金陵女子文理学院内迁。该校创立于1913年11月，由美国传教会创办，原名扬子江流域妇女联合大学，1914年11月改名金陵女子大学。1928年由金女大首届毕业生、留美博士吴贻芳为校长。1930年改名为金陵女子文理学院，设英文、历史、社会学、数理、化学、生物、体育、医预科、国文等10个科系。抗日战争爆发后，分散在上海、武汉、成都三地办学。1938年1月，集中迁至四川成都华西坝。抗战胜利后，于1946年原址招生开学。《南京师范大学志（1902—1992）》，南京师范大学出版社2002年版，第30页。
金陵大学内迁。1937年全面抗战随即展开，首都南京各校相继内迁。当时美国在中国有治外法权，金陵大学的西方人士对迁校无所谓。10月4日，该校在南京仍照常开学。但因局势恶化，淞沪、苏州、常熟先后沦陷，学校只得闭校停课。乃匆于11月25日，11月29日，12月3日，分批西迁。慌乱之中，教育部无法提供运输工具。1937年11月19日，校长陈裕光致函教育部，“惟政府机关纷纷西移，交通工具一时不敷支配，致本校员生300余人及全部设备均停滞校中。钧部对于本校素极爱护，拟恳设法商拨船舶，俾能及早成行而免危及员生安全。苟钧部未能设法，则恳转呈军事委员会或迳电钧部发给放行护照二纸，俾本校自行觅得船舶时，沿途航驶不致发生困难”。国民政府教育部档案：《为本校迁蓉继续上课拟恳钧部商拨船舶不致困难由》，中国第二历史档案馆藏，全5，卷5287。12月30日，校长陈裕光在汉口又求援于教育部，“在京人员业于上月杪陆续脱险到汉，并已先后转宜虞轮赴蓉，筹备复课。图书仪器亦由京运抵宜昌。刻下该埠交通拥挤，本校图书仪器400余箱约125吨及全部随行员生300余人，均无法再行西进。恳祈钧部念国家培护高等教育之艰难，转咨运输各关系机关特予本校运输便利”。历近三月，经汉口、宜昌、万县、重庆而抵成都华西坝，承四川省政府及华西大学之协助与合作，理学院设于华西大学内。1938年3月1日正式开学。此时在校教职员共计145人，学生计387人。理学院之一部分为学生实习便利起见，移在重庆借用上清寺求精中学校舍上课，并逐渐发展成理学院事实上的分院。国民政府教育部档案：《私立金陵大学要览及概况报告简表》，中国第二历史档案馆档案藏，全5，卷2145。西迁中，师生经历了精神和肉体的严峻考验。第一批师生曾在轮船上4天4夜只吃两顿饭，15天才走到重庆。
国立药学专科学校的西迁。该校原设于南京白下路，校舍系租借而就。1937年9月2日，该校校长孟目的呈文教育部，“窃因国难严重，军事紧急，首都为全国重心，自抗战以来无日不为敌机袭击。因之本校新生考试，旧生续学均受影响，长此以往则我国与国防至关重要之药学教育将无由发展，兹为各学子免除失学计，拟恳钧座准予暂迁武昌定期开学，谋救国之分工作长期之抵抗。”之所以选择武昌，是考虑“武昌为全国中心，交通便利，若为教育输取器材或补充后方勤务等在调动上俱亟易行，倘国难平服，顺流而下指日返京，异时自无长途跋涉之虞也”。并申请迁移费5500元。国民政府教育部档案：《国立药学专科学校关于迁校及校舍建筑等问题呈文》，中国第二历史档案馆藏，全5，卷5287。鉴于“前方救护工作端赖医药，方今抗战伊始，而此项人才已大感缺乏即医药用品来源杜绝罗掘已空，不敷尚巨，故目前造就药学人才较之平时更为重要，制造急需药物尤为当今迫切事业。职校为惟一国立药校，对于造就药学人才职无旁贷”。于是，1937年9月10仍在南京继续办理招生事宜，同时派员赴武汉租赁房屋，着手将校址迁安全地带。9月15日，校中应用家俱及仪器药品，已装箱搭楚英差船运赴武昌知关。
学校迁武汉历时3月，教育部即于12月25日通知国立药学专科学校，“以敌军深入，势将危及武汉，着即日迁渝开学，以免学业中辍，并着令陆军卫生材料厂合作利用川省土产制备急需药品以利长期抗战”，于是，该在武汉举行临时考试后，公文、校具等装箱启运，各项手续结束后全体员生遂于1938年1月12日分批西上。因客运拥挤须在宜昌万县停留，故迟至2月10日除少数学生拟候差轮停滞中途外，均抵达重庆职校，借用四川省立教育学院部分校舍，于2月2日正式开学，并与陆军卫生材料厂合作，落实学生分批前往实习。
