国民政府教育部文物损失查报所得数字与实际状况相去甚远，还在于该项调查存有很大局限性所致。
其一，从地域上看，国民政府教育部的查报范围仅局限于国民党统治区，统计资料只涉及全国部分地区。广大的解放区、东北全境和港台地区未能涵盖。对中国共产党领导的晋察冀、晋绥、冀热辽、晋冀鲁豫、山东、苏皖、中原等七个解放区及东三省和港、澳、台等广大地区并未涉及。上述地区人口众多约占全国三分之一以上，地域约占被日军侵犯过的全国土地的一半以上，而该地区遭日军侵占时间最久、被日军抢掠最烈。同时上述地区除港、澳、台外，大部地区自商代直至明清，中国历代大的王朝大多建都于此，也是各封建王朝中央政权的主要统治区域。因此，这里文物古迹集中而繁多。日军对东北地区和中国共产党领导的抗日根据地（即解放区）的一切公私物品、建筑设施肆意摧残、疯狂掠夺，各项损失极为严重。1946年6月30日，中国解放区救济委员会主任董必武向行政院善后救济总署提供的报告中称，中国共产党领导的晋察冀、中原等七个解放区在抗战八年中共损失家具、农具等各项物品222696081件，毁坏房屋19518708间，首饰宝物等损失约值217630万美元。广大解放区和东北地区的文物损失，必定为数不少。
人去楼空难以查报。日军占领期间，实行疯狂的屠杀政策，很多居民被杀光，绝户者乃至一村一庄、一街一巷比比皆是，文物损失无人知晓，更无法及时申报。
其二，从时间上看，日军自1931年九一八事变开始大举侵略中国，直至1945年8月战败投降，为祸14年之久，因在战后赔偿问题上，远东委员会规定中国抗战损失从1937年起算，所以教育部的文物损失调查是以1937年七七事变为调查起始时间，而从1931年九一八事变至七七事变长达六年的时间内，日军对东三省、上海、热河、绥远等广大地区进犯和抢劫，必定会有文物损失。这在教育部文物损失调查数据中没有得到反映。
登记时间仓促，很多损失未及申报。八年抗战期间，人民颠沛流离，背井离乡。据战后行政院善后救济总署统计，战时流亡民众达95448771人。1945年底至1946年初，战争硝烟尚未散尽，各地盗匪猖獗，道路毁坏严重，交通工具奇缺，远走他乡的广大民众很难及时返回故里，加之难民居无定所，要按时申报文物损失，实属困难。
文物损失调查手续过于繁琐，要求过于苛刻。各地文物损失调查工作力量薄弱、资金严重不足，绝大多数地区只有一些表格供人们领取填报，甚至一些地区连调查表格也不能提供，通常情况下很少有人给予实际指导，文物损失查报工作难以彻底推进。而国民政府文物损失调查表格要求的严肃性，如不具备一定的文博知识或得到有关专业人士指导，恐难以完成。根据教育部文物损失调查工作的有关规定，在申报被劫文物损失时，不仅要填报受损文物的名称，尚须提供文物照片、图样或票据，损失的时间、地点，更要填报文物遭损失时施暴者即日伪机关或部队名称、日伪负责人姓名以及文物目前下落等，并附有当地有关部门的证明。日军入室抢劫，绝不可能开具收条，居民躲避尚恐不及，岂能强求日军报告其部队名称和长官姓名。因而“公私收藏家对文物损失之申报均不踊跃”，乃至无人申报（详见附表一）。
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