特别值得一提的是中央大学农学院一批家禽、家畜的内迁。1937年10月底，中央大学大部已搬迁，校长罗家伦到南京三牌楼农学院实习农场和职工道别。罗走后，农场职工认为畜牧场的这些马、牛、羊等都是饲养多年的良种家畜，决定把这些家畜、家禽搬迁到大后方去，并推举王酉京为负责人。王酉京和职工们在行程中，有时还碰上国民党军队的骚扰！经过在六安到叶家集之间十个山村的短期休整，1938年3月又继续西征。路上死了一些病弱牲畜，加上有的道路野狼成群，有的地区因雨季来了只得绕路，有时走乡间小道。经过千辛万苦，历时一年，于1938年11月上旬到重庆，仅剩有荷兰种乳牛二十余头及少量家禽，进入沙坪坝中央大学畜牧场。罗家伦晚年回忆，当他看到这群中大畜牧场的家畜、家禽时，“就像看到久别重逢的老朋友一样。当我和这些南京的‘故人’异地重逢时，心中一面喜悦，一面引起了国难家仇的无限感慨；不禁热泪夺眶而出了”。王酉京也因护送家畜，被誉为学校的有功之臣。罗家伦：《逝者如斯夫集》，台北，传记文学出版社，1967年版，第28页。
内迁西南、西北的高等院校，面临的是生活条件的艰苦，教学设备的简陋。先后内迁四川的48所高校师生，多受国破家亡之痛和远道迁徙之苦。初入川，多数学校只能借用旧庙宇、祠堂作校舍。如武汉大学曾借用嘉定文庙、崇圣祠、三清观、大佛寺等处；东北大学借用三台草堂寺等旧址，校舍很分散，学习生活很不方便。中央大学、光华大学等校，虽建临时校舍，却因条件所限，一间宿舍住300人以上，闹嚷拥挤，空气混浊，很难安歇。江苏医学院、国立医药专科学校等校，也因校舍困难多次搬迁。
西南联大校本部和文、理、法、商四院的校舍是在刚搬走的坟地上建成，房屋潮湿阴暗。雨季房屋漏水，学生要打伞睡觉。中山大学迁至云南澄江后，部分学生住翠竹庵等处寺庙，学校用土坯和木料搭就简易的校舍。广西大学迁贵州榕江后，还在两湖会馆、江西会馆、贵州会馆及演武厅礼堂等馆庙的大殿、戏台和酒楼的上下，用木板隔成简单的教室。
内迁学校教学设备简陋，或因敌机轰炸，一路流离颠沛，图书仪器无法运出，或损坏散失。西北联合大学图书馆刚开馆时，只有两千多册图书，师生平均每人一册。
各高校在内迁途中，因医疗条件差，师生发病率高。如内迁四川乐山的武汉大学，根据1942年统计，每天有40人患疟疾，而医务所仅有10支奎宁。武汉大学学生死于地方病的达60人。一些极富才华的教授如黄方刚、吴其昌、萧君绛等，因贫病而英年早逝。而西北联合大学，据校医室1939年3月8日至29日20天的统计，全校800人左右，生病就诊者达2177人次，其中肺病和心脏病者占的比例最大。《抗战时期的文化教育》，北京出版社1995年版，第164页。
院校师生在迁徙离乱中的身心折磨和精神损害，更是无法用语言表达的。无锡国学专修学校校长唐文治在回忆内迁广西情景时写道：“余雇小艇四，与眷属、生徒，踡伏其中。道出武进、丹阳，飞鸟之音，照明之弹，吾民号哭流离之状，震耳、刿目、怵心。抵京口，寓大华旅社。登英公司德和轮船溯江而上，山哀浪咽，离愁万端。过芜湖夜，忽舟中人惊相语曰：铁鸟在檣上回旋矣!于是灯火尽息。数时始去。抵长沙未旬日，忽同人竞相告曰：京口之大华、英公司德和俱被炸矣，死者约二千余人。闻之惶駭。旋转湘乡……未几，伤兵集湘乡，不得已又迁桂。”
即便在省内迁移者，也是历经磨难。如河南大学于1939年因开封沦陷，迁入伏牛山处的嵩县县城及嵩县潭头镇。1944年5月，日军陷洛阳后，校方疏于防范而没有及时组织转移，等到日军到时才仓皇出走。5月15日，日军逼近潭头，大雨滂沱，山洪暴发，在急难择路中，有5人遭遇日军，当场中弹身亡。女生李先知、李先觉姐妹及李先知之夫刘某，逃避不及，共投一井自尽。医学院院长张静吾被俘，其妻被杀害于杨坡岭。农学院院长王直青等师生二十余人被日军关押，罚作苦工，常遭毒打。王院长不堪受辱，跳崖而受重伤。
3战时对内迁高校损失的统计
