄宗羲的民主意识。他说：
（孟子）答汤武放伐的说话，语吻似觉诧异，然推到最上一层道理，本是如此。天生民而立之君，非要坐享富贵也，要其抚养天下耳；苟自绝于天，则人亦不戴之为君矣。
由孟子之论见得，天为民立君，原以治安百姓，非为君一家、欲其富贵长久、世世子孙享受也。故汤武革命，受命于天，绝无不是处。孟子直是从天立论，得最上一层道理。
治天下样样皆当讲求，第一是要有根本。汤曰： “朕躬有罪，无以万方，万方有罪，罪在朕躬。”武王曰： “作之君，作之师，有罪无罪，惟我在天下，何敢有越厥志。”一人横行于天下，武王耻之。有此，便要算他是圣人。
（《榕村语录》卷二十，《诸子》）
所谓“汤武放伐”是指“汤武革命”。夏桀残暴，成汤造反，桀逃奔南方，称为“放”，放逐之意。商纣无道，武王伐灭之。所谓“一人横行于天下”，就是君主专制。君主不仁，则汤武革命发生。古人认为“民为邦本”，今人多以为“民本”不如民主高明，其实二者并没有本质区别，民本是民主的基础，羡慕摩天大楼却蔑视大楼的基础，无论如何都不能自圆其说。在康熙帝身边的帝师中，李光地是最具有民主思想的一位，他在精神价值上有大贡献。他出卖朋友的事情既考据梳理不清，也很无聊，可以不论。
徐世昌《清儒学案》云： “安溪（李光地）学问渊博而精微，以朱子为依据发挥……康熙朝儒学大兴，左右圣祖者，孝感（熊赐履）、安溪，后先相继，皆恪奉程朱，而穷究天理人道，研求经义性理，旁及历算、乐律音韵。圣祖所契许而资赞助者，安溪为独多。”康熙帝与李光地进入晚年之后，君臣二人更成为知己，在立太子之事上，康熙帝只与李光地商量。这与乾隆帝晚年以和珅为知己恰是鲜明的对照。
为康熙帝侍讲《易经》的另一位日讲起居注官，是著名清官汤斌。
汤斌（1627~1687），字孔伯，河南睢州(今睢县)人，顺治八年进士，授翰林，曾以一篇《政贵知变论》震惊朝野。他极力主张根据时势的变化更张法度，指出“当更张而不更张，虽大贤不能善治”。然而，他的意见当时没有被完全采纳，真正的更张是由康熙帝来完成的。不久，他又连续上《拟汉文帝耕藉田诏》、《拟汉以禁囿假贫民举直言极谏诏》，受到顺治皇帝的重视。他纂修《明史》时，为明末抗清诸臣秉笔直书，而遭人弹劾。世祖福临召见他，把奏折给他看，并安慰他，汤斌虽感恩却仍然坚持如实记史，终于被清除出国史馆。后以父病乞归。他居家潜心读书，师从北方理学大师孙奇逢多年，既笃守程朱理学，也不鄙薄陆王心学，编理学发展史《洛学编》。汤斌居官以正风俗为先，非常注重身体力行，不徒尚讲论。康熙十七年，他复出授翰林院侍讲，仍纂修《明史》，主纂《两朝圣训》。授礼部尚书，管詹事府为太子（胤礽）师，荐耿介为少詹事，同辅太子。一次尚书达哈塔与汤斌、耿介入见，康熙说，“汉人学问胜满洲百倍”。清世以理学名臣从祀孔庙者三人，汤斌、陆陇其、张伯行。
清圣祖康熙书法最早入值南书房的是沈荃和励杜讷。二人以善书法入值，康熙帝的书法艺术得力于二人的教益匪浅。康熙帝学书法时，沈荃在他身旁，指出他每一笔的错误之处，分析错误之由。康熙帝十分感激沈荃的严格教授，在他离开南书房之后，仍常常将其召入，请教书法。又擢其子沈宗敬，以编修入值南书房。沈荃曾提出： “唐吴兢所撰《贞观政要》一书，君臣咨询恭儆，大有裨于治道，皇上宜置左右，时时浏览加以反省。”康熙帝说： “此书朕亦时时览之。”又说： “《四书》屡经讲读，朕心业已熟晓。每观《通鉴》，事关前代得失，甚有裨于治道，应与《四书》参讲。”康熙帝颇重视《贞观政要》和《资治通鉴》，其讲学之道，经史并重。
励杜讷入值书房，授编修、侍讲，后曾任光禄寺少卿、宗人府府丞、左副都御史、刑部侍郎等职。他也是子孙四世入翰林，三世入值南书房。
