卢沟桥事变后，为了以事实揭露日本侵华的野蛮罪行，国民政府教育部即着手对中国文教事业损失情况进行调查，至1937年10月，教育部所作的文化教育机关受灾情形报告及资料中，列举了开战以来日军对中国，特别是对上海地区文化机关破坏所致损失的情况。
为了清算日本侵略罪行，一俟战争结束即可向日本索赔，并“将此空前惨痛之事迹，翔实记载，昭告后世”，1938年11月，在重庆举行的第一届国民参政会第二次大会上，黄炎培等人提出议案，建议国民政府从速设立抗战公私损失调查委员会，“调查前方、后方、直接间接公私损失，填具表式，报告政府”。孟广涵主编：《国民参政会纪实》上卷，重庆出版社1985年版，第326页。1939年7月，行政院制颁了《抗战损失调查办法》及《调查须知》，通令中央各机关各省市县政府分别调查具报，并指定国民政府主计处审核汇编所有材料。但由于战事迅速蔓延，文化事业损失查报工作进展甚微。
由于文物的特殊性，战时大都关注生命财产的损失。面对战时我国古物的惊人损失，1943年，中央研究院社会科学所研究战争损害的专家韩启桐呼吁，“陷区古物如何彻底清查，实为我国损失调查重要问题之一，应从速慎筹计”。1943年10月14日，蒋介石手谕指示行政院和教育部，“我国各种文化事业横遭敌军之摧残，应于战事结束时向敌提出赔偿之要求，希即会同有关各机关共同组织一要求赔偿文化事业研究会，一面搜集各种材料与证据，一面研拟具体办法呈报为要”。《蒋介石关于组织对敌要求赔偿文化事业研究会的代电及有关文书》，中国第二历史档案馆档案，全5（2），卷580。
1943年12月29日，由顾毓琇约集杨云竹（外交部）、张平群（行政院）、周还（司法行政部）、吴复林、蒋志澄（军政部）等人在重庆教育部会商，会议认为，文物损失“原拟与敌军罪行调查委员会并案办理，嗣奉院长指示：敌军罪行调查委员会之职掌与对敌要求赔偿文化事业研究会之任务各别，目前办理步骤与将来提出之要求也各不相同，仍应分别组织”。为此，教育部设立“向敌要求赔偿文化事业研究会”。
1944年1月22日，蒋介石照准“向敌要求赔偿文化事业研究会”并入行政院抗战损失调查委员会。鉴于文物损失调查的专业性，1945年4月1日，教育部成立“战时文物保存委员会”，从事战区和后方的文物保护工作，并为战后文物调查预先准备。但直至战事结束，国民政府教育部及有关部门对战时文物的损失调查工作并无实质性进展。可见，战时对被敌毁、留置陷区以及被日劫运日本的文物情况，并无详细而准确的统计。
日本投降后，我国人民要求尽快追回被劫文物的呼声十分强烈。1945年8月31日，浙江大学农学院教授蔡邦华致函教育部，建议调查我国文化机关之损失以责令日本赔偿。同年9月，四川省温江县临时参议会电呈行政院“请索还被日掠夺之我国文物”。同月，张道藩向蒋介石提交《请组织清理日本掠夺中国文物委员会案》。
1945年8月，日本宣布无条件投降后，有关战时文物损失调查工作才真正开始运转。10月5日教育部“战时文物保存委员会”拟具归还劫物初步意见，其中提出“拟由本部派专员驻东京盟军总部，协助调查我国文物被劫夺情形”。
为了适应战后文物的接收，以及调查文物为敌劫夺或破坏所致损失的详情，以备向日本搜寻和追偿，1945年11月1日，行政院训令教育部战时文物保存委员会改名为清理战时文物损失委员会。该会分设建筑、古物、图书、美术四组。由军政部、外交部、内政部各派代表一人，另有中央研究院院长、中央文化运动委员会主任、北平故宫博物院院长、中央博物院筹备处主任、北平研究院院长、国史馆馆长、中央图书馆馆长，以及教育部部长特派的高级职员和聘请社会热心美术保存古物的人士充任该会委员，主任委员杭立武，副主任委员李济、梁思成，委员有马衡、蒋复璁、袁同礼等18人组成。《清理战时文物损失委员会组织规程》，中国第二历史档案馆档案，全5，卷11682。该会成立后，在全国范围内大张旗鼓地开展文物损失调查工作。
原沦陷区为敌伪劫夺的大量文物，战后为最先到达的军队和政权机关接收，并会同有关部门予以封存。由于多头接受，不免混乱，极易散失。教育部担心敌伪产业中之文物在接收时散失，遂于1945年12月27日呈请行政院会商军委会分饬收复区军政有关机关，将已经接收和尚未接收之敌伪图书文物等一律通知教育部清理战时文物损失委员会接收在案。行政院军委会1946年1月30日训令各有关机关，收复区敌产业应依法通知各该有关机关特派人员统筹处理，以免散失，而清权责。教育部为慎重起见，复于1月24日鉴呈主席，主席于1946年2月5日代电指复由教育部清理战时文物损失委员会接收。《“接受敌伪文物审查委员会组织规程”及有关接收图书文物文书》，中国第二历史档案馆档案，全5（2），卷583。
当时因交通未复，清理战时文物委员会设立平津、武汉、粤港、东北、京沪五个调查区，浙、闽、皖、冀、豫、鲁等省也先后成立办事处，抽调各方面的文物专家，派赴实地访察指导。于是，金毓黻调赴东北，徐玉森、蒋慰堂派往京沪，沈兼士、王世襄负责平津，简又文负责港粤，郭子衡兼顾河南，傅振伦兼管山东，汪彤侯、程演生分别调查皖南、皖北。清理战时文物委员会主要负责各地敌伪文物的封存清理，以及文物损失的调查和追偿。
要搞清被劫文物和索赔，文物损失的调查至关重要。自1945年10月26日起，举办全国公私文物损失登记。“全国公私文物损失登记办法”规定：（1）申请登记所称文物包括一切具有历史艺术价值之建筑器物、图书、美术品；（2）申请登记必须列表详细说明文物名称及其重要性、损失的时间地点及敌伪负责人姓名或机关部队名称，该文物目前下落等，附送文物照片或图样；（3）个人申请登记另须附送当地有关机关或团体之证明书；（4）登记时间于1945年12月底截止。《省市公私文物损失登记公告》，中国第二历史档案馆档案，全5，卷11682。
教育部又于1945年12月养日041759号电开：“查历年以来我国公私所藏文献古物为敌人掠夺或损毁者甚众，战事现已胜利结束，亟应从速调查详列清单以作将来同日本索赔之根据，仰于电到10日内遵办具报为妥。”因时间紧迫，广西、安徽、山东、江西等省登记时间暂缓到1946年3月底。
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