1938年8月底，全国有25所高校关闭，继续维持的83所中，37所迁入内地，15所在敌机轰炸中勉力支撑。全国原有大专教师7500多人，职工4300人，学生42000人，因战争而失学者超过2万，占了一半，失业的教职工也达2000人。据北京大学、北平大学、清华大学、中央大学、同济大学、暨南大学、南开大学、复旦大学等46所高校统计，师生死伤不知下落者108人，财产损失3360余万元。其中有些图书仪器，可谓为价值连城。如南开大学关于华北经济之研究资料、清华大学收集的中国近代史档案、北京大学关于中国地质之资料，“均为极珍贵之物，故不能徒以金钱数字为之表现”。毛磊等：《武汉抗战史要》，湖北人民出版社1985年版，第186页。
教育主管部门对西迁的69所高校财产损失进行调查。1939年据统计，这69所高校由于在西迁途中辗转搬运，图书设备损坏严重，直接财产损失22491867元。1940年，时任教育部长的陈立夫在《中国季刊》上撰文称，截至1939年12月底，全国公立专科以上77所院校总损失达90451000元以上，国立23所院校共损失37013000元，省立16所院校共损失9276000元，私立38所院校共计损失44171000元。1943年，中央研究院社会科学研究所学者韩启桐对高等院校财产损失进行分析研究，将南开大学损失数内的中学部分减去不计；补充了陈立夫报告中没有的12所院校的损失，这12所院校为：东北大学、贵阳医学院、福建学院、湘雅医学院、戏剧专科学校、中央工业职业学校、华西大学、燕京大学、江苏教育学院、山西医学专科学校、大同大学及广西大学；根据教育部1943年统计，对厦门大学、暨南大学、光华大学、大夏大学、东吴大学、上海商学院、民国学院、南通学院、广东光华医学院、音乐专科学校、同德医学院及无锡国学专修学校等12校损失进行了修正；扣除校园土地价值部分，初步估计89所院校的损失为74750000元，即国立26所院校损失35970000元；省立20所院校损失7700000元；私立43所院校损失31080000元。韩启桐：《中国对日战事损失之估计（1937—1943）》，中华书局1946年版，第55页。对照可以发现，韩启桐的统计并没有将1940年、1941年日军对内地高校轰炸所致损失计算在内。
事实上，有些学校也作了西迁损失的调查和统计。如1944年私立金陵大学统计，截至1941年8月，金陵大学共计损失146785008元，其中，校舍损失2999000元，设备损失1479500元，林场损失10200000元，折合美金4448028元。《为查报抗战损失金大与教育部的往来文书》，中国第二历史档案馆档案，全649，卷13。以金陵大学战前每年预算100万中国元计算，其损失相当于14年的预算。金陵大学战前图书已达317839册，而据1938年5月31日的统计，仅剩16946册，这里面还包括1938年添置的603册。国民政府教育部档案：《金大1926—1937学年度学校概况统计表》，中国第二历史档案馆藏，全649，卷68。
1943年10月，国民政府指示行政院和教育部，迅速成立“向敌要求赔偿文化事业研究会”，专门从事文化教育事业损失调查统计工作，并形成了一些统计资料。但由于战事仍未结束，统计局限于一时一地，无法完整地反映抗战中高等院校损失的全貌。
抗战胜利后，内迁69所高校的大部分又千里迢迢迁回原地，撇开物质和精神损害不论，这往返的搬迁费用就很惊人。1946年统计，专科以上学校间接损失中，迁移费为503 120 695元。中国第二历史档案馆档案：全5（2），卷584。
战后调查统计，1937年全国专科以上学校计有108校，七七事变后应战时停顿及先后迁移后方者达2/3以上，其后陆续增设至1945年8月，共有专科以上学校142校，其中受战事损失者共115校，占总校数80%以上，其未受损失者仅后方新设之少数学校。同上。
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