清初，魏象枢、魏裔介两人也是理学名臣。魏象枢廉正耿直，曾疏请定布政使会计之法，以杜绝欺隐；立内外各官治事之权限，以清除稽滞。他的意见朝廷都采纳施行。他又屡次分疏： “戒淫侈，宜正人心；励风俗，宜修礼制。”“国家根本在百姓，百姓安危在督抚。”曾言“以言道学，则躬行实践真道学也”，常能言人所不敢言。见大臣就规劝为善之道，态度诚恳，现身说法，人感其诚。而魏裔介居言官最久，25年的官场生涯，历经四个时期，即多尔衮时期、顺治帝亲政时期、鳌拜等四大臣辅政时期、康熙帝亲政时期。生平笃信程朱之学，有胆有识，屡次上疏敷陈剀切，多见施行。可惜，康熙帝亲政以后，并没有重用他，几乎遭到整肃，能保全性命已经是万幸了。这是康熙帝用人上的一个失误。
入值南书房者，不论原来是何官职，一律授予翰林院职衔，称南书房翰林，往往兼任或转任外职，备受信任，加以重用，如陈廷敬、张玉书任尚书、大学士，王士祯、徐乾学任尚书，王鸿绪任御史，叶方蔼、孙在丰等任侍郎。入值南书房者，大多为汉人，只有少数满人，这对提高汉族大臣的地位，具有重要意义。康熙帝擢用他们之前，会先有一番观察过程，有一次，他对张英说： “翰林系文学亲近之臣，一向因为日讲，时时进见，可以察其言行举止。近日来进见稀少，讲官侍班不过顷刻，岂能深悉？著将翰林院、詹事府、国子监官员，每日轮四员入值南书房，朕不时咨询，可以知其人之能否，以备擢用。”
王士祯是当时的著名诗人，入值南书房前，在一次考察中竟出了丑。康熙帝召他入懋勤殿，出题面试，命他赋诗，王士祯诗虽作得好，但文思却慢，初次见到皇帝，一紧张更不知如何下笔。张英见状替他着急，便悄悄在一张纸上写诗一首，然后揉成纸团，放在他的桌案上，王士祯也就照抄一遍，得以完卷。康熙帝无意之间，将此看在眼里，却不点破，给二人留了个面子。只是调侃张英说： “人家都说王士祯的诗丰神妙语，朕看来跟你写的诗也差不多嘛。”张英也只好厚着脸皮说： “哪里，王士祯的诗比臣的诗强得多啦。”
由此小事可以看出，康熙帝对儒臣向来持一种仁和宽容的态度，这样，儒臣对皇帝就真正地心悦诚服。康熙帝对以仁义、恕道为标志的孔孟之道是完全服膺的，他为政宽仁之处在优容词臣这一事上，表现得尤为突出。
南书房词臣高士奇、陈廷敬、王鸿绪等人身兼要职，高、王为姻亲，结成朋党，广收贿赂。徐乾学、徐元文、徐秉义三兄弟号“昆山三徐”，东南文学之士想猎取功名者，莫不依倚三人以为奧援，趋之如水之赴壑。徐乾学任左都御史时，力倡风闻言事（即可以根据道听途说弹劾官吏）。三徐在朝招权纳贿，其亲属门客，在乡倚势横行，欺压百姓。他们多次受到御史弹劾，康熙帝也不深究，只是让他们回籍休致了事。以后又召进京修书，或官复原职，大多得以善终。
对于官僚的腐败，康熙帝深有了解，但是面对制度性腐败，康熙帝也无可奈何，不过他没有如乾隆帝纵容和珅那样纵容过臣僚。明珠有识有才，但是结党营私，贪赃弄权，声名狼藉，常常遭到康熙帝的批评。后来明珠受到御史弹劾，康熙帝仅革除他大学士职衔，不予深究，仍授内大臣职。康熙帝两次亲征准噶尔，明珠从征有功，后来又恢复原职，最终得以善终。
康熙帝曾告诫漕运总督徐旭龄说： “为官须廉洁，不可纵吏扰民。然而待属员不可过苛，下吏各有艰难之处，惟心平气和，则皆悦服矣。”持平则不偏，不偏即是执中。康熙帝自己对待大臣一向是较为宽严适中的。他说： “君德莫大于有容，治道莫尚于能宽。”做官之人有几个不贪的？若不过分贪婪，他一般都不纠，稍贪而又能办事，能过得去就行了。所以，康熙朝晚期，吏治非常松懈，国库也空虚了。这是康熙帝过于宽仁的后果，迫使雍正帝不得不一登基就力纠腐败。
康熙帝不断把汉族地主阶级中的才智之士，充实到中央行政机构中，委以要职，询以治国之道。他通过学习汉书，谙熟了儒家学问，带动满洲贵族子弟讲明礼仪，习于学问，讲求尊君亲上之道，推崇儒家修身、齐家、治国、平天下的伦理道德观念。这不仅大大提高了汉族地主阶级在清朝政权中的地位，也缓和了满汉的民族矛盾，稳定了社会秩序。