1939年秋，四川省立教育学院将校舍收回，药学专科学校开学在即，便急租瓷器口黄葛坪一号民房，作临时授课之用。当时，鉴于“一年合同行将期满，续租每月租金五百元过高，且瓷镇日渐繁荣，工厂林立，几成军事重镇空袭之虞，在所难免，本校既永久留川，自应建筑校舍，因提出第24次校务会议讨论，结果咸以疏散固有必要，但永久校舍与临时校舍，性质不同，距离大学区过远，参考书籍之借用，兼任教员之聘请，行将永感困难，为目前计，时间经济亦均不许可，因议决迁附近江北县地带，现已在该县石马乡觅得相当地点，计四十亩，环山依水，竹木丛生，可资空袭之掩护，且交通便利”，中国第二历史档案馆档案，全5，卷5287。因而于暑假期中兴建校舍，秋季开课。
武汉地区的高校内迁。1938年初，武汉的大学还没有迁移。1938年2月21日，武昌中华大学还准时开课。北平的朝阳学院也在湖北沙市恢复。随着日军侵略的深入，武汉的大学也开始了搬迁。1938年4月31日，在校长王星拱的率领下，武汉大学被迫举校西迁至四川乐山。武汉大学发端于1893年张之洞创办的自强学堂，1912年发展为国立武昌高师，1924年更名为国立武昌中山大学，1928年7月改建为国立武汉大学。战时，该校在极其困难的情况下度过了8年。1946年10月，武汉大学回到武昌珞珈山。
1938年6月，武昌中华大学决定迁宜昌三斗坪，华中大学决定迁桂林，后迁西南。1939年春，武昌中华大学迁重庆南岸觉林寺旁。1941年11月3日，已经迁川的朝阳学院自成都再迁巴县兴隆场。
这一时期迁川的高校还有山东大学、东北大学、牙医专科学校、清华大学航空研究所、东吴大学法学院、中央工业职业学校、戏剧学校、光华大学成都分部、朝阳学院、山东医学专科学校、中央政治学校、复旦大学、蒙藏学校、北平师范大学劳作专修科、江苏省立蚕丝专科学校、武昌文华图书馆学专科学校、两江女子体育专科学校、齐鲁大学、江苏医政学院、南通学院医科、铭贤学校、南开大学经济研究所、武昌艺术专科学校、吴淞商船学校、国立音乐院、中央国术馆体育专科学校。国民政府教育部档案：《全国专科以上学校内迁及其分布统计表》，1941年。中国第二历史档案馆藏。
1941年12月，太平洋战争爆发，接着日军侵占东南亚国家，危及我国华南各省，迫使部分原设租界，或在沦陷区勉强维持的教会大学，以及原迁云南等地的高校再次内迁。如上海交通大学、沪江大学、之江大学从上海租界迁往重庆；滞留北平的燕京大学迁到成都；迁到昆明的上海医学院、同济大学、国立艺专等校内迁四川；立信会计专科学校、上海法学院等也迁往四川。
（3）迁往西北地区的院校
东北大学内迁。该校创建于1923年，校址在沈阳。张学良曾任校长。1931年该校成为有文、法、理、工、教育5个学院的综合性大学。九一八事变后，沈阳沦陷，学校迁入关内，11月在北平复课。1936年2月，工学院和补习班迁西安，成立西安分校，校址是前陕西农林职业专科学校。1937年5月，学校改称国立东北大学，臧启芳任校长。
七七事变爆发后，在北平的部分该校学生，流亡到后方；部分学生奔赴延安。1938年3月，东北大学迁往四川三台。以三台草堂寺等地为校舍，5月复课。不久工学院并入西北工学院，设文理学院、法商学院、文科研究所、史地学部。至1942年，学校共10个学系，教职员158人，学生649人。丘琴：《东北大学迁川记》，载《抗战时内迁西南的高等院校》贵州民族出版社1988年版，第348页。1946年，东北大学迁回沈阳，恢复了农学院。