一些讲究气节的明代遗臣，对清政府仍然采取不合作的态度，绝不出仕，但对其后代，却不再限制他们参加科举考试。他们有了科名，当然也就开始参与国事，亡国之仇也就淡化了。事实上，清朝前期社会的繁荣和安定，以及平定吴三桂之乱、统一台湾，这些事业成功的主要原因就在于康熙帝重用了汉官、汉将和汉儒，吸收了汉族文化，康熙帝和明珠的最大功绩是使国家的政治、军事、经济、文化等事务都走上了正轨。所谓“正轨”就是国家化，而不是民族化，剃头束发当然是一个例外。
儒臣士子空谈性理，在某种程度上是明朝亡国的原因，而满洲重武轻文又不能治国，二者折衷，取长补短，符合中庸之道。康熙帝倡导的理学，偏重于实践。他说： “朕一生所学者，为治天下，非书生坐观立论之易。”从而造就了清朝前期的盛世。
李光地盛赞康熙帝说： “自朱子以来，至我皇上又五百年，应（五百年必兴）王者之期，躬行圣贤之学，天期殆将复启尧舜之运，而道统与治统复合乎？”张玉书称赞康熙帝： “圣德神功卓越千古，道统治统兼总百王，而犹日御讲庭，经典学之不倦。”封建社会有所谓“正统”和“道统”之说，前者指权力的合法性，后者指意识形态的合法性。权力的来源几乎都是暴力，因此无真正的正统可言，而意识形态则不一样。汉朝统治者之所以“独尊儒术”，是鉴于秦朝推行法家的严刑峻法治国方针的失败，乃大力倡导儒家的仁政、爱民的治国理念。当然，在实际的施政措施上，法家的统治方法却保留的更多，因为法家的学理来源之一就是儒家某一流派的某些思想，儒法两家有相同之处。但是，处于主导地位的统治思想，还是儒家思想。借用丘吉尔的表达方式，可以说： 儒家虽然不是最好的，但却是最不坏的。这当然是指中国社会的封建时期。不过即使在今日，儒家思想也并未完全无用。
清朝的崛起和立国依靠的是武力，在明朝前期满洲连文字都没有，努尔哈赤时期刚刚创造了文字。很显然，依靠满族自身的文化，根本无法统治一个大国。因此，吸收汉人的文化乃是不可避免的。鳌拜一派的清朝贵族也许不久就会被迫接受汉儒文化，但是被迫接受汉儒文化的效果一定很差，且太平盛世亦绝不可能出现。元朝就是如此。康熙帝的选择是最明智的，由主动吸收到热爱的程度，中国因为有了康熙帝才又强盛起来。这些都离不开帝师的帮助。
在汉人占绝大多数的中国，“异种称王”必然导致民族矛盾的尖锐化和政权的不稳。面对汉族广大知识分子不合作的状况，康熙帝一面制定了民族高压政策，一面实施“崇儒重道”的基本国策，使程朱理学“死灰复燃”。 这固然是出于征服人心的需要，但也确是出于他对汉儒文化的衷心服膺，反映出其胸襟的广大和智慧的高深，以及他的务实精神。康熙帝崇尚理学，也是他治术的技巧。他遇到的首要问题是要削弱“祖宗家法”对皇权的限制，这是康熙朝汉儒大臣受重用的主要原因。康熙帝把程朱理学作为儒学正统，是重视实用精神的表现。清朝前期社会的繁荣也证明了理学有其实用的价值，后人实在不应该一概予以抹煞。
康熙帝不但吸收了汉儒文化，甚至对西洋文化也有莫大的兴趣。这种学习兴趣是由儒家的“格物致知”思想决定的。儒家有一事不知、君子之耻的观念。儒家文化既然没有妨碍康熙帝学习西洋文化，怎么又会成为中国社会学习西洋文化的阻碍呢？问题出在康熙帝之后的雍正帝和乾隆帝身上。尤其是乾隆帝大搞文化专制主义，登峰造极，前所未有，才使中国的士人求新知和求真理的学习兴趣和能力都丧失了，只能搞考据这类无聊的玩意，于是中国由盛而衰。
就把国家由强盛引入衰亡这一点来说，乾隆帝颇有几分像唐明皇。如果乾隆帝能够像康熙帝一样具有求新知求真理的态度，清朝像唐朝一样坦然地吸收外来文化本不成问题。然而乾隆帝对儒家的修身、仁义、爱民等思想非常轻视，与康熙帝有天壤之别，所以他也不可能容忍士人自由的求真精神和西方的先进文化，完全背离了康熙帝的治国方针。
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