1937年9月10日，国民政府教育部令以西迁的北平大学、北平师范大学、天津北洋工学院和北平研究院等院校为基干，设立西安临时大学。不久，成立筹备委员会，聘任李书华（未到任）、徐诵明、李蒸、李书田、童冠贤、陈剑修、周伯敏（陕西省教育厅厅长）、臧启芳、辛树帜等为筹备委员。又指定北平大学校长徐诵明、北平师范大学校长李蒸、北洋工学院院长李书田和教育部特派员陈剑修4人为筹备委员会常务委员。合组后，各校仍保持各自的特点。北平大学医学院的部分师生在院长吴祥云的率领下来到西安，10月下旬成立西安临时大学医学院。西安临时大学于1937年11月开学，设6院、23系（医学院不分系）。对内地及辗转千里迁至内地的大批学校，日机仍经常袭击，不予放过。1938年3月，日军侵占山西风陵渡，日机频繁轰炸关中，西安常受敌机侵扰，西安临时大学再迁往汉中。4月初，将校本部设在城固考院小学，在文庙、小西关外、古路坝设分院。1938年4月3日，国民政府教育部令西安临时大学改名为国立西北联合大学。
1938年6月，教育部决定撤销西北联合大学，并要求在原来基础上分别成立西北大学、西北师范学院、西北工学院、西北医学院、西北农学院等五个独立的、由教育部直接领导的国立院校。7月，在古路坝的工学院分出，与北平大学工学院、北洋工学院、私立焦作工学院（已迁至甘肃天水）和东北大学工学院（已在四川三台县）合组国立西北工学院，校址在陕西城固县，院长赖琏，抗战胜利后迁至咸阳，即现在的西北工业大学。西安临时大学医学院抵达汉中后，改名为西北联合大学医学校，1939年8月分出独立，改称国立西北医学院，设于汉中市东南黄家坡。农学院与西北农林专科学校合并改称国立西北农学院，在沔县，战后迁武功。原教育学院（由北平师范大学改组而成）独立设置，改名国立西北师范学院，设11个专业，院长李蒸，1944年7月，该院迁至兰州，后迁回北京。将原文理学院分为文学院和理学院两院，连同法商学院共3院12系组建西北大学，校长胡庶华，1939年9月在陕西城固开课。1945年抗战胜利后，该校即迁至西安。余笃信：《西北大学在城固》，载汉中市政协文史资料委员会编《抗战时期的汉中》，1994年10月。
迁到陕西的还有私立山西川至医专。
（4）迁往广西、贵州等地的院校
迁往广西的院校有浙江大学、中央国术体育专科学校、江苏教育学院、无锡国学专科、广东教育学院等院校。
浙江大学前身是“求是书院”，是清末杭州太守林启于1897年创建的。1901年改名为浙江高等学校。1927年由蔡元培等倡议，将浙江工专、浙江农专分别改组为学院，合并成立“国立第三中山大学”。1928年正式改名为浙江大学，设有文、理、工、农、医、法、师范7个学院。1937年11月，日军在距杭州100多公里的全公亭登陆。浙大决定搬迁，竺可桢校长认为不要迁到内迁大学过于集中的大城市，而要搬到那些从未接触大学生活的城镇或农村，使大学的内迁与中国内地的开发得到结合。1938年至1939年，浙江大学在广西宜山。浙大经6次搬迁到大西南。
迁往贵州的院校有大夏大学、湘雅医学院、交大唐山工程学院等。
江苏教育学院原设于无锡社桥，以养成民众教育、农事教育服务人才为要务。1937年在炮火声中开课。同年11月无锡岌岌可危，该院师生和部分设备匆匆离锡，间道西行，经芜湖、汉口到长沙，借湖南农民教育馆及福湘女中复课。1938年1月迁桂林，先借广西大学文学院复课。1938年在七星附近建校舍4幢，借部分公屋和民房应用。国民政府教育部档案：《中统局关于江苏教育学院概况的调查报告》，1940年。中国第二历史档案馆藏。
1937年9月20日，上海复旦大学、大夏大学、大同大学、光华大学四所私立大学决定在长沙、贵阳各设联合临时大学一所。10月12日，复旦大学、大夏大学一度联合在庐山勘定校址，次年2月3日才在贵阳花溪建立永久校址。先前内迁云南的中正医学院1940年后又迁贵州。
随着日军在太平洋战争中的失利，法西斯阵线濒临崩溃，1944年春日军垂死挣扎，孤注一掷，妄图发动湘桂作战及黔南战役挽回败局，迫使原内迁在广西、云南、贵州等省的部分高校再次内迁。1944年夏，之江文理学院、东亚体育专科学校、华侨工商学院、交通大学唐山土木工程学院、交通大学北平铁道管理学院、东方语文专科学校迁往四川。广西大学、桂林师范学院迁往贵州。
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